Stable RNA 2nd Structures for humans (v0.1)

Generated by Jingxin Wang @ University of Chicago, 2024-05-29

Cite: preprint. The work is supported by NIH/NIGMS R35GM147498.

HGNC gene name in vivo icSHAPE in vitro icSHAPE chromatin in vivo icSHAPE chromatin in vitro icSHAPE
5_8S_rRNA ENSG00000283274 ENSG00000283274
AAGAB ENST00000558725 ENST00000558725
AAMP ENST00000420660
AATF ENST00000619387 ENST00000619387
ABRACL ENST00000367660 ENST00000367660
ABT1 ENST00000274849 ENST00000274849
AC004148.2 ENST00000575890 ENST00000575890
AC004217.1 ENSG00000213152
AC004461.2 ENSG00000281530
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ENST00000555938
ENST00000586674
ENST00000555938
AC012146.1 ENST00000413077 ENST00000413077
AC012308.1 ENSG00000235742 ENSG00000235742
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ACADM ENSG00000117054
ACAT1 ENST00000528370 ENST00000528370
ACAT2 ENST00000367048 ENST00000367048
ACLY ENST00000537919 ENST00000537919
ACOT1 ENST00000311148
ACP1 ENST00000405233 ENST00000405233
ACTB ENST00000464611 ENST00000464611
ACTL6A ENST00000392662 ENST00000392662
ACTR1A ENST00000470322
ADAM22 ENSG00000008277
ADD3 ENST00000360162
ADGRE3 ENSG00000131355 ENSG00000131355
ADH5 ENST00000508146
ENST00000503130
ENST00000508146
ENST00000503130
ADHFE1 ENST00000523113 ENST00000523113
ADI1 ENST00000327435 ENST00000327435
ADIPOR1 ENST00000417068 ENST00000417068
ADSL ENST00000623632 ENST00000623632
AEN ENST00000332810
AF111169.1 ENSG00000241081
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AHSA1 ENST00000555517 ENST00000555517
AIG1 ENST00000357847 ENST00000357847
AIMP2 ENSG00000106305 ENSG00000106305
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AL035425.3 ENST00000564206 ENST00000564206 ENSG00000261409 ENSG00000261409
AL035425.4 ENST00000624509 ENST00000624509 ENSG00000280322 ENSG00000280322
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AL158152.2 ENSG00000269946 ENSG00000269946
AL161616.1 ENSG00000277319
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AL162386.2 ENSG00000234740 ENSG00000234740
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AL355075.4 ENSG00000259001 ENSG00000259001
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AL360012.1 ENST00000602813 ENST00000602813 ENSG00000270103 ENSG00000270103
AL365357.1 ENSG00000213058 ENSG00000213058
AL390195.1 ENST00000416099 ENST00000416099
AL445623.1 ENSG00000233906
AL445623.2 ENSG00000283982
AL512633.1 ENSG00000215284
AL513165.2 ENST00000544475 ENST00000544475
AL513175.2 ENSG00000236792 ENSG00000236792
AL513314.2 ENSG00000276997
AL589765.4 ENST00000512280
AL590730.1 ENSG00000237002 ENSG00000237002
AL627230.1 ENSG00000274100
AL627311.1 ENSG00000236073
AL645465.1 ENST00000417765 ENST00000417765
AL662899.3 ENST00000375880
AL669831.3 ENSG00000230021
AL672142.1 ENSG00000251184
ALDH9A1 ENST00000491436 ENST00000491436
ALDOA ENST00000562679 ENST00000562679
ALG5 ENST00000486410 ENST00000486410
ALKBH5 ENSG00000091542 ENSG00000091542
ALKBH7 ENST00000599849 ENST00000599849
ALYREF ENST00000505490 ENST00000505490
AMFR ENST00000492830
AMMECR1 ENSG00000101935 ENSG00000101935
AMOT ENST00000462114
ENST00000524145
ENST00000462114
ENST00000524145
ANAPC11 ENST00000574924 ENST00000574924
ANAPC5 ENST00000261819 ENST00000261819
ANKHD1 ENSG00000131503
ANKHD1-EIF4EBP3 ENSG00000254996
ANKRD20A9P ENSG00000206192
ANP32A ENST00000495764 ENST00000495764
ANP32B ENST00000339399 ENST00000339399
ANP32E ENST00000534437
ANXA7 ENST00000492380 ENST00000492380
AP000311.1 ENST00000429238 ENST00000429238
AP000350.4 ENST00000433835 ENST00000433835
AP000721.1 ENST00000535431
AP000786.1 ENSG00000255893 ENSG00000255893
AP001120.2 ENSG00000267143
AP002472.1 ENSG00000266373 ENSG00000266373
AP003385.3 ENSG00000239559 ENSG00000239559
AP004245.1 ENSG00000238041
AP005018.2 ENSG00000254851 ENSG00000254851
AP005263.1 ENST00000578850 ENST00000578850
AP1S1 ENST00000429457
AP1S2 ENST00000450644 ENST00000450644
AP2S1 ENST00000263270 ENST00000263270
APH1A ENST00000236017 ENST00000236017
APRT ENST00000378364 ENST00000378364
ARCN1 ENST00000359415 ENST00000359415
ARF1 ENST00000490705 ENST00000490705
ARF4 ENST00000495354 ENST00000495354
ARG2 ENST00000261783
ARGLU1 ENST00000360629 ENST00000360629
ARID4B ENSG00000054267
ARIH2 ENST00000449376
ARL1 ENST00000549302
ARL6IP5 ENST00000273258 ENST00000273258
ARMC9 ENSG00000135931 ENSG00000135931
ARPC3 ENST00000228825 ENST00000228825
ARPC4 ENST00000397261 ENST00000397261
ARPC5 ENST00000462965 ENST00000462965
ASF1B ENST00000592798 ENST00000592798
ATF4 ENST00000404241 ENST00000404241
ATG3 ENST00000283290 ENST00000283290
ATG4C ENST00000317868 ENST00000317868
ATIC ENST00000446622
ENST00000426233
ENST00000446622
ENST00000426233
ATP1A1 ENST00000479960 ENST00000479960
ATP1B3 ENST00000475483 ENST00000475483
ATP2A1-AS1 ENST00000566956 ENST00000566956
ATP2B4 ENSG00000058668
ATP5A1 ENST00000592989 ENST00000592989
ATP5A1P2 ENST00000616464 ENST00000616464
ATP5B ENST00000262030 ENST00000262030
ATP5C1 ENST00000356708 ENST00000356708
ATP5E ENST00000243997 ENST00000243997
ATP5F1 ENST00000369722 ENST00000369722
ATP5G2 ENST00000394349 ENST00000394349
ATP5G3 ENST00000409194 ENST00000409194
ATP5H ENST00000301587 ENST00000301587
ATP5I ENST00000304312 ENST00000304312
ATP5J ENST00000284971 ENST00000284971
ATP5J2 ENST00000292475 ENST00000292475
ATP5J2-PTCD1 ENST00000413834 ENST00000413834
ATP5L ENST00000529460
ENST00000524422
ENST00000529460
ENST00000524422
ATP5O ENST00000290299 ENST00000290299
ATP6V0C ENST00000565223 ENST00000565223
ATP6V0E1 ENSG00000113732 ENSG00000113732
ATP6V1B2 ENST00000276390
ATP6V1E1 ENST00000460085
ATP6V1F ENST00000249289 ENST00000249289
ATP6V1G1 ENST00000374050 ENST00000374050
ATPIF1 ENST00000335514 ENST00000335514
ATRAID ENST00000419744
ATXN10 ENST00000402380 ENST00000402380
AURKAIP1 ENST00000338338 ENST00000338338
AURKB ENST00000316199
B2M ENST00000558401 ENST00000558401
B3GALNT2 ENSG00000162885
BANF1 ENST00000524663 ENST00000524663
BCL11A ENSG00000119866
BCLAF1 ENST00000530767
BDNF-AS ENSG00000245573 ENSG00000245573
BEX3 ENST00000372645 ENST00000372645
BEX4 ENST00000372695 ENST00000372695
BIRC5 ENST00000589892 ENST00000589892
BLOC1S2 ENST00000370372
BLVRA ENST00000402924
BMI1 ENST00000376663 ENST00000376663
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ENST00000543162
ENST00000543658
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FBXO22 ENST00000565036 ENST00000565036
FBXO9 ENST00000244426
FCHO2 ENSG00000157107
FDPS ENST00000447866 ENST00000447866
FECH ENST00000262093
FH ENST00000366560 ENST00000366560
FIS1 ENST00000223136 ENST00000223136
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FKBP4 ENST00000001008 ENST00000001008
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ENST00000460305
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ENST00000490374
ENST00000349036
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ENST00000267869
ENST00000396063
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ILF3 ENST00000593061 ENST00000593061
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KIF2C ENST00000372224 ENST00000372224
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LACTB2 ENST00000276590 ENST00000276590
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ENST00000506310
ENST00000513877
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LRCH2 ENSG00000130224
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MGST3 ENST00000460632 ENST00000460632
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MINOS1-NBL1 ENSG00000270136
MIR1181 ENST00000408639 ENST00000408639
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MIR1291 ENSG00000281842 ENSG00000281842
MIR196A1 ENSG00000210741
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MIR3651 ENSG00000281156 ENSG00000281156
MIR3652 ENST00000579335 ENST00000579335
MIR3653 ENSG00000280968
MIR3687-1 ENSG00000277437 ENSG00000277437
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MIR3936 ENSG00000263597
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MIR4444-1 ENST00000581696 ENST00000581696
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MIR4700 ENST00000578311 ENST00000578311
MIR4721 ENST00000577590 ENST00000577590
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MIR663A ENSG00000284419
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MIR6723 ENSG00000278791 ENSG00000278791
MIR7705 ENST00000614758 ENST00000614758
MLEC ENST00000535413
MLF2 ENST00000537126 ENST00000537126
MMADHC ENST00000460311 ENST00000460311
MORF4L1 ENST00000559244 ENST00000559244
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PPA2 ENST00000503171
ENST00000502596
ENST00000503171
ENST00000502596
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PPIA ENST00000451562 ENST00000451562
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ENST00000530070
ENST00000528623
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PSMC3 ENST00000602866 ENST00000602866
PSMC6 ENST00000556813
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ENST00000467020
ENST00000322203
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RPS3 ENST00000531188 ENST00000531188
RPS3A ENST00000274065 ENST00000274065
RPS4X ENST00000316084 ENST00000316084
RPS4XP17 ENSG00000244097
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RPS5 ENST00000601521 ENST00000601521
RPS6 ENST00000380394 ENST00000380394
RPS6KC1 ENSG00000136643
RPS7 ENST00000304921 ENST00000304921
RPS8 ENST00000396651 ENST00000396651
RPS9 ENST00000302907 ENST00000302907 ENSG00000170889 ENSG00000170889
RPSAP6 ENSG00000214629
RRN3 ENST00000429751 ENST00000429751
RRP7A ENST00000323013 ENST00000323013
RSL1D1 ENST00000573791 ENST00000573791
RSL24D1 ENST00000260443 ENST00000260443
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RTCB ENST00000485373 ENST00000485373
RTFDC1 ENST00000357348 ENST00000357348
RTL8B ENST00000391440 ENST00000391440
RUVBL1 ENST00000322623 ENST00000322623
RUVBL2 ENST00000640699 ENST00000640699
S100A13 ENST00000440685
SAAL1 ENSG00000166788
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SAR1A ENST00000373241 ENST00000373241
SARS ENST00000471705 ENST00000471705
SCARNA1 ENSG00000252947 ENSG00000252947
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SCARNA13 ENSG00000252481 ENSG00000252481
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SCARNA2 ENSG00000278249 ENSG00000278249
SCARNA20 ENSG00000252577
SCARNA21 ENSG00000252835 ENSG00000252835
SCARNA23 ENSG00000251869 ENSG00000251869
SCARNA3 ENSG00000252906 ENSG00000252906
SCARNA4 ENSG00000280466 ENSG00000280466
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SCARNA7 ENSG00000238741
SCARNA8 ENSG00000251733 ENSG00000251733
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SCD ENST00000370355 ENST00000370355
SCO2 ENST00000395693 ENST00000395693
SDC2 ENST00000522911 ENST00000522911
SEC61B ENST00000223641 ENST00000223641
SEC61G ENST00000415949 ENST00000415949
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SEM1 ENST00000476463
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SENP7 ENSG00000138468 ENSG00000138468
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SEPT2 ENST00000421717 ENST00000421717
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SEPT7 ENST00000350320 ENST00000350320
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ENST00000547252
ENST00000612232
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SNORD62B ENSG00000231587
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SNORD66 ENSG00000212158
SNORD67 ENSG00000212135 ENSG00000212135
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SNORD70 ENSG00000212534
SNORD72 ENSG00000212296 ENSG00000212296
SNORD73A ENST00000386062 ENSG00000208797
SNORD8 ENSG00000200785 ENSG00000200785
SNORD83A ENSG00000209482 ENSG00000209482
SNORD83B ENSG00000209480 ENSG00000209480
SNORD84 ENSG00000265236 ENSG00000265236
SNORD86 ENST00000391196 ENSG00000212498
SNORD88A ENSG00000221241
SNORD88B ENSG00000221381 ENSG00000221381
SNORD88C ENSG00000220988 ENSG00000220988
SNORD89 ENSG00000212283
SNORD9 ENSG00000199436 ENSG00000199436
SNORD90 ENSG00000212447 ENSG00000212447
SNORD91A ENSG00000212163 ENSG00000212163
SNORD93 ENSG00000221740 ENSG00000221740
SNORD94 ENSG00000208772 ENSG00000208772
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ENST00000555402
ENST00000557352
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uc_338 ENSG00000277948