Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GCAAGGGCCTATCAGGGGTGGGTCGGGGCATCCGAGCGGGTTTGACGGAAGGAGCGGCGGCGACGGAGGAGGAGGATGGAGGCGGTGGTGTTCGTCTTCT
CTCTCCTCGATTGTTGCGCGCTCATCTTCCTCTCGGTCTACTTCATAATTACATTGTCTGATTTAGAATGTGATTACATTAATGCTAGATCATGTTGCTC
AAAATTAAACAAGTGGGTAATTCCAGAATTGATTGGCCATACCATTGTCACTGTATTACTGCTCATGTCATTGCACTGGTTCATCTTCCTTCTCAACTTA
CCTGTTGCCACTTGGAATATATATCGATACATTATGGTGCCGAGTGGTAACATGGGAGTGTTTGATCCAACAGAAATACACAATCGAGGGCAGCTGAAGT
CACACATGAAAGAAGCCATGATCAAGCTTGGTTTCCACTTGCTCTGCTTCTTCATGTATCTTTATAGTATGATCTTAGCTTTGATAAATGACTGAAGCTG
GAGAAGCCGTGGTTGAAGTCAGCCTACACTACAGTGCACAGTTGAGGAGCCAGAGACTTCTTAAATCATCCTTAGAACCGTGACCATAGCAGTATATATT
TTCCTCTTGGAACAAAAAACTATTTTTGCTGTATTTTTACCATATAAAGTATTTAAAAAACATGAATTGAGTTTCTGTAGATTTCTAGTTCTCAACTTTA
GCCTGAACGCCAACACTTGAAGGTGTTTTTCATCCTCTGTATGTTGAAGGTGGTTATTTGTATGTAGGAACAGGACTGCCATCCCAGCTTTGCATGCCAA
AGAAATAAAGAACACACTTTAAAGGGCAAACTGAAGAGATGAGCGAGCAAAGGTGCCCTTCAGGTCTACTGAAAAGTTAGAGTACAAAACAACACTGTTG
ATCTGGACAAAAGAAGAAAAATTACCCTTTTTGCTTGTGTTGTGACAACTTCATTTAATATGGTTTAAAGATTTATGAGACTGTCAGCTAAAAGTCTTTT
CACAAGAATGTCAACAGAGAATGGCATCTCAAAATATATATATTTCTTTGCACAATTTGTGAAACCTTATAAGCCATTTTCCCCAGGTACAATGTAGTTC
CTGCTGATAGAAAGGAAATATTTTGTCAAGAGCTTTCATTTAAAAGCTACTACCTCCACAATCACCCCCAAACCCAGAAAATCCCCACTGGCTCTTGCCA
GTCTGGTTTTCGTATTGCAGTTATTCCAATTGTATTTGATCTCCCTGATAACGTATTTTCATGGGTTTGGGTAGAAGATGCTAATCAGATTAGAAGCAGG
AATAGTTATTTGCTGTCTGTGAAATTGAGCCTTTTGGTGCGCCACGTGGTGCCAGATCAACACTTCTATCCCTCTGCACTGACCACGTTGTGAACTGGGA
GACCAAATGCAAGCCATTTCATGGACATAGCAATATACAACCAAACTCTGTTCCTTGGAGTTATATTGTAAACTCTTGCAGGTGGGAGAGCAGTTCACCT
CCTTAGCTCTGTTTGCCAGCTCTTACAGGGTAAAATAAACCTGGCAATTTATCCTCAGTCCTAGTTTGTGGTTTAATGTTGCTATCTTAAGCACTGGCAT
TTGGGCAAAACATGACTGTGTTCTGTGGGAGAATCCAAAGGCATTATTCACTCTAGTTGAGATAGAATTGGGTGGCTAAACAGGGTGTGTGGTACCCAAA
AGATTAAATGTTACATGTCCTTTTAGTCCTTGACCAGGTCTAGCCTTGGCAGAAGCAAGGGAGCCACTAAGCCAAACTCCCTGTGCAGACAGACCATGTT
TCAAGGCTGGAAGTAGTGCCCTGGCAACACACAAAAGGAACGGTGAAATGGTAGGCAAAGTGAACTTGGCTCTGCTGGCCTCTTTGGGGTCACAGAAATT
GCTCCTTGTGGTAATCTTATATTTCTGTCAGGCACAGGGCCAAGAAGCTGTGTAACAGACATTACTTTGCTTGCATCTCTTTTTCATACCTTTTCCCTCT
GAGGCAGCTTTTGCTTAGAAAACAGTCCCTTCACTCTGCCTTTCCTCCTAACTTCCTGTGCCTCTTCATGTTCTGCTCAAGCTTTTTAAAGCAACGAAGC
TGTTGGAGAACTTAAATCCTTGCAACTGAGAGATAAGCTACTTAAAGGCGGTAGAGATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGGGTCTTGCTGTGTTGCC
CAGGCTGGAGTGCAGTGGTGTGATCTCAGCTCACTGCAACCTCTGCTTTCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACG
GCTAGCTACTCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAACGATCTGCCTG
CCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCACTGCGCCTGGCCATGTAGATGACTTTTGACCAAAATGTTTCACCTTCTCATTCAGATATT
CTTAGTAACCAAAACAGTGACTCATGCAGTTGAGAGAGCCTTTGGGCTGTCAGTTTACAGTACATCAGGCTTGCTGAGGCTAAGCAAATCAGAAAGGTGC
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GAAAGTGGGGGATCACTGTAGTTAAATTTTTTTTTTTTTTAATTAGAGACAGAGTCTTGCCCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCACTGGCGCAATCGTGGTA
CACTGCAGCCTTGAACTCCTGGACTCAAGCAGTCCTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTAGTTGGGAGTAGGTGCACACCACCATGCCCAGCGAATTTTTTGT
AGAGACAGAGGTCTTGCTATGTTGCCTAGGCTGGTATCAAAATTACTGGCCTCAAGCGATTCTCCTGCCTCGGCCTCCCAGATGTTGGGATTACTGGTGT
GAGCCACCACGCCCAGCTCAAAAACAATTTTTTTAGGGGCACTTCTACAAATCATGAAAGGGGGATAAAAGCACTGACTTTAAAAAGCCATGTTTAAGAT
GCTATAAATGTTCTCCCCTTTTCATTGATTGGAGAGTTGTAGAGGACCTTAGAGATCATTTTGTCTAACTCCCTCATCCCAAAGATAAACTGAGGCCTAG
AGATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAG
ATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGAT
CGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGATCG
TTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCCTAGAGATCGTTCAGGGTGTTGTAACTGGGAACATCTGAATGCTGAGGCTTAGTCCAGTGT
TCTCTCTCCCTTACCACTCCTCTTCCCCTTCCCTCTATAATGGCAGTACCCAGGGCCCGGTCCATAGACTACTATCGAGTGCTCCTATGTGCATCTTAGT
ACGTATCATTTTCCCTTGCCTTTTTCCTTCTATCCTTTCAGTGGTAGCAACTGCCCTTGCTAATCACCGTAACCTCGGCTGAGAAAGAAGAGGAAGCGAA
ATCCAAGATGCAGCTCAGTTCATCAAAGCCTAGCAGGTCCCCTCAGCTGCCTTTTCATGCCTGCCACAGACTACAGTAGGACAAAACCTGACCTGGTCTT
TGAAGTTAAGAGCTAAGAAAGCTTCCTATAGTAGTATCTCCCATGGCACTTACCACATTCTATCTGGTATTACAGTTATTTGTATGCAATTAATCACTCT
TAGATTGTATGTTCCTGGAGGGCAGAATATGCCCATTCATATTTGTATCTTCTTCCTTCTGCTCTTGGCACCTAACACAGTGCCTTGCACACAAACAATA
AATGATTGTTGAGTGAATAAGTAAA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 3
6 nts: 1

Tetra-loop variants:

AAGU    1
UCUU    1
ACUA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0