Annotated gene sequence

GTAGCCGCCAGCTCGGCCGCACGTCAGGGCGCGGGAGCGCGGAGCGAGTTTGGTTGCACTTACACCGGTACTTAAGCGCGGACCGGCGTGTCCTTGGACT
TAGAGAGTGGGGACGTCCGGCTTCGGAGCGGGAGTGTTCGTTGTGCCAGCGACTAAAAAGAGAATTAAATATGGGTGATGTTGAGAAAGGCAAGAAGATT
TTTATTATGAAGTGTTCCCAGTGCCACACCGTTGAAAAGGGAGGCAAGCACAAGACTGGGCCAAATCTCCATGGTCTCTTTGGGCGGAAGACAGGTCAGG
CCCCTGGATACTCTTACACAGCCGCCAATAAGAACAAAGGCATCATCTGGGGAGAGGATACACTGATGGAGTATTTGGAGAATCCCAAGAAGTACATCCC
TGGAACAAAAATGATCTTTGTCGGCATTAAGAAGAAGGAAGAAAGGGCAGACTTAATAGCTTATCTCAAAAAAGCTACTAATGAGTAATAATTGGCCACT
GCCTTATTTATTACAAAACAGAAATGTCTCATGACTTTTTTATGTGTACCATCCTTTAATAGATCTCATACACCAGAATTCAGATCATGAATGACTGACA
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ATGGTATCACTGTTTACCCCTTTTAAAGATATGATTAGACTTCGTTAGTAATGTTCAACTTTTCACAAAGATGGTGAGTGCCATCTTAAAACTTACTGGA
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GTTTTGTGTTCATGTTCATTTGCCTCTTAAAGGCAAGGGTTGAAGATAAATAAGGTAGCAATGTCTATAGTTTTGGCCTTAACTATGCCAATCTAATTAT
AATTCCCTGTATTTAAAATGGTTTCTTTTACTTATTGAAAGGCATTTTAGTGTGGTTTATGTGTAATATTAAAGATTATTCAACACCTCTCACATCTTAC
AGATCTATAAGGTCACATGCTTTTAAAATAGTAGCAAGTTAAACTTCACTCTTGAATTCTTTACAATCTAAGTCAAACTAAGTTATAATTTAGGATTGTC
TTTAAACAGCCATTCAGAAACAAAACTGTAGAACTGTGTATTTGATTGGGAATGGTGCTTTTGCCAACTTAAAAGGATTAAAGTAACGGAGATATACACA
AATTTTAAAATTATGTGTGATCACAAGACTAAAGATAATTAAAAAGAAAACCACAGATCATGACTTTTTGACTGTGCTTGATTTCATGACTGATGCACAA
ATTTTAATGATTAAAAAGTGCAGGAGCCCTAAATGTCAGTGCAGCAGCCCTAAATGTCAGTGCAGCAGTGTTAACCAGTCATGGTGCTAGATTGTTTACT
TGGTTTTCTAGGACTGCCTCAACTAGAATAACACTTCACTAATTGACTCTTAGTTTCTTTGCTCAGATTGAGAACTGCAGCATTTATGCCAGACATGGAC
AGAGGAATGCCTGTGGTCATAGTTTTGTGATGTGTAACAGTGTATAATTACATACTGAATTATTTCATGCATAGTCTGTGCCATACACATTTAGAGTAGT
CCTTGGAGATTTTATGGAGATGGTGAGCACAAGGTAAGTCATAAAGAATAATGAGAAAATAAATCTATGCTGGTGCAGCTGAGAACTGTATCTTTGTGGG
ACAGTGAGAAGACTGAGAAGATGTGAATCCATGGTCTCAAAGGTGATAGGGACGATTAGATAGGTGTTTTAAGGCCTGAAAGCAATTTATAACATATGAG
TCTTATTTTTATTTATAGAAATGTGGAAAGCTTGCTGTAATTCATATTTGAAGTCCTAGTCTGAGTTCTGGTGGGGAATTTAAAAATGCATCCTGGAAAT
CCTTTAAAGATTTCAGACTTTGAAAGGCCTTGTAGCAGAGGACTTGGTGACTGTATAAAGTTAGTGGTATTCAGGGACAGTGTAGCAAGTAGCTTACAAG
GGGACAATTCTGGACTAATGAGAAAGACCTGAAGTGAAGGCTAGAGAGTTGATTTTTTTTTTTTTTGGCATCCTGGAAATGATACAGGAAACATATTAAG
ATAGATACAGAAATGTGTTCAACCTTCCATCTTGGCTAGTTGTGGCGTTTAGTTTGTTTTTTGAGACATGGTCACGCTGTGTCGCCAAGGCTGGAGTGCA
GTGGTGCGATCTCGGCTGGCTGCAACCTCTATTTCCCAGGCTCAAGCGATTCTCTCACTTCAGCTTCCCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGTTCGCCACCA
TGCCCAGCTAATTTTTTTGTAGAGATGGAGTTTTGCCATGTGGTCCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGAGCTCAAGCAATCCGTCCACTTGCCTTGGCTCC
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CCATGCCCAGCTTATTTTGTGTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCCATGCTGGACAGGCTGGTCTTGAACTCCCGACGTCAGGTGATCTACCTGCCTCGG
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ATAAGGAAATAGGGGAAAAAAAGAGCACTATAAACCACATGTTTTCATTTCTAGTGCTTCGCTGTAAGTGGCTAGGTTGGTAGAATCAAAAACAAGGGCC
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TTTTGCTGTCCAGTGTGGTAGCCACTAACCACATGTGGCTGTTAAGCCCTTGAAATATAGCTAGTGTGACTAGAAAGTATTTTATTTTAAATTTACATAG
GCACAAGTGGCTAGTGGCTACTGTATTGACATTCTGGGTCTAGGACTAGAACCAGTGGTCTGTAACAAAAGTACTTTCTCTTTACTCTATTAAATCTAGA
ATTAGCCGGGCATGGTCGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGATCACTTGAGGTCAGGCGTTTGAGACCAGCCTGGTCAA
CATGGCGAAACCCTGTCTCTACAAAAAACATAAAAATTAGCCAGGTGTGGTGGTGGGCACCTGTAATCTCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCACAAGAATC
ACTTGAACTTGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGATTGTGCCACTGCACTCAAGCCTGGGTGACGAGTGAAACTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 3
5 nts: 2
6 nts: 1
8 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

CUUU    1
AUAU    1
GCAA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 2
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 2
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0