Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
AGCGGCCTTTCTCTGTTCGCGATGTGACGTAACGCGCCTGCGGACTGGGCCCAGCTTGTCCTCTATGACTTACCCAGAAGGCAACGCTTCTCTTTCTGGT
CAAAATGGCTGGTAAGCAGGCCGTTTCAGCATCAGGCAAGTGGCTGGATGGTATTCGAAAATGGTATTACAATGCTGCAGGATTCAATAAACTGGGGTTA
ATGCGAGATGATACAATATACGAGGATGAAGATGTAAAAGAAGCCATAAGAAGACTTCCTGAGAACCTTTATAATGACAGGATGTTTCGCATTAAGAGGG
CACTGGACCTGAACTTGAAGCATCAGATCTTGCCTAAAGAGCAGTGGACCAAATATGAAGAGGAAAATTTCTACCTTGAACCGTATCTGAAAGAGGTTAT
TCGGGAAAGAAAAGAAAGAGAAGAATGGGCAAAGAAGTAATCATGTAGTTGAAGTCTGTGGATGCAGCTGTTATGAAGATGGTTAAACTTGAAACAAACA
ATTTTAAGAATTATTTGGTCTGAAGATGTTTTACTTTAAATAAATGTCTATTGTAATGGCTGGAGTTTTTGAATTCCAAACCTTATACTGAATAACTACT
GAATCCCTTTACTGTTAAATTTTTTTCCAAACTTTCAAGATATATTTAGTTGTGTTTAACTGCTACTTGGAGCTCAGAAGCCACTTTATCAGTTTTCCTC
ACTGGTTGGATAGCCTATCAGTTTATGGAAGGATATAACTTCCGTAAGTTACATCCTTATGGAAGCTACTGAATAAAAGAAGGGGGTATGCACCCCCTAG
TTTGCCAAGATTGAGAAATAGCCTCTTCACTGGTATGCAAACAGATTTGATTTTGCATCCTATCATTTAAAAAGAAATTATGTCTGCACCCCAACATAGG
CATACTTAAGTAATATACATACTCCTGTGCTAACATGTATACTAGAAAACAAAAAGATGTTAGAAAAATAAAAGTATAAAGACAAATCATACTGTCCCCA
TATCCCAGTGACTTTTCCACTTTGGAAATGATTGTTATGAAGTTTAAGGGTTGGATACTAGTCAGTTAAAAGTTTTAAGATTATAGGGTAATTTTTAAAA
ATATAAATTAGAATCATTGGCAAGGCATGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGGTCACCTGAAGTCAGGAATTTGA
GACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTAGGCGTGATGGTAGGCACCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGG
CTGAGGGAGGAGAATTGCTTGACCCCAGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCCTAGATCACACCACTGCACTTCAGCCTGAGCGACATTGACTGTCTCAAAAA
AAAAATTAGGATTATTCAATGTTGTCATCATTTCCACTCCTAAATTCTGAAATGCTTTCTTTGGTAGAGGTGAGAGTGTGGAGCCACAGCTAGTAGAGAA
GGAACAGTAGGACCTGCAGCCTCCCTGGTTTTCCAGGACAAGTCATTGCTGTGTGTGGCAGGAATGCCTTACCTCAAATAACAAAACAGTGTGAAAAACG
AATTTGTGTTACATTTAAAGTTTGTAAAGCAATGAGAAATGTGTGTATCATAAAGAGCATCTTTAAATTTTTGCTAAAATATTAGCCTCTTAAATTCTCT
AGGAACCCCCTCCCCCGCTTTTTTTTTTCCTTTCGCTGGTCGTTATTTTTCTAAACCTATCCTGAAATCATGTCAATTTTCTTTTGTATGGTTGAAGACA
ACTAGATCACTTGATAATGGTTTTGCTCAGGTCACATTGTGACAAGGTTTTAATGTAGTCCTACTTTGCAGAAGGAGGCCAAGAAGATGGGCTGTCTAGA
ACCCCCTTTAAAAGCATTTGTCTATTCAGAAAATTTTCCTGAGTAGATCTCTGCAAAGGCTCTTTTAATAGTGATTTCAAGATCACGTTTGCAGGACTCT
GGTCTATTCGTTCAGACGTCTACTGTGCACAATTACAAGGAGACTACAACTGAGGCATCTCAAAGAGCACTGTCAAGGTGTGTAGGGAGCCGGGTGGGTG
GAGGGAGGCTGGGCTCTGACCCTAGAAACCATGCTTATGAATGCTGTTAATGTTTAAAGCAAGCCTAAGGGCACTGCTGAAGGACAGGGGAACAAATAGA
ACTGACCAAGACTGAGGTATAACAGGAACCCCCAGGCTATCCACCTGCTCAAGGTAAAGTGTGGTATTACATAAGGCAACCTCTGATTTTGTAAGAGTTC
TTCCTAAAGCCAAAGTGTATGCCTATTCTATGTTTCCAGATTACTTCATTCTTCTAAATGAGAACAAGTGTGCAAAAGTTCTTTGAACACTAGATCAATG
TTTTGTGTTCATTATAAATTATGGTTATCGTCCTGCTTGTTATGAAGACTAAGAAAGTAGATCTAGTATTTGGCTCACACAGGTGAATGGGTGAGAATTT
GTTAATCCATCAGTGAAGTCCTTTCATTTGAAAGAGAGGGCCTTTCTATTATCAAAAGCCGTCCTGTGTGGAAAATCACCATGAGAGTGCCTGAAACACA
GGCACTCTGCATTGTCCTGTAGACCAAATCTACATTGTCCTGTAGTCTGGTCTACATTGTCCTGTAGACCGAATGGTAGAGTGATTCAGAGCTAATTCTG
GGTTAGACTGCACAGGTCTGAATCTATTTGCTCACTGTGTAGTGCTTTAGGAATACAATTTAACCTCTCCGTGCTTCAGTTTGTTTGTCCCTAAGATAGA
GCTAATGATAGAAACCTACTTCACCCAGTTGTGAAAATTAACTGACTGCATGTCAAGCACTAACAGTTTCTGGCATATAGTATGCATAATGTAAATTATG
TGCTGAGAAGCGAGAAAGAATAACTTGGGAAAACGCTGAATATCATCAATGTCGAATAGCTAACCAGTAGCTAAGGTCCAAGGTCTCCTCTCTTCCTTCT
ATGTGGCACTCTTGTTTCTGGTTCATCTACTCCCCTTGGGTGTCACCTCCTTGAGTGAAGTACCTGCTGGAGATGAGAAGAGTGGAACTGGATCTGCATG
ACAGCTTTGATTAGGATGGAGCTAAGACTTGGCTATCTCCCTGTTTTGTGTTTTGGATGGGTGACATTTTAAAACTGCCAATATTCAAATCCTGCTAATT
TGCTTTGTACAGTTTAAAATGTTTGATATCTTTTGTTGTTTAAAGTTTGAGATTGGTTTTGAATATACAGTTTTCCTACATCTTGAAGAAAGTTATGTTT
GTTTACTCTGAAGTGGTCTATGTTCTGTTTGTTTGTTTTACTATACTTTGCAAAAAAACAGATGGCTGGCTTATGTTCACTGTTGTAGTGCACTACCTAG
TATCACTTGGCCTTCCTGTTGTCAAGATGTAGGAAGCAGCGTAAGGGATGTCGGGCCTTCAGACCCCCAATTGCCAGCTGTGGTCCTAGTTCCAGATTGC
ATGGAAATATTTGATAACATTCCTGCACTGAGTTATCATGGTCTGAATATTTATGTGACGCTCTACGAGTGGTACCAAAATGTTAGTGATGGAGTTTTTA
CTAATGGCACCTTTTCCTGTTTTTAAATTCTAGAATCTTAATAAATCCAAAGTGTACATTTTGGTAGTGATTTCATTTAGTTATTTACTTTAAGGACTCC
CTTTTCAAGCATTAACTCTGCACTAATTTTGACTTATGAAAAGATTCAGCAGTAAGAATAAAAACTGGGCCAAAGCCCAAAGTAATAATCCTTCACAAAT
AGGATGGAGTTTTAAAAATATGGGCATCCTGTGTGTAGCTTTGAAAATAACCAAACTACTTGGAATTAAAAAGTTAGGTGAACATGAAGATTGTCATAAC
CAAATCCTTGACAGCTTGATGGATGAAGAGCAGATGGGTTTATGGTGTATGGGAGGAAGCATGGATTTTAGGAGGGACAGTATCAGAGAGGGATGGTTAG
AAAGTGAGTAAGACAGGTTGCTCTTTGGAAAACAAGGAAAATCCCTTTATTAGAACAAGGCATGAAATTCTGCCACTAGGTGGCGATGCCCTATAACTTT
ACAACTTAGTGTACATCACACGAGCACTATGGAAGATTTCTCCATTCTGCGCCCCACCAACTCCCTCCCCTCCTTCATTTTTCAGGATGACAACACCTTA
GAGGTTTATGGCCATCAGGAGAATTTACTACTAAGCTATATACTGATGTAATGAAATCTAATATATGTTGTGCAATGAATTATGAGATGTTATTTAGTTT
CAGGATTTTATTACTTCAATCAGTTATGACCATATTTCCTTTTATATGATTGCTCACTCTTTAAACATACCAGATGACTGTATAAGGAACACCTAATAAA
GTCTATAGATGTTAAAATATTTTAAATGTTTTAATTTATATGCCATAATTTGTTTACATTCTGGTTATACTGGCGTTCATATTAAAAGCCATAACATGTT
AGAATCTGAGATCTCAGGTCGGATAGTGCCTCTAAGTTATATTTTGCTAAGAAATTTTATTGTATTAGCAATTGAGCAAGAAAGAAGAACTGAATCATTA
TACGGTGGTTAATTTTTAGCATAGATGTCAGAAAGCCTGTTAATATTCCAGAGGCTTATGATAAACTATTTAAATTGTCATTCTGGATTCTGATTATATC
TCCTACAAAGAAAGAGTGTATTATTTATTGAACTTTTTGTTTGAATACATGTGCCTATTTTTGCATAAATGTAAAAATGTAATTTTAAAATAAACCCCTG
AAAACTTCTGGTAACATTATCCAGTTGAATAATTGTTCTGTTAGTATTCTAAATATTTTAAGAAAATTGTATACATATCTGTGACAATTGTATTCACAAG
CCAAACCAAAAAAAGATAATTATTTGTTTTACAAAGGAGTCAGCTTACAATTTTTCTCTTATGCATGCATTTAAAATGTGGTTTGCCATTAAACTGGAAA
CACTGATCTGAGGCCAATGATTTAGGCAAGTCATTAGTCTAAAGATTGGCTTCCTCAGCTAGAAAATGAAGGGCTTTGACTAAAAAGTCTTTTTCATTTC
AGTACCAAAACATTCTGGGTCTGTGATTTAACTTACGCTCTTTATTGTTGGGATGAACTAATACTGATGGAATACTAGCTTTGTACTAGGCACTGTTCGT
ATGTTGTCTCTTTTAATCCTCCCTGCAACCTTCTGGCATGGCTATTATAATGCCCATTGTATGGAAGAAGAAATTAGGCTTCGAAAGTCCATTTTATGCT
TGTTCATTACATAATTTTCTGGATTTTTTAAATTGATGTATGTGTTTATGTTCCAGGCTAGGCAGAAGCTAGGAAGAATATAGCAGCCTCGTCACTGTTG
AAATCTGGGGCTAGATAATTCTTTGTTGTGGGGGCCTCCTCTGTGTGTTACAGGATATTTAGCAGCATCCTGGCTTCTACACGATAGGTACCAGTAGCGC
CTCCTGCCTCCAACTGTAACAACCAAAAATGTTTTGAGACATTGTCTGGAAATGTTCCCCTGGGGGAGCAGAATT

Loop counts:

6 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0