Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CGCGTTCAGCGGCCTCTTTGTGTGGTGCCCAGATAGGGGAGCGGAGGTGGCGGCGGCGGCGGTAGCGGTGGCCTTGGTTGTCTTCCAGTCTCCTCGGCTC
GCCCTTTAGCCGGCACCGCTCCCCTTCCCTCCCCCTTCCTCTCTTCCTTCCTTCCCTCCCCTTCCCTTTTTCCCTTCCCCGTCGGTGAGCGGCGGGGGTG
GCTCCAGCAACGGCTGGGCCCAAGCTGTGTAGAGGCCTTAACCAACGATAACGGCGGCGACGGCGAAACCTCGGAGCTCGCAGGGCGGGGGCAAGGCCCG
GGCCTTGGAGATGGAGAATTCTCAGTTGTGTAAGCTGTTCATCGGCGGCCTCAATGTGCAGACGAGTGAGTCGGGCCTGCGCGGCCACTTTGAGGCCTTT
GGGACTCTGACGGACTGCGTGGTGGTGGTGAATCCCCAGACCAAGCGCTCCCGTTGCTTTGGCTTCGTGACCTACTCCAATGTGGAGGAGGCGGACGCCG
CCATGGCCGCCTCGCCCCATGCCGTGGACGGCAACACTGTGGAGCTGAAGCGGGCGGTGTCCCGGGAGGATTCGGCGCGGCCCGGTGCCCACGCCAAGGT
TAAGAAGCTCTTTGTCGGAGGCCTTAAAGGAGACGTGGCTGAGGGCGACCTGATCGAGCACTTCTCGCAGTTTGGCACCGTGGAAAAGGCCGAGATTATT
GCCGACAAGCAGTCCGGCAAGAAGCGTGGATTCGGCTTCGTGTATTTCCAGAATCACGACGCGGCAGACAAGGCCGCGGTGGTCAAGTTCCATCCGATTC
AGGGCCATCGCGTGGAGGTGAAGAAAGCAGTCCCCAAGGAGGATATCTACTCCGGTGGGGGTGGAGGCGGCTCCCGATCCTCCCGGGGCGGCCGAGGCGG
CCGGGGGCGCGGCGGTGGTCGAGACCAGAACGGCCTTTCCAAGGGCGGCGGCGGCGGTTACAACAGCTACGGTGGTTACGGCGGCGGCGGAGGCGGCGGC
TACAATGCCTACGGAGGCGGCGGCGGCGGTTCGTCCTACGGTGGGAGCGACTACGGTAACGGCTTCGGCGGCTTCGGCAGCTACAGCCAGCATCAGTCCT
CCTATGGGCCCATGAAGAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGAGGCAGTAGCTGGGGCGGTCGCAGTAATAGTGGACCTTACAGAGGCGGCTATGGCGGTGG
GGGTGGCTATGGAGGCAGCTCCTTCTAAAAGAAAATTTAAAATGCCTGGGAGTGGCTATAGGGGTAGCTCTTTCCAACAGCCCAAGTGGGGTCAACTCCT
AAGCCCCACCCCCTCACACACACCGCCTTCCCTGTTTTGCCCTTGGGGGAGCCACTTCTAAGGCTGCTTACCCTTGGGGGTGTTCCTCTATTTGCCTGCC
ACCTCTCTTGTCTCTCCCTCTGAAGATGGACTCGGCCCCACATACACATTTTTGTGTTACAGTCATTGATGGACTCTATTTTTTTATTATTACTTGGACC
TTGGTCGTTTTTATACTAGCAAAATGTCTTGTTTTAATTTGTGTTTTTTGGGGGGAGGGAGGGAGTGAACTTGCTGATTCTGTAGCAAAACCTGGGTGGG
GGTTGGGGTGGGGGGTAGTTTACTTTGTTGTAAGGACTTGATAACCTGGCTACAGCGTTTTCTATGAAATCTACTTGGATCCCATGCCTGAAATTTGGAA
GCATATGTACAAAAATCATTTTTACGTTTTATTTTTAATAAATCATTGTGTTTGACCGTACATGTCTAACATTTTTTTTCTAGGATCCATTCCGTACCGT
TTTTTAAGGGATATTTGTTTAAGACTTTACGTGTTAATTCTTTATTCTTGATGTGTACTTAGAGAAACTTAAGAGGTCCTGTGGTTTTTTTCCCCTCTCC
TGTTGCCCTGCTAGTTGCGTGTTGAATTATATCCCTTACAGGCAAAACTTTTGAAGTGGTGGATGTGGCTTTTTAAACTCTTAAGTTTCTGTGCATCCAT
CTCTTGTACTAAGCGAATTGTTTATCATCTTGACATGGTTGGTCATTTCTATGACAATTTACTTCAAACTGTGTACTGTGTAGTTCTATATAGTTTGTGT
TAAGCATGTCATTCATATAAACTGTTTAAAATTTTTCAGATGGCCTAGTTTCATCCCTCTTACTGGTTTGTCTGTAATGAATGGTTAAAAATAAGGGTTA
TATTTTACCCTCAAATGCGTTTTTGTACTTTCAGAGCAGGTTTAAACGTTTTTTTTTTTTTTTTCCTATATCCGAACTGTTGGCCTCATGGAAATCCCTT
TCCCGATCTTTGTAGCACCATCTACTGGCAGAATGGCAGAGTAGCTGCGAAACAATTTGTTTAAAAACTTGCTTAAGACAATTGCATCAGATTTGGAAGT
TTTGCCATCAAAATTCTTTGCAGAATTGGAAGTTAACACATTTGCTTGTAACTGAGATGGGCTTCACAGGAATGTAGTTGCCAGTTCATATCACAATAGC
CCTTTCTATATGAGGTTTGAAAATGTAAACTGCTATGCATAGCTTGGGCAATAGCCCTAAATTGCTATGACAACTAATGAACCAGCTACGTATACTGGTA
TTTTAGGTGCAAGTTGTAAAGCAAAATATCTGTGTATTCTGCTTGGTTAACAAATGTATATTTGTAGCCCTTTCCTGCAATAGCATTCAAGTTGTTGTTT
ATAAGAGAAGAACAAAAGTGATAATAGGTGAAAATTGCCTTTCTGGATAGAAATAGAGAATAGCAACGTTTATGGATATCACAAATAAAGAATTCAATTC
TTTACATGATTGAGTGAGAGTATGTATAACCTGGTGGGTGGGTTCAGAGTACCTTTTAATCTAGTATGCTTAACTTGATGTTAATATTTAACTTAAATAT
TTGACTTACATGTTGACGTTGAAGGCTCAAAGCTATACTAAGAAGCTTTCTGAAAGATTGGGCTTTAAAATAAAATAATATTTTAATATTGAACCATTTT
TTAACTTCTTGTCACTGTTCAATTCCTAAGGTCTAGTTCTTGCCAGTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGATTGGCAGGGCTTTTAAAGAAGTAAGAAGAAAGG
TTAAGATTATTAGGCTAGGTTATAGCTGCTCAGTAGTCATTTTGACAAAGGGTAGCGGATGGTTGGTACAAATAGTGTTATATCCTCTATGACAAACGGG
GTGGATGTTTTTACACATTGAGGTAATACATAGTCAAATCCTTTGCTCTCAAATAGTTGTACACTTTCCATACATTTCTGTCTTATTTTTTAATTCTAGT
GATACACAAATTACATGTGGGCTACTTCATTTGGTAATTTGGTCCAGCTTTTTGGTGGCTGTAGAGTGGCCTCTAGGATACAGAAAATGATTCTCTGAAA
TTTTTCGTTGTAATTGTTAAATACTACTCTGCTTGACTTACTCAGTTTTGGTGGGAAGATCTGGGTCAATTGGAATAGTACACCTTTCTCAGGGTTTTCA
GTTTAATAAGGTTGTCATATTATTCCCAACATGGGAATATAGTGGCTTCTAAAGTTTGCAAATGAATTATGTAAAAGGATTTTCTGTGTATTAGGAAGGC
AACCTGTTCTGTTCATGGTATATTAACACTTCATTGTCATGTGTCTACCCTTAAAATTGCTATTTGTAGTGAAGAAAAAAGCATAGTGGTATTTAGTCAC
TTCTGGGTTCCTCTTGTCAGTTTATATGCAAACATTTTGGCATGTGGGACTTGGGGAGGAGGGACAATTGGTTGTATGTTTTGACCACTTCCACCTATGA
AAATTATCTGAACATTATTCAGATTTAAGAGTTCATGGGAGCAGGTGGTACAGAACCTAGTGTTGAATATAATTTTTGTGCCATGCTTGAATGTATTTTG
ACGGATTAGCAAAATAAAAGTGAACCTCCTATTTTTCATCTTAATGTGAAGATCTTTGGCATTTACATTCTTTTAAAAGTATAAATTCAGTAGTCATTAG
TTGAAAGTGGTTTGAAAGGCTGTTAGAGATGATACAGGTTGAGTATTCCTTATCTGAAATTCTTGGGCCCAGAAGTGTTTTGAGTTTTAGATTTTTTTCA
ATTTTTGAATATTTCCATTATGTTTACCAGCTGAGCAGCTCTCATACAAAAATGTAAAATCCAAACTGCTTCAATGAGCATTTCCTTTGAATGTCATGTC
TGCACTCAAAAAATTTCGGATTTTGGAGCATTTTAGATTTTTTGATTGGAATATCTGTAGTGTTTTTCAGGTCATTTAAAAAGCTCTCATTGGTACTGAT
TTACTGTATCCAAAAAAAAGCCTGCAAGTGGTTAAGGTTCACAGTGATAACTATCAAATCAGAATGACTATACTGATTGTACCCATTCATCCATTTTTAA
CTTAGTGATTTGGAACGTTTCATATTCAAATCTAATTTTCATAATTTTTAAGTAAACCTAAAAGATTGAGGATACTTGAGAAATTTGCATTTATGATTTC
CTTCAAAACCAGAAGTGATGGTATCAGTTATTGGATTTGTAAACTTAGTTTACCTTTTAAGTGTGCTTAAGTTTTGAGAGTTTGCATTTTAGGTTAAATT
TTGTCTGCCCGCGTCTGCTGATTGCAGATAGGCATTTGGATGTTGGATTTGGAGCAGAACTGCATCTAGACTACACGGATTTTACCCAAAAAGACAGCAC
TTGCACTTAGGCTAAGTGTCTTTCTCCATCGTAACCAATTTATTGAATCACTTTAAGAGTGATCATTGGGGAAATTTTCCTCCTCAGCCTTATTTTGGCC
TTTTGAAACAGCAACAAAGACTGCCTAGTCAAATAACTCCTTAGCTGTCCTGCTTTTGAGTGAACTTCATATTTGCCTTGAATGAGAATTTAAATGTTAC
AAGGTAAAACATTTATTATAAAAAGATATTTGAAAGCTGCTATTTAAAAAGGAATTCCAAAGTAGGAAGACTAGAAGGGCAATTCTCTATTTTCCACCTA
TTTTTTTTACTTTGATTTGAAGCCAGATGATTTGAACCTTCAGAGAGGGAAAGGATTCAGGAAGACACCTTTGGTAGTTATTCTTAACTGTTTCCTTCTC
TATTCAGGCAGGCTTTCTTTGTCTCTTTAATTCTTTTACCACTTTGTATGGTTTACTTAAAAAATCTATCTGAAATAGCTATCATTTCCTGCTATAAAGT
TCTCAAGTGTAAACTTTTGCCATTTAAACAGTGTGCTTATTTCCCAGTGTTTACCGTCAATTTCATTGGGTGTTAGGCACCTTTGTGTAAGACAGTTCTA
TAATGTGGAGGTACACAGCAGTGAGACAAACATGGTTGCTGTCTTCATATACCTTGCGTTCTGGTTGGAATTCAATTTATTTTGAAATGGGAATTCAATT
TATTTTGAGATGATGCATCTTTTCCTTTACAGCATTGTGTCACAATCTCATATTGTTCACACCATCAAAATTGGAGTTAGCTCCATTGTCATTGAATGTA
CATTCTCTGATGAAAATTAAGACTCTTTTCTCCTTAATTGATTACTTTTTAGAAATCAAAGGTGTATTTTGTCTTTGATGCTTACGTTGCAAATGTAATT
TGCTTCATAGTGGGTATCTGATTTAATATTTCATAGCCCTTAAGGACGTAAATTTGGGCATCCAATAGACCAAATTCTGTTCCTGACACAGTCACTTTCT
AGCACTGCGACCTTGGACAAACTGGCCCGAGCCTCACTTGCCTTATTTGTAAAAAAATAGGCTATGGTAATACCTGCTACATAGGATTGTTGGGCAGATT
CAGTGAAAGAATGCATATAAAGAAGGGCTTACTGTAGTCTCTGGTACACAGTAATTTTACTATATGGCCCCTAATGAAGAGGTGGGACAGACTAGCAAAA
GGCATACTTTTATATCTTAGTACCCGAGATATGCATGGTCTTTAGGCTTTGCTCTTTACTTGCTGGGTGAGCTTCCATGTGGTAGTTCTCTAAATCACTG
CTGCTTCAACTCTAGTAGGAGAGAGATGAATTCTGCTAGCCATCTGTAATGTTTTAAGTATTTGTTAATATTAGGAAGGTATAAATAATGTGAGTGTTGA
GGAGAGGTGACTTCAGGTAGGAAGAAGGATCAAGAGAGGCATTGTGGAGCATATAACATTTAACCTTAAAAGATAGGTCTTATAGAGAAGGTGGGAGGAG
AAAGAGGGCATTTTAGGTGGAGGACAGATAGGCAGAAACATGGAGCGTATTTGGAGAAGTATGCATATTGGATGCCAAACACTAGGTACATTTACAAATG
TTCTCATTGCATCATTCAGTAACCTTCACAGATAAGGTTGCTAAATCTCATGCCAGAAAAGTAACTCCCAAGGACCCCCAGCTGGTGACATGGTAGAACT
GAGAGTTGAATCCAAGTTTGACCAATTCTAGTTGTTTCGCTCCTTCTACTAAGCTTCATTGACTTCCAGCTAACAAATGTCTAATTTGTACTAAGATAAA
AGAGAGTTGTGAGAAATAAATTGAGAAAATGAAGTTGGAACCAGGTTACTGAGGTCTTTGAGTAGTAGGCTAAGGAGTTTGGACTTAGGGTAGGCAGTAA
AAGTCATTAAAGGTTTTTGAGCAACAATAATGGTAGTGAAACTAATTCACAAAGATTAGTCCAGTAGCACTGAGTAACATAAATGGCAGTGGGGGATGTT
TCAAAGTGGCAAGTTTGCTAAGACAACTGATGTTAACCAGGTAAGAGAATGAGAGCATGAACAAAGAGCAATGGAAATAGACTGACAAAGAAGTTGAGGT
AAGTTGTGAAAGCATAATTGACAAATATTTGGATATATGAAGAATGAGGAAGAGAGAGTAGATTAATCAAAATTACTGTGTGAGAGGATGGTGATGCCAC
TGGTAATAGGAAGAGAAGATTTAGAGGGAAGATTTGGACATAGTTGAAGATGCTGGTAGCACATTGAAGCATTGTGTCTTGCGCATATAGCTTTACAAAA
TGGCCATTGTGCTGGATATTCTTTTTGCCCTTCCTGATCTATTTTCCATCTTTATCTCTCTTGTTCTGTGTTCCTGGGAGGCTGACAAATAAAGAACTGC
ATACTCTCTTTTCTGGCTTTATTCATGGTGGGTTTGGACAGTGATAGAAAAGTGAGGCTGAAATATTTGCTCCTTCTCTTTCTCATATACTTAGCAAGAG
ATTGTGAGTGGCCACAGCTCTGCTCCAGTGGCCCTCTTATAGCTCTAGGTCTTTTCTGGCTTCTCGTAACTGTCTCCTATTGCTAGATTCTCTAGTCCCA
AGAAGGTTCAAACCTTGTTGATTTGCCTTAACTGTGCCCATACCCTTGTAAATAGTTCCTTTTATTAAAACTCTTCAATAACTGAATATACTGTGGTCAT
CTCTTCAGTGAAATTAAAAAAAAAAACTTCTTTCACATTTTCTTATGACTTGATCTTCCCACACCACCAAACGTGAAGATCTAGCTATTTGCACTAGGTT
ACTATCCCTAAATTCAGTGCCTCCCTGTTTCTTAGTATGTCAAGTTAAAATTTGTTACTCTTCTGCTGGGTGATTGTGCTGGAAATACAGAAGAAAAAGA
CAAAAATCCCTGCCCTCAAAGAGCTTATATTTTACTGGGGAGAGACAGGCAATAAGACATAATCAATTATATGGTATGTTAGAAGATGAGAAGTATAGAA
AAAATTAGGGTGAGGAATGGCGATTGTTGCAAGGGATGTTTGTGAGGATAGCATACTTTAAAATAGGTGGTATGGGTAGGTCTCTCAGAAAGTGACATTT
GAGCAAAGACTTGAAGGAAATGTGGGAGTGAGCAATATAGGTATGGGAAGAGCATTCTAGGTAGAGGATTAGGAAGAGCAAAAGCCCTGAAGCAGGACTG
TGTCTGGCCTCTGAAGAAATGCAAATTGTTCAGGGTTGTTGGACCTGAAGGAAGAGGAGGAAAGGAATAATGAGGCCAGAGGGGCCAGATCATGTAGGGA
TTTGTAGGTTGTTGTAAGGATTTTGGTTTTCACTAAATGAATGGTGAACCATTTCAGTTTTGAGCAGAGGAGTTCCATGATCTGATTTGAATTTTAAAAG
ATGTGTTTCCCAAAATTCCTATTCCTTTCATACAGCTGCTTTCAATGAAGGTTTATAAGGAAAGCAATCAGAACTACTTGGATAAGGTATAAGTGATCCA
CAATCTTTTCAACTCTACCATAGGTATCTACATATATATGTTGAGAGATGCTGCTTTTTGGCCAAAATGAATCTTGAATTGGGGGTGTGCAGAAAAAGTT
ATATCTGGCCTGAGGCTGGTATCTTTTAGAGTGGCCTACTTGCATGGTTGGCCCTTATCTGAACACGTGGATTTAGGGGTATTCTCACTGTTCACTAATA
AAGGTGGTTCACTGTACCTAGACTGTTCAAACAAGATGATTTATGCTAAACACCTGCTTTCCTTCTGGGAGTATGGAATTTTGGTACATGCCAGGTAAAG
GATGTCTATATGACCAAACTCCCAATGAAAACCTTGCATACTGAGTCCCTAGGCAGAAACATCCCTCGTATAAAAATGTGCTCTGTGTGAATCTTCATGG
GAGGGAGAGATCCTAAAGAAGCCTGCACATGGATTCCTCCAGATTCTGCTTATGTCTTTTTCCTGTATGATCCAACTGTGTACACTTACTGTGTCACTGT
AATAAACTTTAGCCATGAGTACGATA

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 8
5 nts: 3
6 nts: 2
7 nts: 3
8 nts: 3
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUUU    1
UUCU    1
UCCC    1
UUGC    1
AAUA    1
GUAU    1
AUAU    1
AGGA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 1