Annotated gene sequence

GCGCAGCCTCGGCGTTTCCGCCATGCGCCTGCAGTGCTCCGCGCGCTCTTGACGTCCGGAGCCCCTGGAGTAGGCGCTTCCGGCCATTCATACTGCAGTC
GGTCAGTGTTCGGTTGAAGGATTCTGTGTGCTGTCGGACCCAGAGGGTGACGGCGCCGCTAGGATGAAGCTCGTGAGATTTTTGATGAAATTGAGTCATG
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CTTTAGTTTTTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTAGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCAA
TCTCGGCTCACTGCAAACTCTGCCTCCCGGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGAGACTACAGGTGCCCACCACTATGCCCGGCT
AATGTTTTGTACTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTGAATCTCCTGACCTCGTGATTCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTG
CTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGTCCGGCCGAACATTAGTTTTTAAAGAAATGTATTATGAATATAGATAGAAAACCCAAAGTGAAGGAATAGAAA
ATGAAATATCAGTTTCTTTTAATCTATCATAATTATGTGAGCATAACTTAGTATTTTGAAATAGATTAATGTAGTCAGCAAACAATTCATGTATTACCTA
TAATAGATATCATACATATAACATTTAATAACATACAGTTCTTGTTCCTGAAGACTTAACCTAGAAAATAACTCCATAACAAGAAGAATCTCTGTCATAA
TAAACCAACAGCAGACATTTTCTAAAGGCATTAAAAGTATATCTGATACTGGCCTTTATTAATGTGAAATTCTTGTGGATCTGTGAAATAAAGAGGAGTA
CTTTCTTTT

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 4
7 nts: 2
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

GUCU    1
UAUA    1
UAUU    1
UGAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 3
U x 0 bulge: 2
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 1