Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

TGGCGGGGCGCGGCCAGCGTGCAGGGCTGGGCCAGCGTGCGGGGCTCCTCCCCTTTCCTCCGGCGGCGCCGGCGGCCGCAGAACTTCCGGGTCGGCGCGG
AGGCGGGGCGGAGGCGCCGCGGCGGCTGTTATTGTTCGGCTGGGCTCGGTCGGGCGCTGTCTCCCTCGGCTCTGCGGGTGTCAGTTCGTCCGGCTTCCTC
ACAGCCCCTCACTCCCGGCGGCTGACAGCAGCAGCGGCGGCGGCGGGCGGCGCCTGGCGTTTCGAGGCTGAGCGGCACCGGGGTTGGGGCGCGGAGGAGG
AGCAGCAGCGGGAGGAGGAGCCGTGTGCCCTGGCACTGAGCGGCCGCGGCCATGGCGTACGCCTATCTCTTCAAGTACATCATAATCGGCGACACAGGTG
TTGGTAAATCATGCTTATTGCTACAGTTTACAGACAAGAGGTTTCAGCCAGTGCATGACCTTACTATTGGTGTAGAGTTCGGTGCTCGAATGATAACTAT
TGATGGGAAACAGATAAAACTTCAGATATGGGATACGGCAGGGCAAGAATCCTTTCGTTCCATCACAAGGTCGTATTACAGAGGTGCAGCAGGAGCTTTA
CTAGTTTACGATATTACACGGAGAGATACATTCAACCACTTGACAACCTGGTTAGAAGATGCCCGCCAGCATTCCAATTCCAACATGGTCATTATGCTTA
TTGGAAATAAAAGTGATTTAGAATCTAGAAGAGAAGTAAAAAAAGAAGAAGGTGAAGCTTTTGCACGAGAACATGGACTCATCTTCATGGAAACGTCTGC
TAAGACTGCTTCCAATGTAGAAGAGGCATTTATTAATACAGCAAAAGAAATTTATGAAAAAATTCAAGAAGGAGTCTTTGACATTAATAATGAGGCAAAT
GGCATTAAAATTGGCCCTCAGCATGCTGCTACCAATGCAACACATGCAGGCAATCAGGGAGGACAGCAGGCTGGGGGCGGCTGCTGTTGAGTCTGTTTTT
ACTGTCTAGCTGCCCAACGGGGCCTACTCACTTATTCTTTCACCCCCTCTCCTCCTGCTCAGCTGAGACATGAAACTATTTGAAATGGCTTTATGTCACA
GAAGACTTTAATCCGTCAAATTCTTGTATAACTTTGAATAAATGGTTAATGTTCACTTAAAAGACAGATTTTGGAGATTGTATTCATATCTATTTGCATT
TGATTTCTAGGTCAATTGATGTGATTATTTTTGTTAAATGTTGTCTTGTGCCCTTAACTACGAACTGAATTGTATTAAACACTACAAAGTCATCTTGAGT
ATTTTAAATCGGTTTGTGTAGTTAGGTTTCCCAACATCTGTGGTTACCTAATGTTTAATATTATAGAACTGTCCTCAGAAACTTTGTCAATTTTCACGGC
TATAAGGAAACAGAAGGACTCTTTTAATTCTGTATTTATCATTTACTTTCTGTATATATAGTTTAATAACCTGCTTGGGTGTAATTTGCCAAGCTTGAAT
TCTTTAATGCATTTGCATAAATTCTATACTGTTTAGAGCTTAAAGCTACAGAAGCATTGTTAGGAATTGCTTGGACACTGAATTTTAAACTTTTTGACAT
TGTTAACAAGCATGTTCATCTTTTCTTGTCACTAGTCCAAGAAAAATATGCTTAATGTATATTACAAAGGCTTTGTATATGTTAACCTGTTTTAATGCCA
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AGGGCAGAAGCAAGAAATTTCTACATCTTAGCGACTCCAAGAAGAATGAGTATCCACATTTAGATGGCACATTATGAGGACTTTAATCTTTCCTTAAACA
CAATAATGTTTTCTTTTTTCTTTTATTCACATGATTTCTAAGTATATTTTTCATGCAGGACAGTTTTTCAACCTTGATGTACAGTGACTGTGTAAAATTT
TTCTTTCAGTGGCAACCTCTATAATCTTTAAAATATGGTGAGCATCTTGTCTGTTTTGAAGGGGATATGACAATAAATCTATCAGATGGAAAATCCTGTT
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GTAAGCAGTGTAAGCAAGTGTTTTCTCCTGAACTAGCACAAAAGCACTTATGCCTGAAAGAAAGCATAAAGAAGTTCTAACTCTGAAACTAACTACTTTC
ATTTCGCTCATGGCCTTCAACTTTCTACAGGTCTTCCCTGAAGATTCAGCAGTACTCTCTCAAAGGTTTGACAGTACTCTTGTGGGAAATCACCAAATGC
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CTTTCTGTTAATTGAGAAAGCAATGTTATTGTCTGTGATTTCCAGTCTTTGCTCATTTTATTATCCCTGTCAAATAATGTAATATTGGTACCTGCAGTTG
AATTTGTAATATTGTAATTGAATTTTTAGTTGATCTTCGATCAGTTTTTATAGCATCTATGGACATAGAAAATCAGTCACTGAAAAAAATAAACACAGCT
TTCAATGTCTCACTCAACATGTAACATTCAAAATTGTGATCTTCATAAAGACATTGTTACCATTCGTCTTGCAAATTTAAGACAACTGAATGAAAAGCCA
ATTTTTTGAAAGAATGTGGCATATAATTAGATATACAACTGAAACAGGATATACAACTGCATACAATTTGTTTTTAATGATATTTTAAAATAGCCTGTTA
GCAGGAAAATAGTCCCTATTTATCTGCTAATGGTCAAAAAGAGTTAGGATATAAATCGTACCAAAATGTTTCCAATCACTCAGAAAAACTGATTCATGTC
TGGCTTTGCAACACCTTAAACATTTATTCTGTCATAGATAGTAAAGCCCCATCTCAGTTTATTTAGTCCTGAGGTTGGCAGCATGGGGTTTGACTATATG
AGCTAAAAGATACACAAAGAGATAACGCTGTTTCATAATAAACAGGAATTGACTATACAAATAGGTAAACCAGCATATCTACCTGTATTTCTCAGAGTTT
AGATGTGTGCTTTATGTTTACATTAAAATAAAGCCTAACGCCACAGTA

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 1
5 nts: 1
6 nts: 2
7 nts: 1
9 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0