Annotated gene sequence

CTTTCCCCTTACTCCGCTCCCCTCTTTTCCCTCCCTCTCCTCCCCTTCCCTCTGTTCTCTCCTCCTCTTCCCCTCCCCTCCCCCGTCCGGAGCACTCTAT
ATTCAAGCCACCGTTTCCTGCTTCACAAAATGGCCACCGCACGCGACACCTACGGTCACGTGGCCTGCCGCCCTCTCAGTTTCGGGAATCTGCCTAGCTC
CCACTAAGGGGAGGCTACCCGCGGAAGAGCGAGGGCAGATTAGACCGGAGAAATCCCACCACATCTCCAAGCCCGGGAACTGAGAGAGGAAGAAGAGTGA
AGGCCAGTGTTAGGAAAAAAAAAACAAAAACAAAAAAAACGAAAAACGAAAGCTGAGTGCATAGAGTTGGAAAGGGGAGCGAATGCGTAAGGTTGGAAAG
GGGGGCGAAGAGGCCTAGGTTAACATTTTCAGGCGTCTTAGCCGGTGGAAAGCGGGAGACGCAAGTTCTCGCGAGATCTCGAGAACTCCGAGGCTGAGAC
TAGGGTTTTAGCGGAGAGCACGGGAAGTGTAGCTCGAGAGAACTGGGACAGCATTTCGCACCCTAAGCTCCAAGGCAGGACTGCTAGGGGCGACAGGACT
AAGTAGGAAATCCCTTGAGCTTAGACCTGAGGGAGCGCGCAGTAGCCGGGCAGAAGTCGCCGCGACAGGGAATTGCGGTGTGAGAGGGAGGGCACACGTT
GTACGTGCTGACGTAGCCGGCTTTCCAGCGGGTATATTAGATCCGTGGCCGCGCGGTGCGCTCCAGAGCCGCAGTTCTCCCGTGAGAGGGCCTTCGCGGT
GGAACAAACACTCGCTTAGCAGCGGAAGACTCCGAGTTCTCGGTACTCTTCAGGGATGAGTCATGTGGCAGTGGAAAATGCGCTCGGGCTGGACCAGCAG
TTTGCTGGCCTAGACCTGAACTCTTCAGATAATCAGAGTGGAGGAAGTACAGCCAGCAGTTTCTACGATAAAGACAGTTCAGGGTGGAGTTCTAGCAAAG
ATAAGGATGCGTATAGCAGTTTTGGATCTCGTAGTGATTCAAGAGGGAAGTCTAGCTTCTTCAGTGATCGTGGAAGTGGATCAAGGGGAAGGTTTGATGA
TCGTGGACGGAGTGATTACGATGGCATTGGCAGCCGTGGTGACAGAAGTGGCTTTGGCAAATTTGAACGTGGTGGAAACAGTCGCTGGTGTGACAAATCA
GATGAAGATGATTGGTCAAAACCACTCCCACCAAGTGAACGCTTGGAACAGGAACTCTTTTCTGGAGGCAACACTGGGATTAATTTTGAGAAATACGATG
ACATTCCAGTTGAGGCAACAGGCAACAACTGTCCTCCACATATTGAAAGTTTCAGTGATGTTGAGATGGGAGAAATTATCATGGGAAACATTGAGCTTAC
TCGTTATACTCGCCCAACTCCAGTGCAAAAGCATGCTATTCCTATTATCAAAGAGAAAAGAGACTTGATGGCTTGTGCCCAAACAGGGTCTGGAAAAACT
GCAGCATTTCTGTTGCCCATCTTGAGTCAGATTTATTCAGATGGTCCAGGCGAGGCTTTGAGGGCCATGAAGGAAAATGGAAGGTATGGGCGCCGCAAAC
AATACCCAATCTCCTTGGTATTAGCACCAACGAGAGAGTTGGCAGTACAGATCTACGAGGAAGCCAGAAAATTTTCATACCGATCTAGAGTTCGTCCTTG
CGTGGTTTATGGTGGTGCCGATATTGGTCAGCAGATTCGAGACTTGGAACGTGGATGCCATTTGTTAGTAGCCACTCCAGGACGTCTAGTGGATATGATG
GAAAGAGGAAAGATTGGATTAGACTTTTGCAAATACTTGGTGTTAGATGAAGCTGATCGGATGTTGGATATGGGGTTTGAGCCTCAGATTCGTAGAATAG
TCGAACAAGATACTATGCCTCCAAAGGGTGTCCGCCACACTATGATGTTTAGTGCTACTTTTCCTAAGGAAATACAGATGCTGGCTCGTGATTTCTTAGA
TGAATATATCTTCTTGGCTGTAGGAAGAGTTGGCTCTACCTCTGAAAACATCACACAGAAAGTAGTTTGGGTGGAAGAATCAGACAAACGGTCATTTCTG
CTTGACCTCCTAAATGCAACAGGCAAGGATTCACTGACCTTAGTGTTTGTGGAGACCAAAAAGGGTGCAGATTCTCTGGAGGATTTCTTATACCATGAAG
GATACGCATGTACCAGCATCCATGGAGACCGTTCTCAGAGGGATAGAGAAGAGGCCCTTCACCAGTTCCGCTCAGGAAAAAGCCCAATTTTAGTGGCTAC
AGCAGTAGCAGCAAGAGGACTGGACATTTCAAATGTGAAACATGTTATCAATTTTGACTTGCCAAGTGATATTGAAGAATATGTACATCGTATTGGTCGT
ACGGGACGTGTAGGAAACCTTGGCCTGGCAACCTCATTCTTTAACGAGAGGAACATAAATATTACTAAGGATTTGTTGGATCTTCTTGTTGAAGCTAAAC
AAGAAGTGCCGTCTTGGTTAGAAAACATGGCTTATGAACACCACTACAAGGGTAGCAGTCGTGGACGTTCTAAGAGTAGCAGATTTAGTGGAGGGTTTGG
TGCCAGAGACTACCGACAAAGTAGCGGTGCCAGCAGTTCCAGCTTCAGCAGCAGCCGCGCAAGCAGCAGCCGCAGTGGCGGAGGTGGCCACGGTAGCAGC
AGAGGATTTGGTGGAGGTGGCTATGGAGGCTTTTACAACAGTGATGGATATGGAGGAAATTATAACTCCCAGGGGGTTGACTGGTGGGGTAACTGAGCCT
GCTTTGCAGTAGGTCACCCTGCCAAACAAGCTAATATGGAAACCACATGTAACTTAGCCAGACTATACCTTGTGTAGCTTCAAGAACTCGCAGTACATTA
CCAGCTGTGATTCTCCACTGAAATTTTTTTTTTAAGGGAGCTCAAGGTCACAAGAAGAAATGAAAGGAACAATCAGCAGCCCTGTTCAGAAGGTGGTTTG
AAGACTTCATTGCTGTAGTTTGGATTAACTCCCCTCCCGCCTACCCCCATCCCAAACTGCATTTATAATTTTGTGACTGAGGATCATTTGTTTGTTAATG
TACTGTGCCTTTAACTTTAGACAACTTTTTATTTTGATGTCCTGTTGGCTCAGTAATGCTCAAGATATCAATTGTTTTGACAAAATAAATTTACTGAACT
TGGGCTAAAATCAAACCTTGGCACACAGGTGTGATACAACTTAACAGGAATCATCGATTCATCCATAAATAATATAAGGAAAAACTTATGCGGTAGCCTG
CATTAGGGCTTTTTGATACTTGCAGATTGGGGGAAAACAACAAATGTCTTGAAGCATATTAATGGAATTAGTTTCTAATGTGGCAAACTGTATTAAGTTA
AAGTTCTGATTTGCTCACTCTATCCTGGATAGGTATTTAGAACCTGATAGTCTTTAAGCCATTCCAGTCATGATGAGGTGATGTATGAATACATGCATAC
ATTCAAAGCACTGTTTTCAAAGTTAATGCAAGTAAATACAGCAATTCCTCTTTCAACGTTTAGGCAGATCATTAATTATGAGCTAGCCAAATGTGGGCAT
ACTATTACAGGGAAAGTTTAAAGGTCTGATAACTTGAAATAGGTTTTTAGGAGAATTCATCTACTTAGACTTTTTAAATGCCTGCCATAAATGAAATTGA
AATGGTAGAATGGCTGACCACAGCAATGACCAGCCCTCATTAGGGCCCTGGATGATTTTTGGTCTAATAACGCATGCTAGTGTTGATGTTTTTTGGTCAA
GAGGGTATGAACAGGAAGAATTAAATGCAGCAGGCTTTATTTTAAATGCCGATTCACATTACTCTGTTCAAGCTGCGTTGAGATGTTAAACTGGCTTACT
ATAGACTTCGTAAAAATGGCTCCAGAAGAGTAACAAACTGAAATCTTTGAGATCACACAGGTTGGAAATATGTACATAACTGCACAAGGTGTCAATTCTG
CTCTACAGTGCAGTTTTAGTCAGTTTTAGTTGCATAGGTTTCCATTGTATTTATAGTCTGTTTATGCTAAATCTGGCCAAAGATGAGCATTGTCCACCAC
TAAAATGCCTCTGCCACTTTGAATTCTGTGCTAATTTTGTGGCCAGAATGCGGTGATCAAAACGCTCCATCTTTTTACAGTGGCATAGGAAGACGGCAAA
AATTTCCTAAAGTGCAATAGATTTTCAAGTGTATTGTGCCTTGTTCTAAAACTTTTATTAAGTAGGTGCACTTGACAGTATTGAGGTCATTTGTTATGGT
GCTATTTCAATTAGTCTAGGTTTAGGCCCTTGTACATTTTGCCCATAACTTTTTACAAAGTACTTCTTTTATTGCACATTCAGAGAATTTTATATATATG
TCTTGTGTGCGTGTCCTTAAACTTCCAATCTTACTTTGTCTCTTGGAGATTGTTGAACGCAGCTTGTCTAGGAAGGGGATGGGACTAGATTCTAAAATTT
ATTTGGGACCATGGGAATGATAGTTGGGAAGAAAACTATTTGCACACGACAGATTTCTAGATACTTTTTGCTGCTAGTTTTATGTAATATTTATTGAACA
TTTTGACAAATATTTATTTTTGTAAGCCTAAAAGTGATTCTTTGAAAGTTTAAAGAAACTTGACCAAAAGACAGTACAAAAACACTGGCACTTGAATGTT
GAATGTCACCGTATGCGTGAAATTATATATTTCGGGGTAGTGTGAGCTTTTAATGTTTAAGTCATATTAAACTCTTAAGTCAAATTAAGCAGACCCGGCG
TTGGCAGTGTAGCCATAACTTTCTGATGTTAGTAAAAACAAAATTGGCGACTTGAAATTAAATCATGCCAAGGTTTTGATACACTTGTCTTAAGATATTA
ATGAAACACTTCAAAACACTGATGTGAAGTGTCCAGATTCTCAGATGTTTGTTGTGTGGATTTTGTTTAGTTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTCAGTGAAT
GTCTGGCACATTGCAATCCTCAAACATGTGGTTATCTTTGTTGTATTGGCATAATCAGTGACTTGTACATTCAGCAATAGCATTTGAGCAAGTTTTATCA
GCAAGCAATATTTTCAGTTAATAAGGTTTCAAAAATCATGTAAGGATTTAAACTTGCTGAATGTAAAGATTGAACCTCAAGTCACTGTAGCTTTAGTAAT
TGCTTATTGTATTAGTTTAGATGCTAGCACTGCATGTGCTGTGCATATTCTGATTTTATTAAAATAAAAAGTTGAACTGCACAGTCTCCTTTGTTGTTGT
CAATTGTGGTTTATTTTCAGAGGTGTAAATAAAGTGCTCTTGCCTG

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 4
5 nts: 2
6 nts: 3
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

GGUU    1
AACG    1
ACCA    1
CAUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 2
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 2
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 2
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0