Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGTATAAGAATACATTGTAGCTCGACATTTTGGCACCAGCCCCTAAAGCATTCCCACCACCACCCCCGCTGCGACAAAGCCCTGCGCTCCTTACGACAGC
GTACGACGCCGAGCCTGACAGGAACGCCTCGTGCGGTAGAACCGCGCGGGCCAATCGCGCTGCTCCCGGGTGATGACGTAGGCTGCGCCTGTGCATGCGC
AGGGAGGGGAGACCTTGGCGGAGCGGCGGAGGCGCCCAGCGGAGGTGAAAGTATTGGCGGAAAGGAAAATACAGCGGAAAAATGCAGAGCTGGAGTCGTG
TGTACTGCTCCTTGGCCAAGAGAGGCCATTTCAATCGAATATCTCATGGCCTACAGGGACTTTCTGCAGTGCCTCTGAGAACTTACGCAGATCAGCCGAT
TGATGCTGATGTAACAGTTATAGGTTCTGGTCCTGGAGGATATGTTGCTGCTATTAAAGCTGCCCAGTTAGGCTTCAAGACAGTCTGCATTGAGAAAAAT
GAAACACTTGGTGGAACATGCTTGAATGTTGGTTGTATTCCTTCTAAGGCTTTATTGAACAACTCTCATTATTACCATATGGCCCATGGAAAAGATTTTG
CATCTAGAGGAATTGAAATGTCCGAAGTTCGCTTGAATTTAGACAAGATGATGGAGCAGAAGAGTACTGCAGTAAAAGCTTTAACAGGTGGAATTGCCCA
CTTATTCAAACAGAATAAGGTTGTTCATGTCAATGGATATGGAAAGATAACTGGCAAAAATCAAGTCACTGCTACGAAAGCTGATGGCGGCACTCAGGTT
ATTGATACAAAGAACATTCTTATAGCCACGGGTTCAGAAGTTACTCCTTTTCCTGGAATCACGATAGATGAAGATACAATAGTGTCATCTACAGGTGCTT
TATCTTTAAAAAAAGTTCCAGAAAAGATGGTTGTTATTGGTGCAGGAGTAATAGGTGTAGAATTGGGTTCAGTTTGGCAAAGACTTGGTGCAGATGTGAC
AGCAGTTGAATTTTTAGGTCATGTAGGTGGAGTTGGAATTGATATGGAGATATCTAAAAACTTTCAACGCATCCTTCAAAAACAGGGGTTTAAATTTAAA
TTGAATACAAAGGTTACTGGTGCTACCAAGAAGTCAGATGGAAAAATTGATGTTTCTATTGAAGCTGCTTCTGGTGGTAAAGCTGAAGTTATCACTTGTG
ATGTACTCTTGGTTTGCATTGGCCGACGACCCTTTACTAAGAATTTGGGACTAGAAGAGCTGGGAATTGAACTAGATCCCAGAGGTAGAATTCCAGTCAA
TACCAGATTTCAAACTAAAATTCCAAATATCTATGCCATTGGTGATGTAGTTGCTGGTCCAATGCTGGCTCACAAAGCAGAGGATGAAGGCATTATCTGT
GTTGAAGGAATGGCTGGTGGTGCTGTGCACATTGACTACAATTGTGTGCCATCAGTGATTTACACACACCCTGAAGTTGCTTGGGTTGGCAAATCAGAAG
AGCAGTTGAAAGAAGAGGGTATTGAGTACAAAGTTGGGAAATTCCCATTTGCTGCTAACAGCAGAGCTAAGACAAATGCTGACACAGATGGCATGGTGAA
GATCCTTGGGCAGAAATCGACAGACAGAGTACTGGGAGCACATATTCTTGGACCAGGTGCTGGAGAAATGGTAAATGAAGCTGCTCTTGCTTTGGAATAT
GGAGCATCCTGTGAAGATATAGCTAGAGTCTGTCATGCACATCCGACCTTATCAGAAGCTTTTAGAGAAGCAAATCTTGCTGCGTCATTTGGCAAATCAA
TCAACTTTTGAATTAGAAGATTATATATATTTTTTTCTGAAATTTCCTGGGAGCTTTTGTAGAAGTCACATTCCTGAACAGGATATTCTCACAGCTCCAA
GAATTTCTAGGACTGAATTATGAAACTTTTGGAAGGTATTTAATAGGTTTGGACAAAATGGAATACTCTTATATCTATATTTTACATAAATTTAGTATTT
TGTTTCAGTGCACTAATGTGTAAGACAAAAAGCTACTTATTGTAGCATCCTGGAATATCTCCGTCAACTCATATTTTCATGCTGTTCATGAAAGATTCAA
TGCCCCTGAATTTAAATAGCTTTTTTCTCTGATACAGAAAAGTTGAATTTTACATGGCTGGAGCTAGAATTTGATATGTGAACAGTTGTGTTTGAAGCAC
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TCTCTCACTTGTTTTATTTAACCTCTAAATTCTTTCATTTTAGGGGTAGCATTTGTGTTGAAGAGGTTTTAAAGCTTCCATTGTTGTCTGCAACTCTGAA
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AATATATACTTTTGGAGAAGTACAACATAAGGGAGTCTTTAATCTGTGTTTTCCTTGGCTGGGTTAATGACTGTTTATTTAAAGAGTGTTGTAAAATTGG
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AAATTGATTGTTGTCTTAGGAGGCAGTTAACTTGGCTGAACACCAACTCCACACTCTGTCTTGTTTGTAGGTGGCAGCAGCTGAAATCTCTTCTCAGTTG
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CCTCAAGTGAGAACCCGTTAAAAATGAGACATTGAGCCAGTGCTGTTCACTTTTTAAGTGCCAACTTCCCTCTACTTTCCACTTGTTTATAGTTGTTTCC
AGTGCCTTTAGTTTTTTCTAAAATATATTTGTTCAGAGTTTGCAGTTGCTATCAGCAGGAGGGTTGGTCTGATATCTGTGTGCTACTTTGCCATTATTGG
AAGTGAACTCTGCATCTTTTTAAAAATTTGAAATCCCGGTATCATGTGAAGTGCTGTTTATGTAAATCTCAACATATCCCTTACTCAGGGAAAAAAAAGT
TTTTAGTTAGGGAATAGTGAAATATAATTTAATATGGAATTCTAGCTGTAGAGTTAAATCCATCTTTAAGTGTTTACATTCAGTATGAGAATGCAAATTT
ATCTGTATGGGGAATAAAGTCCTAGGAATAAAACAAGTTTTAAGTGTTCACTTAC

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 5
5 nts: 2
6 nts: 1
7 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

GAAC    1
UAAU    1
UUUU    1
UUAA    1
AUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0