Annotated gene sequence

GTGGTGTCGGTGTCGGCAGCATCCCCGGCGCCCTGCTGCGGTCGCCGCGAGCCTCGGCCTCTGTCTCCTCCCCCTCCCGCCCTTACCTCCACGCGGGACC
GCCCGCGCCAGTCAACTCCTCGCACTTTGCCCCTGCTTGGCAGCGGATAAAAGGGGGCTGAGGAAATACCGGACACGGTCACCCGTTGCCAGCTCTAGCC
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GTGATTGGGTGGGATTTTTTCCCTTTTTATGTGGGATATAGTAGTTACTTGTGACAAGAATAATTTTGGAATAATTTCTATTAATATCAACTCTGAAGCT
AATTGTACTAATCTGAGATTGTGTTTGTTCATAATAAAAGTGAAGTGAATCTGATTGCACTG

Loop counts:

3 nts: 6
4 nts: 14
5 nts: 8
6 nts: 7
7 nts: 2
8 nts: 3
9 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UAGU    1
AAAC    1
GAUG    1
GUGU    1
AAGG    1
UGCU    1
ACCC    1
UUCU    1
CCAA    1
CAGG    1
UGCC    1
AUAA    1
CACC    1
ACUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 2
U x 0 bulge: 3
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 2
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 2
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 3
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 2
C x G bulge: 0
C x A bulge: 3
C x U bulge: 2
C x C bulge: 0