Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GATTGGCAGGTCCGCACGCCCCGCCTCTTCCGCTTCTGTGGTCTGATCTTCCTGCGGCTGAACCGCCCGGCTGAGCCGACATTGCCGGCGTCTTGGCGAT
TCGGCCCGACGAGCTCCGCTTTCGCTACAGCATGGTGGCCTACTGGAGACAGGCTGGACTCAGCTACATCCGATACTCCCAGATCTGTGCAAAAGCAGTG
AGAGATGCACTGAAGACAGAATTCAAAGCAAATGCTGAGAAGACTTCTGGCAGCAACGTAAAAATTGTGAAAGTAAAGAAGGAATAATCTACCCTGACTA
AAGCTTGAAATGCTACATTTCCAAGGTGAAGATGTGTGGGCACATGTTATGGCAGATTGAAAAGGATCTCATTCCATGGGAAAAAAAAAAATCCTGTCTT
GTTCATAAATTGACAATGTCAATAAATTGAAATATGGTTCACTGTTACTCTTGATTTTAGTTTGTGAGACTTTTTCATTTTCTTTAAAGGAACTGTCTGC
ACAGCTGCATGATTATGGCCATGTGAACCAGGGTTTCTTAAAAGCAGGGGAAGCCAGATTTAATATTTAGTGACCAAAGGGATACAGAAAGCATTTTGAA
AATGTCTCAAAATAGTTGTTTCATGACATTAATTGGTGATCAAAATTATCTGCTGTCATTGAGGCTTCGTAGTCCCTTATTTTTGAATTGTTGTCATGTC
AGAATAATGACATGGTTATCAGTAACAAATGGAAATAATTATTAAATACTAAAAGTGTAGATTAGAAGAAGAAATACTAAATTGTACTTGTTTTGTATTG
TGCACTTAAAGCCTATAGATAAGAACGGTTACAGAATTTAAGCACAAAGTGTTTTTCACATTGTTTTGTAAATGAATCTTTATACTCTGGTAGCATTTCT
CATAGGAAATGAGGCAAAGCTATTGAATAACTTGCTCATTGAGTTGATGGCCAAACTGAAATTAAAACCTAGGAGTTTTGACTGCAAGTCTGGGACACGG
TGACCACAACAGCAGTTTCGTGGTATTTCCATAGTGATTCATTCATTCATTATTTAGGGATGAAAAATTGTTGCAAGTTATGTTTTTATCTTTCTTTGAA
ACTTGAAAGGGCTTGGGCAAGTAAAACACCATTGCAAAGTTAACTGCCTGATTTTAACTGTTTTTGGAGACTGGAGAAATAAATTTGAACTGGAAATTTT
GAAACACCATTCTAGGATCAGTTCTCACATGGTACTTAAGCTCACAATGATTTATCAGGGCCACTGTCAGCAATGCCGAGGATAAGCCGAAAAGAACATC
TTTGTTCTCGGCTTCTGGGAATGACTTATTGTCCCGACACTTGACCTGTAGGTTTTACTGAATTCTCAGCACAGAGCGAGCAGGGAGGCAGAGCCAATTG
AGTGGAAGAGGGTGCCTCTGGAAAACAGCAGGTTAGGAGCCCTTGGAGTCCTCCGCCTCGGAGCTGTCATCCTGCTGTTGGCAAGTTAGGGCACCTCAGT
TCAGTGCTGTGGCCCCCAAGATTAAGGTACTAGGAAGTATCCTCCATTACAGGGAACAGGAATAAATGAATCAAAAAGCTATCGGGCCTTTTTGACATGG
GACGAATAAAGTAACTAATAGGCAAAGGGGCTAAATGATTTCCAGTCAAGTAATTAGAGATAAGTCATTTATTAAGGAGGCAGATGGGGTATTATTGGTA
TATAGATGGCATAGTAGATTGCTAGTATATTGGTAGATTATTGGTATATAGATGGTATGTTAAGGAGGCAGATGGGGTATTACTGGTATATAGATGGTAT
GGTAGATTGGTAGTATATTGGCAGATTATTGGTATATGGTATGTTGAGGCAGATGGGGTATTACTGGTATATAGATGGCATAGTAGATTGGTAGTATATT
GGTAGATTATTGGTATAGAGATGGTATATTATTAAGGAGGCAGATGGGGTAATTAGAGGTGAGACTTAGGGACAGGGCTTGTGATATGGAAAGGAGTGAA
GTCACTGAGTAAAAGACAAGTTTACTGTCAGCAGAGATTCTTAGAGGCTCTTTTCTCCGTGATTAAAAAAAAATCCTAAACCAGTAGTATAATAAACTTC
CTGCCTCCAGCAGTGCTGGGTAGCTGGCAGGATGACTGTGCCCAGTGATGAGGTGACCCCAGTCAGACCAACTTAATGAGTATCCCACTAATTAGTTGGA
TGATGTTTGAAGCTGTCAGTTAATCTCTTAGTTCACATCGTTCTTGTGAGCAAAGTGAAGGAATCGGATAAGCTCTAAATTTCGGTGATGCTGCTGCTCT
GAGAGACCAAGGTCGCTGGAGCAACCGTACTGCTAAAGGATAAGCTCTTCAAAATCAAAAGGGACAGATTTCTTAAGTTTCTAGTTTGTTTTGTGTTTTT
ACATCTATTTCTACCATACGAAAGAGTAGGATGGTGAGATGCATTTCTAAATATTTTTAACTACTCAGTCTGGATGGTTAGGCTTCAAGAAAAGGAATTT
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CCTTGTATAATCGCAGGCTGTAAGTCTTTAGCATCTCAGGAAGTTACTAACTTCAAACTAAGTATATAGGTAGAGTTTCTTACTAAATCTAGTGCTTCTT
GAACCACAAGTAGAAAGCATTTAAAACATGAATGTTGTTTTGTGTTTTTTGAAGTTTGTAAATAGAAGACTTGTTGATGATCCGATGGCAAGGTATTTTT
CTCTTGGTATGTATTTTAGTTATTTCCTCGTGATGCATAAGTGAAAAGAGTGAAGTTTCTCAGAATGAGCAACTGTCATCCATCTACCTGCTATTTTATT
ATTGCTGATTACAAAAGCAAATCAAGAGATGAGAACCCAGTTGCCTGCAAGTAAATATTTACTGCATTGAGGGTCGGAGCATTTTCCCATTACCGGTTAT
CCATGGATCAAATAGTGTATCTCAGTGGTAATTCTAGAGGGCCATTAAAACCCTGATGGTGCTGGAAGAGATGGCAGTGCTGCATGTCAGAAATAGGTAA
ACTGTAATTAAGAAGTTACAGATGATTTGATTACGCTCTTGTGTATTTGGTCCTGTTATAATGTGAGCAGATTAAAATCATGTAGTGCTTAAAGCTATGT
CATTATGCAAACATTTATGGCAACTTCTGCAAATTAATTTGAACTGTAAAAGTTCCCTAATGAGACGATGTCCTCCATAACTGAGAAGGACACTGCAGCC
ATTGCTGCTTAATTCCTGCATTTGAATGGTTGCCGAGCGCATGGTGTGCCCTTTCTCAAAGAGCAGAGAGGCTGCAGAGCATTTTGGGGGGTGATGACTG
AATGAAAGTGAAAAGACCATTTCAAAATAGCCTTTAAAAGGAAAGCCAAGGATGATTATTAATGAATTCCTGGGATCTAACAGTAGTAAGAAATTTAAAC
TATATAAACATATATGTTAAAGGCTAGCTCTTCAGAAATAAAGATCAGAAGACTGCAGTTCTTTA

Loop counts:

3 nts: 5
6 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
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