Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
TCACGTGGGTCGCCGAGGCTCGCAAGTGCGCGTGGCCGTGGCGGCTGGTGTGGGGTTGAGTCAGTTGTGGGACCCGGAGCTGCTGACCCAGCGGGTGGCC
CACCGAACCGGTGACACAGCGGCAGGCGTTAGGGCTCGGGAGCCGCGAGCCTGGCCTCGTCCTAGAGCTCGGCCGAGCCGTCGCCGCCGTCGTCCCCCGC
CCCCAGTCAGCAAACCGCCGCCGCGGGCGCGCCCCCGCTCTGCGCTGTCTCTCCGATGGCGTCCGCCTCAGGGGCCATGGCGAAGCACGAGCAGATCCTG
GTCCTCGATCCGCCCACAGACCTCAAATTCAAAGGCCCCTTCACAGATGTAGTCACTACAAATCTTAAATTGCGAAATCCATCGGATAGAAAAGTGTGTT
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TGACCATTTTTTTGTGTGTACAGCGTCATATAGGCTTTGCCTTTAATGATCTCTTACGGTTAGAAAACACAATAAAAACAAACTGTTCGGCTACTGGACA
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GGAGATTATAATCAGTTTGTTTTCAAGATAATAGAAAATAAGGTCCATGAGAATAGAAGTTATGTGATTTCAGTGAGTTGATGTGTACAGCATGGCTGTG
CTCCATCTGATTTACCCCATTCTTAAGTTCTGAGAGTATGTTCTCAAGGAAGATTTAACTCTCTTTGGTTTTAAATTACTTTTTAACCAGCCTAATAAAT
AAGTCTTACTACTTTTCATAATATTTCATAATAGTTAAAAGTAGGTGTTTTTTTCGTGCTCAATTTGGCACTCAAAATAATGTTCATTATGGAAGTTTGG
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GCTTAGGAACATAAAAGATAATTGTTGCTTGAATAGCACCCCCAGAGATACTGACCTAATTGGTCTGGGGTGGAGATCTGGCATGGTAGTTTTTTTCAAG
CTCCAATCATCGGCCAGACAGTTGCTTTATGTAGGTTTTTAAATGCCAAAGGCAGATATGAAGTAGATTTAATTAAGACTTGACTTCAGCAATACAGGGG
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GAATACCACTAAAGATTTTTGACTTGTGAATAAATGAGCTGTCATCGCAAAAAGGCGATTTGAGAAATGTGGGCTTCAGTATTAATTGCCATTTTGCTGA
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ATTACTTAGTTTTACGTCAGCTCATTTCATCATCATTGATAACTTGTGAAATACTTATCTCCATCCTATGGAATAGGGGAGACGGGTTTAGACAGGTTCA
ATTAGCTCAAGTCTACACAGCTGAAGTAGCAGAGAAAGTGGGATCTAGATGGTCTGATCCTAGTGATCTACCATATGAAGGACATAGTTTGTGTCCTGGT
CCAAGTCAAATATTGACTCCTCACAAACAGTAAGTATGGCAATTTTGTGATGCCTTTGATTCCACTTTACATGGAGTACTATTATTTGTGAAATGTCTTT
AAGATTTTTGGTCTTAAATTTTTGAAGACTGCTTTCCCCCTTTATCTCCCAGAAAATTGAGAAGAAGTAAACTCCTGCCCACTAACAATCTCAGTCCGTG
AACAAAACCAACATGAACATTCCTAAACAAGAGTGTGTGTTACTCTAAGAAGAAGGCTATAGAATTTATGGAAATGGCTTATGTAACCTACAAGACTGGA
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TTTATAATTCTACAAAGAACAAAAATTGTTATGTACTATAGGCACTTAAGAACCCTGAGGAAAAATAATACAATGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGTGAGT
TACTGACATTGTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTGGAGGGTTGAAATGGTAAGGAATTGGAATCTTTTGTATTTTCGAGCAATAAGAATT
CCTATTCTTGTTTCAAATAGAGGTTTGTTAGGAATTACAGTTGTGGGGAGCAAACTTTCTTTTTTGTGCTGTTTTAATTCAAAATGTATATCCTTAATTG
TATATAATATGTAGATAAATATATGAGGGTATTAAGCTACTTTGAATTAAATTTAAGGATATATTTCACATGAAAACAAATACAAACGAGAATCAAAATA
AAGTTTTGCAAAGTA

Loop counts:

3 nts: 2
6 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
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C x C bulge: 0