Annotated gene sequence

ATCTTGTGGGAAGAGCTGAAGCAGGCGCTCTTGGCTCGGCGCGGCCCGCTGCAATCCGTGGAGGAACGCGCCGCCGAGCCACCATCATGCCTGGGCACTT
ACAGGAAGGCTTCGGCTGCGTGGTCACCAACCGATTCGACCAGTTATTTGACGACGAATCGGACCCCTTCGAGGTGCTGAAGGCAGCAGAGAACAAGAAA
AAAGAAGCCGGCGGGGGCGGCGTTGGGGGCCCTGGGGCCAAGAGCGCAGCTCAGGCCGCGGCCCAGACCAACTCCAACGCGGCAGGCAAACAGCTGCGCA
AGGAGTCCCAGAAAGACCGCAAGAACCCGCTGCCCCCCAGCGTTGGCGTGGTTGACAAGAAAGAGGAGACGCAGCCGCCCGTGGCGCTTAAGAAAGAAGG
AATAAGACGAGTTGGAAGAAGACCTGATCAACAACTTCAGGGTGAAGGGAAAATAATTGATAGAAGACCAGAAAGGCGACCACCTCGTGAACGAAGATTC
GAAAAGCCACTTGAAGAAAAGGGTGAAGGAGGCGAATTTTCAGTTGATAGACCGATTATTGACCGACCTATTCGAGGTCGTGGTGGTCTTGGAAGAGGTC
GAGGGGGCCGTGGACGTGGAATGGGCCGAGGAGATGGATTTGATTCTCGTGGCAAACGTGAATTTGATAGGCATAGTGGAAGTGATAGATCTTCTTTTTC
ACATTACAGTGGCCTGAAGCACGAGGACAAACGTGGAGGTAGCGGATCTCACAACTGGGGAACTGTCAAAGACGAATTAACAGAGTCCCCCAAATACATT
CAGAAACAAATATCTTATAATTACAGTGACTTGGATCAATCAAATGTGACTGAGGAAACACCTGAAGGTGAAGAACATCATCCAGTGGCAGACACTGAAA
ATAAGGAGAATGAAGTTGAAGAGGTAAAAGAGGAGGGTCCAAAAGAGATGACTTTGGATGAGTGGAAGGCTATTCAAAATAAGGACCGGGCAAAAGTAGA
ATTTAATATCCGAAAACCAAATGAAGGTGCTGATGGGCAGTGGAAGAAGGGATTTGTTCTTCATAAATCAAAGAGTGAAGAGGCTCATGCTGAAGATTCG
GTTATGGACCATCATTTCCGGAAGCCAGCAAATGATATAACGTCTCAGCTGGAGATCAATTTTGGAGACCTTGGCCGCCCAGGACGTGGCGGCAGGGGAG
GACGAGGTGGACGTGGGCGTGGTGGGCGCCCAAACCGTGGCAGCAGGACCGACAAGTCAAGTGCTTCTGCTCCTGATGTGGATGACCCAGAGGCATTCCC
AGCTCTGGCTTAACTGGATGCCATAAGACAACCCTGGTTCCTTTGTGAACCCTTCTGTTCAAAGCTTTTGCATGCTTAAGGATTCCAAACGACTAAGAAA
TTAAAAAAAAAAAGACTGTCATTCATACCATTCACACCTAAAGACTGAATTTTATCTGTTTTAAAAATGAACTTCTCCCGCTACACAGAAGTAACAAATA
TGGTAGTCAGTTTTGTATTTAGAAATGTATTGGTAGCAGGGATGTTTTCATAATTTTCAGAGATTATGCATTCTTCATGAATACTTTTGTATTGCTGCTT
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ATAAGTTGATTTGGCCAATGTGTAATATTTAAACTGTTCTGTAAAATAAGTGTCTGGCCATTTGGTATGATTTCTGTGTGTGAAAGGTCCCAAAATCAAA
ATGGTACATCCATAATCAGCCACCATTTAACCCTTCCTTGTTCTAAAACAAAAACCAAAGGGCGCTGGTTGGTAGGGTGAGGTGGGGGAGTATTTTAATT
TTTGGAATTTGGGAAGCAGACAGCTTTACTTTGTAAGGTTGGAACAGCAGCACTATACATGAAATATAAACCAAAAACCTTTACTGTTTCTAAATTTCCT
AGATTGCTATTATTTGGTTGTAAGTTGAGTATTCCACAGAAAGTGGTAATTATCTCTTCTCTCTTCCTCCATTAGAAAATTAGGTAAATAATGGATTCCT
ATAATGGGAGCATCACCACTTATTAAAACACACATAGAATGATGAATTAAAAAAGTTTTCTAGGATTGTCTTTTATTCTGCCACATTTATTGATAAACAG
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TCTTCAATCTTAAACATTTCTATTTAGCTGATTGGTTCTCACATATACTTCTAAAAGAAACTTTTATGTTATAAGAGTTACTTTTTGGATAAGATTTATT
AATCTCAGTTACCTACTATTCTGACATTTTAGGAAGGAGGTAATTGTTTTTAATGATGGATAAACTTGTGCTGGTGTTTTGGATCTTATGATGCTGAGCA
TGTTCTGCACTGGTGCTAATGTCTAATATAATTTTATATTTACACACATACGTGCTACCCAGAGATTAATTTAGTCCATATGAACTATTGACCCATTGTT
CATTGAGACAGCAACATACGCACTCCTAAATCAGTGTGTTTAGACTTTTCAAGTATCTAACTCATTTCCAAACATGTACCATGTTTTATAAACCTCTTGA
TTTCCAGCAACATACTATAGAAAACACCTGCTACTCAAAACACAACTTCTCAGTGTCATCCATTGCTGTCGTGAGAGACAACATAGCAATATCTGGTATG
TTGCAAGCTTTCAAGATAGCCTGAACTTAAAAAGTTGGTGCATTAGTTGTATCTGATGGATATAAATTTGCCTCCTAGTTCACTTTGTGTCAAGAGCTAA
AACTGTGAACCTAACTTTCTCTTATTGGTGGGTAATAACTGAAAATAAAGATTTATTTTCATGCTCACTTCTTAAAAGTCAT

Loop counts:

3 nts: 5
4 nts: 9
5 nts: 3
6 nts: 1
7 nts: 1
8 nts: 1
9 nts: 2
10 nts: 2

Tetra-loop variants:

AUUU    2
AAGG    2
UCAG    1
UUUU    1
CUAA    1
CAUU    1
AGAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0