Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GCTGGCGGAAGGGGAAATGGGGTGGGTGGGGGGTGGGGCAGGCGACGGTGGGGAAGATGGCGTACCAGAGCTTGCGGCTGGAGTACCTGCAGATCCCACC
GGTCAGCCGCGCCTACACCACTGCCTGCGTCCTCACCACCGCCGCCGTGCAGTTGGAATTGATCACACCTTTTCAGTTGTACTTCAATCCTGAATTAATC
TTTAAACACTTTCAAATATGGAGATTAATCACCAACTTCTTATTTTTTGGGCCAGTTGGATTCAATTTTTTATTTAACATGATTTTTCTATATCGTTACT
GTCGAATGCTAGAAGAAGGCTCTTTCCGAGGTCGGACAGCAGACTTTGTATTTATGTTCCTTTTTGGTGGATTCTTAATGACCCTTTTTGGTCTGTTTGT
GAGCTTAGTTTTCTTGGGCCAGGCCTTTACAATAATGCTCGTCTATGTGTGGAGCCGAAGGAACCCCTATGTCCGCATGAACTTCTTCGGCCTTCTCAAC
TTCCAGGCCCCCTTTCTGCCCTGGGTGCTCATGGGATTTTCCTTGTTGTTGGGGAACTCAATCATTGTGGACCTTTTGGGTATTGCAGTTGGACACATAT
ATTTTTTCTTGGAAGATGTATTTCCCAATCAACCTGGTGGAATAAGAATTCTGAAAACACCATCTATTTTGAAAGCTATTTTTGATACACCAGATGAGGA
TCCAAATTACAATCCACTACCTGAGGAACGGCCAGGAGGCTTCGCCTGGGGTGAGGGCCAGCGGCTTGGAGGTTAAAGCAGCAGTGCCAATAATGAGACC
CAGCTGGGAAGGACTCGGTGATACCCACTGGGATCTTTTATCCTTTGTTGCAAAAGTGTGGACACTTTTGACAGCTTGGCAGATTTTAACTCCAGAAGCA
CTTTATGAAATGGTACACTGACTAATCCAGAAGACATTTCCAACAGTTTGCCAGTGGTTCCTCACTACACTGGTACTGAAAGTGTAATTTCTTAGAGCCA
AAAAACTGGAGAAACAAATATCCTGCCACCTCTAACAAGTACATGAGTACTTGATTTTTATGGTATAAGGCAGAGCCTTTTCTTCCTCTTCTTGATAGAT
GAGGCCATGGTGTAAATGGAAGTTTCAGAGAGGACAAAATAAAACGGAATTCCATTTTTCTCTCACTGTATTAAAGCTTTTGTGTGTGATCTTTTAAATT
CTGATAATGTATTGTAGCCCTCCTGCGTAGATCTGAGCTCAGAACAGTTTACACAGCTGTTCTTCCTGTGTCTTCACAACTTTTAACTGGATTTCATTTC
AGGATTGGAAATACGTGGCTGTCATGCTGTGGTTGTGTACATCTTACTAACTCAGAATGCAAGATTCAGCAGGAAGATGATTTATTTCTGTCATCTGGAT
AGGTTGTTTTGCATCTGGGTTTTGCCAAACTTTGTCAGACAACATGAAAAAAAAGGAGGGAGGATGGTTCTTGTAGCAGTAGGAATTCAGCTATAGGAAA
GTCAGCTGTAAGCTAATGTGGCATCTTATTTGCTTTACTTACATTTCTCCATTAAGAAGTATCCAGGGAAAGATTGGTAAGGGCCACATTTTTGTAAAAC
TAGGAAGATTTTCATTAGACTTTTTTTTTCTTTTATTTTTAAAAAAGTTTTAATTAAAAATTTTTTTTTAAATACAGATGGGGTCTCACTGTGTTGCCCA
GGCTGGTCTTGAACTCCTGGACTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATGACAGGCATGAGCCACCATGCCCAGCCATTTTTTTTT
TTTTTGCCTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTAATTAAAAAAAAAAAATAGAGACAGGGTCTCAGATTTTCATTAGATTTGGAAACCAAGTTA
GAATGTTGACTTTGGAGCCAGACGAACAGATACCAGTTAGCTAGGCATATGTTCTTCCAGGGTCTTTGGCTAGTTAACATTAGTCATTTGCTTCGTGAAA
ATTCAAGAACCTTTTCAGAGCCAAGTACCTGGATTACCTTCCCAATCAGGTAGAAATTAGACAGGGTCCACAGAAGTAGACACTTAATGCTGTGGTTCAA
TAAATACTTCCCCTAAATATTAAGTCTTCCCTGAGTCTCAGCAGGTTTGCATTCACACTGCTTAAGTAACTTCCAGAACCTGGAAGAGTCGAAAGAGCAC
CCCTAGGAAAGAGATGATTCCAAACAGCTTTCATTAACGGCATGTAGGCACAGGTCCCTTTCCCAAAAGTGGATTGTTAGTAGTAGTTCATTCAACCTTT
GTTAAGGGGTAGCTTTCCAGAATGTGACATTGTCCTCAGAAAGATAGACATAGGCTTAAACATAATGGACATCCTAAATAGGAATTTTCAGATTGTTTTT
GAAGTGAAAAGTGTTTTAATGTCTTTAAATGGAATTGCATAACTAATGGTATTTAAGTATTTTACATGTTGCTAATAACTTTGAATATGATTGTTGCAAT
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TTAAGTTTTATCCTATCTTGTTTTTGCTCAAGAACGCTTTATCAGTGACGTTTGTTAGAATTTTGTTTTTTGTTTTTTTTTTTTAAATTGTTTTTGGGCT
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CTCTCATCAGTTTGGCCAGCCCTACAACCACCATTCCTAGCCCTGTGTTGCTTGACAGGATACCTGTGCTTGAATGGACATAAGGAAAAGTCCTTACTTT
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CAACCAACTAACCTTACACATAATTTGAGGGATTCCTGGATTCTTCTAGTGATACTGAAAAGCACACTTGACTAAAGCATAGTGTTTTTTGTTTGTTATG
GAAATACGGTATACGTTCATTTAAAAATAAATGGACATACAAATTGCATCTCCTTAGGAGATACATTTTATATACATTTCGGTGCGTTTTTTTCCAGTAT
GGATTTCTATTTGTTTCTCTCTTCCTCTTGTTTTTTCTGTGTCACTCTTGTATGTCCTCATATCTTTCATACCTCTTGTGTAGTCTCTAGAAGCAGAACA
CCTAAGTCCTGGGTCTGGATAATGAAACCCTCAGTCTCTGGGGCCTCTGAAAATAAGGAAGCATTGGAGCTATTGCCATGTTGAGTAATGGGCTTCCTAG
AACTATTGTCATCTATCCTGCCAGTGTTTTATGTTGTAGCTGTTTTTCTTTGACAGGTGAGTTCCAGCTATGTTGTTAGTCATGATCCTGCCATTATTTT
CTGTGTTCTGTAGGATGTCTCCAGGCTACTTAAACATATTTTATGAGTTTGCAATAAAATTGTTGAATCTTGTATGATCAAGTCACTCCTCTGCTCAGAA
ATCCACAGTGACTTCTTAGTAAGCCCCTACATTATATGCATACTTGTTTTTTTCTTAACTTTACTCCCACTTCTACCTAACAGGGACCTCAACTTAAGTC
TCTTCAGTTCTTCAAGGCCTGGCCTTGTTCCTGATTCCTCAAAAAATCTTGACTCTAAGGCCTATTTTATTGTCTGTCTCTGAATCCCTATAAAGCTTCA
AGTCTGTATGACATTCTTAACGCCAAATTATATATTGTCTTGTACTGTTCCTAGCTGGTACATGTATATTAGTCTTGTCTCCCTCATGAGAATGTAAGCT
CCTTAAGGGCAGGGACCATGTCTTAATTTTTGTATCCACCACAGTGCCTAGCACAGTGCTTGGCACATGGGTGCTGAATAAATACCTTTGTTTATTGATC
AGCAAAGTA

Loop counts:

4 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUGA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0