Annotated gene sequence

GCGGCCACCGCTTTTAAGCCACGATTGGCGAAGGCCGCCGTCATTTCGGAGCGACTCAGCGCCTGCCCGCCCTCTCGCCGCGTCGCCGGTGCCTGCGCCT
CCCGCTCCACCTCGCTTCTTCTCTCCCGGCCGAGGCCCGGGGGACCAGAGCGAGAAGCGGGGACCATGTTCCGACGCAAGTTGACGGCTCTCGACTACCA
CAACCCCGCCGGCTTCAACTGCAAAGATGAAACAGAATTTAGAAACTTCATCGTTTGGCTTGAAGACCAGAAAATCAGGCACTACAAGATTGAAGACAGA
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CTACAGGATCAGAAAATGCAAATTGAATCATTTTAGCACCTTTTGATATAAATAGAAATGCACTGATGCAGAGGTAAAAAATCTTAGAACTTTTGTTGGG
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TTCTTGGCCAGAAGGAATCCATGGCAAAAATCAGGTTTAGAGTCTTAAACTCTAATTCTTAGTTGAATGAATTTGATCTTTTAAATATTAATGATAAATG
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TCCTAAAGCATACTTTTTACCTGTTGGGCAGTAGGGGTAGACTGCAGTTATCCCGTAGAGGTGAGATCGTTGTTCTGGGAGATACTCATCAGTAAACTGG
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AGAAAATCAGTTGCAATAGAGGAAAATTTCTGGCAGCCTTCTCTGTCCCAGGGCTGGTGCTAAAGCCATACTGAAGTTTGAAGACCATTGCTCTAAATCC
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TGCCCAGCAGAGCAGTTTAGAGAAAGGGTCAAAGGTTAAGCCATTGGGCAATCCAATGTCTGTATTGATCAGAATTCTTCTGTTTTCTCCATCTAAAGAT
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TGAGGGAAGCTGGATGCCATGTTGCAAGCTACCCTGTAAAGGGGAACATGTGCCAAGGAACTGATGTCCTTGAGGGCTGTTGGCCAGAGACATTAGTCTT
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TTCTTACACAGCAGTAGGTAACTAATACACAGCCATATTCCACTTTTACCTGTATCACAAGGTTTTCTGATTATTGTCACTATGTGGGAGAAGTCATTAC
TAAGTTACTATCAGAATCCCTGCCTCCAAGATACCCCTTGACTCAACTGCCCCAAAACCCTCCGTTTGTTGAAGTCTTGAATTGGATCTTGGGTTTTAGA
ATAGAAACAAATACAGCTGTTAGGAATGGCTTCGATACAAACTATGGAACTTGAAGAGATGTGGACCAGGGATTTGAGAAGGAAACTGTTCTTTCTTCTG
CCAAAAATACAATTTGGTACTTGAAGGGGTACCTGGCACCCAGGGATGGAAACATTTTAAGTTAAGCACTTTACCTTTTAAATGCCACGTTAAAAATGAA
ATATATTCATAACAGATACTAACGAGGAAATATGGTCCTATTAAGTGGAAATAGGTTATAAGGAAACAAACAGGTTTATCGTTAGAGCAGAAATAATGTT
GAAAGCACTTTTTATAAAATACTATTTTATAAAAGCTATAGAAGCTTTGAATAAATCAGTTGGGCTACAGAGAACCTCAGTGAGAGGAGAGGAAGAAACC
ATAGGTTTCCCCTGTTGCGAATTTCATCCCTTATGCCCAACAGATGAAGCAGAGAGAAGCTGAGAGCAAAAGCTAGAAAGCAGTTTCCACTTTGCGCTAA
GGTGGAGGTGGCCAGAGGGTACAGCATGCATATCATTGCTTCATCGCTTCTGATCAGTCTCCTCCCCAAAATGATTTAATATCATCAACAACAATAAGTC
TGAAACAAGCTCACACAGATATTTGGTGTAAATTATTTGGGGATTGCCAGAGGAAGAAAGTTGTAAAGGTGAAATCTATAGAAAGCAAATGAGAAATATG
CAGGAAGGCTTGACAACCATTCTGTTACGCAGTTGAAGGAGATGTAATTACATGTGTTATATTGCAACCTGGTTCAAGGTGGGTTTTCTTTTTATTAAAA
ATTCAAGTCCTTTAGCATTTATATTTGCTGTCTGGATAAGAAAGTTCTACTTTCATATTTAAACTCATGGCTGTGATGTGGATTTCAGCTTAAAAGTATG
CTTTTTCCCCAGACTCCAGAGACATGGCCAAAGTTTCATTGCCTACAAGATGGCAGCTCTCCCCAGTTTTCAGGTCAAGCACCAAGAAGGAATAAGGGGC
CGGGCGCAGTGGCTCATACCTATAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACCCAGGGTCAGGAGTTGGAGACCAAAATGGCGAAACCCTG
TCTCGACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGCACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCCGGGAG
ATGGAGGTTGTAGTCAGCCGAGACTGTGCCACTGCACCCCAGCCTCGGCAACAAAGCAAGACCTTGTCTCAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAAAAAGGAC
CTTCCAAATGTCCAAATGTCAGAAAGGCAAGCCTATGCAAAGAGTTTTTAAGAGGGCTATTAATTCCTGTTAAGTCAACTGGAATAGAGAAGGATACAGG
TACTTTTCCTGTGTGTAGAACCCAAAGTTTGAAACCACCTTTGAGGCACTGCACTAAGTATTTCATAGTCAAAAAGCACTTACCTGAAAATTAAAGCTGA
AGGTTTTCTTTACTGATTTGAAGGGCATCTGGGAATTTCATTTCGTAGAAACTCCACTTAAACATGGCAAGAGTTTCTCAAGATATAAAAATTCTCCCTG
ATTGTAACAAGTACTGAGACAGTGAACAAATCCTGTATGTCACATTTGATGACCTTAGCAATTATACAGACAGGGAAAATGTTTATCTTGATTTCTGCTA
CAGCAACACTGAAGCCAGAGGTGTCTGAGCTTTGGCTAATGTCACTTGATGTAGGTCAGCCCTACTGTGAGCGTCAACCCTGGTTTCTAAATGTGCTGCT
GGAGGAATCCCACTTCACTTCCAGTTTAAGTGTCAGCTGAGGCCTCGCCTGATCATTTGATTCAGAGTAGCCCTAGTTCTCACAACACTATCTGAATTTT
CTACATATCACATCACAGACTAATATTGTTTATACCAGTCTTGTTTCCTCCTAATAAAATATAAGTGCCATGAAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 5
5 nts: 2
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

CCUG    1
AGCG    1
UUUG    1
GGGG    1
AAAA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0