Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GACAGGGCCGCGGACGCCCGGGCAGCCACGGCGGCGGGGCCGCGGCGGGCGCCGGCTCAGCCCGCCCCTTTCTCCCGCCGCCTCCCCGCCCCGCCCCGCG
CCGCGCCGGCCGCTGTCAGCTCCCTCAGCGTCCGGCCGAGGCGCGGTGTATGCTGAGCCGCTGCCGCAGCGGGCTGCTCCACGTCCTGGGCCTTAGCTTC
CTGCTGCAGACCCGCCGGCCGATTCTCCTCTGCTCTCCACGTCTCATGAAGCCGCTGGTCGTGTTCGTCCTCGGCGGCCCCGGCGCCGGCAAGGGGACCC
AGTGCGCCCGCATCGTCGAGAAATATGGCTACACACACCTTTCTGCAGGAGAGCTGCTTCGTGATGAAAGGAAGAACCCAGATTCACAGTATGGTGAACT
TATTGAAAAGTACATTAAAGAAGGAAAGATTGTACCAGTTGAGATAACCATCAGTTTATTAAAGAGGGAAATGGATCAGACAATGGCTGCCAATGCTCAG
AAGAATAAATTCTTGATTGATGGGTTTCCAAGAAATCAAGACAACCTTCAAGGATGGAACAAGACCATGGATGGGAAGGCAGATGTATCTTTCGTTCTCT
TTTTTGACTGTAATAATGAGATTTGTATTGAACGATGTCTTGAGAGGGGAAAGAGTAGTGGTAGGAGTGATGACAACAGAGAGAGCTTGGAAAAGAGAAT
TCAGACCTACCTTCAGTCAACAAAGCCAATTATTGACTTATATGAAGAAATGGGGAAAGTCAAGAAAATAGATGCTTCTAAATCTGTTGATGAAGTTTTT
GATGAAGTTGTGCAGATTTTTGACAAGGAAGGCTAATTCTAAACCTGAAGGCATCCTTGAAATCATGCTTGAATATTGCTTTGATAGCTGCTATCATGAC
CCCTTTTTAAGGCAATTCTAATCTTTCATAACTACATCTCAATTAGTGGCTGGAAAGTACATGGTAAAACAAAGTAAATTTTTTTATGTTCTTTTTTTTG
GTCACAGGAGTAGACAGTGAATTCAGGTTTAACTTCACCTTAGTTATGGTGCTCACCAAACGAAGGGTATCAGCTATTTTTTTTAAAATTCAAAAAGAAT
ATCCCTTTTATAGTTTGTGCCTTCTGTGAGCAAAACTTTTTAGTACGCGTATATATCCCTCTAGTAATCACAACATTTTAGGATTTAGGGATACCCGCTT
CCTCTTTTTCTTGCAAGTTTTAAATTTCCAACCTTAAGTGAATTTGTGGACCAAATTTCAAAGGAACTTTTTGTGTAGTCAGTTCTTGCACAATGTGTTT
GGTAAACAAACTCAAAATGGATTCTTAGGAGCATTTTAGTGTTTATTAAATAACTGACCATTTGCTGTAGAAAGATGAGAAAACTTAAGCTTTGTTTTAC
TACAACTTGTACAAAGTTGTATGACAGGGCATATTCTTTGCTTCCAAGATTTGGGTTGGGGGCACTAGGGGTTCAGAGCCTGGCAGAATTGTCAGCTTTA
GTCTGACATAATCTAAGGGTATGGGGCAAGGATCACATCTAATGCTTGTGTTCCTTATACTCTATTATATAGTGTTATTCATGATTCAGCTGATCTTAAC
AAAATTCGTAGCAGTGGAACCTTGAAATGCATGTGGCTAGATTTATGCTAAAATGATTCTCAGTTAGCATTTTAGTAACACTTCAAAGGTTTTTTTTTGT
TTGTTTTCTAGACTTAATAAAAGCTTAGGATTAATTAGAAGAAGCAATCTAGTTAAATTTCCCATTTGTATTTTATTTTCTTGAATACTTTTTTCATAGT
TATTTGTTTAAAAAGATTTAAAAATCATTGCACTTTGGTCAGAAAAATAATAAATATATCTTATAAATGTTTGATTCCCTTCCTTGCTATTTTTATTCAG
TAGATTTTTGTTTGGCATCATGTTGAAGCACCGAAAGATAAATGATTTTTAAAAGGCTATAGAGTCCAAAGGAATATTCTTTTACACCAATTCTTCCTTT
AAAAATCTCTGAGGAATTTGTTTTCGCCTTACTTTTTTTTCTTCTGTCACAATGCTAAGTGGTATCCGAGGTTCTTAATATGAGATTTAAAATCTTAAAA
TGTTTCTTATTTTCAGCACTTACATCATTTGGTACACAGGGTCAAATAGGGCAAATAATTTTGTCTTTGTATAATAGATTTGATATTTAAAGTCACTGGA
AATAGGACAAGTTAATGGATGTTTTTATATTTTAATAGAATCATTTATTTCTATGTGTTATGAAATTCACTTAATGATAAATTTTTCAACATACTTGCCA
TTAGAAAACAAAGTATTGCTAAGTACTATAACATATTGGCCACTAAAATTCATATTGAGATTATCTTGGTTTCTTGGAAGAGATAGGAATGAGTTCTTAT
CTAGTGTTGCAGGCCAGCAAATACAGAGGTGGTTTAATCAAACAGCTCTAGTATGAAGCAAGAGTAAAGACTAAGGTTTCGAGAGCATTCCTACTCACAT
AAGTGAAGAAATCTGTCAGATAGGAATCTAAATATTTATAGTGAGATTGTGAAAGCAACCTTAAAGTTTTGAAGAAGACTGATGAGACTAGGTGCTTTGC
TTCCTTTCATCAGGTATCTTTCTGTGGCATTTGAGAACAGAAACCAAGAAACATGGTAATTACTAAATTATGAGGCTTTGCTTTTTGTTTGCTTTTAAGT
AGAAAAACATGTTGGCAACATTGAGTTTTGGAGTTGATTGAGATAATATGACTTAACTAGTTTTGTCATTCCATTTGTTAAAGATACAGTCACCAAGAAT
GTTTTGAGTTTTTTGAAAGACCCCAATTTAAGCCTTGCTTATTTTTAAATTATTTCCATTCAGTGATGTTGGATGTATATCAGTTATTTAGTAAATAATC
TCAATAAATTTTGTGCTGTGGCCTTTGCTA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 5
5 nts: 3
6 nts: 1
7 nts: 1
8 nts: 2
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

UAAU    1
GCUA    1
UUGA    1
UUAG    1
UUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0