Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

ACTGAGAACCTACTTAAAGCTATGGCAAAGGCACTGGAGGATTGAGCTAGGTGGGCAGAAAAGAGCAGTGTCGTTATTTGTGCAACAACATTGAAAAACA
AGCAGAAATAAAACATTGACGGAACGGATACGACCGCAGATTGCGGGAGCTGTCCTCTCAATCAGCCCGGCAGCGGCGGCCCACAATTTACGCGTGTGCA
ACCCTAACCCCGGCCCAAGCTTGACCTACAATTTGCGCAGGCGCAGATCCTAACTTTGGCGTCCCTGTGGGCGGCCTTTGGTGTGAGACGCGTGGTATTC
TGGGAACGTCGGAGACGGAAGTTACTTCGTCTTTAGCTCCTGGCGCTGCTGGCTTCTGGGCGGTTTTTGTCTTTTGATTTCAAGAGTTAGGAGCTCGAGA
ACCGTTTGGCAATATGTACGACGCGGATGAGGATATGCAATATGATGAGGATGATGATGAAATCACCCCGGATTTGTGGCAAGAAGCATGCTGGATTGTA
ATCAGTTCCTATTTTGACGAGAAAGGCTTGGTTAGACAACAGCTGGATTCTTTTGATGAGTTTATTCAGATGTCTGTTCAAAGAATTGTGGAAGACGCTC
CTCCTATAGACCTACAGGCTGAAGCTCAGCATGCTAGTGGAGAAGTTGAAGAACCGCCACGATATTTGCTGAAGTTTGAACAAATTTATCTTTCCAAGCC
TACCCATTGGGAAAGAGATGGTGCTCCTTCACCAATGATGCCCAATGAAGCTAGATTAAGGAATCTCACGTATTCTGCTCCGCTTTATGTTGATATAACA
AAAACAGTCATTAAAGAAGGTGAAGAACAACTTCAGACTCAGCATCAGAAAACTTTTATAGGAAAAATTCCAATTATGTTGCGGTCAACTTACTGCCTTT
TGAATGGCTTGACAGATCGTGATCTTTGTGAGTTAAATGAATGCCCTTTGGATCCTGGTGGCTATTTCATTATTAATGGATCAGAAAAGGTTCTGATTGC
CCAAGAGAAAATGGCAACAAACACAGTTTATGTGTTTGCCAAAAAGGATTCTAAATATGCCTACACAGGAGAGTGTAGATCATGTCTTGAGAATTCTTCC
CGACCCACCAGTACTATATGGGTTAGCATGCTGGCAAGAGGAGGACAGGGTGCCAAGAAGAGTGCTATTGGTCAGCGCATTGTGGCAACTCTACCATATA
TCAAGCAAGAAGTTCCCATCATTATTGTGTTCAGAGCATTAGGTTTTGTGTCCGACAGAGATATTTTAGAACATATTATTTATGATTTTGAAGATCCAGA
GATGATGGAAATGGTTAAACCTTCTCTCGATGAAGCTTTTGTCATCCAAGAACAGAATGTTGCACTAAATTTCATTGGTTCAAGAGGAGCAAAGCCTGGT
GTTACTAAAGAGAAAAGAATTAAATATGCAAAGGAAGTTTTACAAAAAGAAATGCTCCCTCATGTTGGTGTCAGTGATTTTTGTGAGACCAAAAAAGCCT
ATTTCTTGGGATACATGGTTCATAGGTTACTTCTGGCAGCTTTGGGTAGAAGAGAACTAGATGACAGAGATCACTATGGAAACAAGAGATTGGATCTTGC
TGGGCCGCTGCTTGCATTCTTATTTAGAGGTATGTTTAAGAATTTGCTTAAAGAAGTGCGGATCTATGCACAGAAATTTATTGATCGAGGAAAGGATTTT
AACTTGGAGTTGGCAATTAAAACACGGATCATATCTGATGGCCTAAAATACTCTTTAGCTACTGGAAACTGGGGTGATCAAAAGAAAGCTCATCAAGCCA
GAGCTGGAGTATCTCAGGTGTTAAACCGCCTGACTTTTGCGTCTACTCTTTCTCACCTGCGTCGTTTAAATTCTCCTATTGGTAGAGACGGCAAGCTAGC
AAAACCAAGACAGTTGCATAATACGTTGTGGGGAATGGTGTGTCCTGCCGAGACCCCAGAGGGCCATGCTGTAGGACTTGTGAAGAATTTAGCCTTGATG
GCGTATATTTCAGTTGGATCTCAACCATCTCCAATTCTGGAATTTTTAGAAGAATGGAGTATGGAAAATTTAGAAGAAATTTCTCCTGCAGCTATTGCTG
ATGCAACCAAGATTTTTGTTAATGGCTGCTGGGTTGGAATACATAAAGATCCCGAACAACTTATGAACACCCTAAGGAAATTGAGACGTCAGATGGACAT
CATTGTGTCTGAAGTTTCTATGATCAGAGATATTCGAGAGAGGGAGATTCGGATCTATACGGATGCAGGCCGTATTTGTAGACCACTTCTGATTGTGGAA
AAACAAAAGCTACTTTTGAAGAAGAGGCATATTGACCAATTGAAAGAGAGAGAATATAACAACTATAGTTGGCAGGATCTTGTGGCCAGTGGGGTAGTGG
AGTATATTGATACCCTGGAAGAAGAAACAGTGATGCTTGCAATGACTCCAGATGATTTACAGGAGAAAGAAGTAGCTTATTGTTCCACATATACACACTG
TGAGATTCATCCCTCAATGATCCTTGGTGTCTGTGCATCTATTATTCCCTTTCCTGATCATAACCAGTCCCCTAGAAACACATACCAGTCTGCTATGGGT
AAGCAGGCTATGGGAGTTTACATCACCAACTTCCATGTTCGCATGGACACATTGGCCCATGTTCTCTATTATCCTCAAAAGCCACTTGTGACTACACGGT
CTATGGAATATCTACGATTTAGAGAGCTGCCAGCAGGCATCAACTCAATTGTGGCCATTGCATCATACACTGGATATAATCAGGAAGACTCTGTTATCAT
GAATCGTTCAGCTGTAGACCGCGGCTTCTTCAGGTCTGTTTTCTATCGCTCATACAAAGAACAGGAGTCTAAAAAAGGATTTGATCAAGAAGAAGTTTTT
GAGAAGCCTACACGTGAAACATGCCAGGGCATGAGGCATGCCATTTACGACAAGCTGGATGATGATGGTTTGATAGCTCCAGGGGTTCGTGTATCAGGAG
ATGATGTTATTATAGGCAAAACAGTCACCTTGCCTGAAAATGAAGATGAATTGGAGAGCACCAATAGACGCTATACCAAGAGAGACTGTAGCACTTTTCT
CAGAACTAGCGAGACGGGCATTGTGGATCAGGTTATGGTAACTCTCAATCAGGAAGGATATAAATTTTGTAAAATAAGGGTACGCTCTGTTAGGATTCCA
CAGATTGGAGACAAATTTGCTAGTCGACATGGTCAAAAGGGTACTTGTGGTATTCAGTATAGACAAGAGGATATGCCTTTCACCTGTGAAGGTATCACCC
CTGATATCATCATCAATCCCCATGCCATCCCCTCTCGTATGACTATTGGTCACTTAATTGAATGCCTTCAAGGGAAGGTATCGGCTAACAAGGGTGAAAT
TGGTGATGCCACTCCATTTAATGATGCTGTTAACGTGCAGAAGATTTCTAATCTTTTATCTGATTATGGCTATCATCTCAGAGGAAATGAGGTCCTGTAC
AATGGGTTCACTGGTCGAAAAATCACATCACAAATATTTATTGGCCCCACTTATTACCAGCGTTTGAAGCATATGGTGGATGATAAGATTCACTCTCGTG
CTAGGGGACCTATTCAGATCCTCAATAGACAGCCCATGGAGGGTAGATCTCGTGATGGTGGCCTGCGTTTTGGAGAAATGGAACGAGATTGTCAGATTGC
CCATGGAGCAGCCCAGTTTTTAAGGGAAAGATTGTTTGAGGCATCAGATCCATATCAGGTTCATGTTTGCAATCTTTGTGGAATAATGGCGATTGCCAAC
ACCAGGACCCATACATATGAATGCAGGGGCTGCCGCAATAAAACCCAGATTTCTTTGGTGCGAATGCCTTACGCATGCAAACTATTGTTTCAGGAACTTA
TGTCTATGAGTATTGCACCGCGAATGATGAGTGTTTAGCTATTTTACAGGAGTCAACAAGATAATTAAATATCTTGGTGTCTTGTTTCTATTGTGTGGCT
TTTTAAAAATGACAAATATGTACTGTGTTGTGATAAAAAGTATTTTATTTGTTTAATGATATGCATGCTTTTCTTCTGTAAATATATAATAAATTTTTGT
AGATAGTC

Loop counts:

5 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
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