Annotated gene sequence

CAGCGGCCGGGAAGGGGCGGTGCGGGAGGCGGGGTGTGGGGCGGTAGTGTGGGCCCTGTTCCTGCCCGCGCGGTGTTCCGCATTCTGCAAGCCTCCGGAG
CGCACGTCGGCAGTCGGCTCCCTCGTTGACCGAATCACCGACCTCTCTCCCCAGCTGTATTTCCAAAATGTCGCTTTCTAACAAGCTGACGCTGGACAAG
CTGGACGTTAAAGGGAAGCGGGTCGTTATGAGAGTCGACTTCAATGTTCCTATGAAGAACAACCAGATAACAAACAACCAGAGGATTAAGGCTGCTGTCC
CAAGCATCAAATTCTGCTTGGACAATGGAGCCAAGTCGGTAGTCCTTATGAGCCACCTAGGCCGGCCTGATGGTGTGCCCATGCCTGACAAGTACTCCTT
AGAGCCAGTTGCTGTAGAACTCAAATCTCTGCTGGGCAAGGATGTTCTGTTCTTGAAGGACTGTGTAGGCCCAGAAGTGGAGAAAGCCTGTGCCAACCCA
GCTGCTGGGTCTGTCATCCTGCTGGAGAACCTCCGCTTTCATGTGGAGGAAGAAGGGAAGGGAAAAGATGCTTCTGGGAACAAGGTTAAAGCCGAGCCAG
CCAAAATAGAAGCTTTCCGAGCTTCACTTTCCAAGCTAGGGGATGTCTATGTCAATGATGCTTTTGGCACTGCTCACAGAGCCCACAGCTCCATGGTAGG
AGTCAATCTGCCACAGAAGGCTGGTGGGTTTTTGATGAAGAAGGAGCTGAACTACTTTGCAAAGGCCTTGGAGAGCCCAGAGCGACCCTTCCTGGCCATC
CTGGGCGGAGCTAAAGTTGCAGACAAGATCCAGCTCATCAATAATATGCTGGACAAAGTCAATGAGATGATTATTGGTGGTGGAATGGCTTTTACCTTCC
TTAAGGTGCTCAACAACATGGAGATTGGCACTTCTCTGTTTGATGAAGAGGGAGCCAAGATTGTCAAAGACCTAATGTCCAAAGCTGAGAAGAATGGTGT
GAAGATTACCTTGCCTGTTGACTTTGTCACTGCTGACAAGTTTGATGAGAATGCCAAGACTGGCCAAGCCACTGTGGCTTCTGGCATACCTGCTGGCTGG
ATGGGCTTGGACTGTGGTCCTGAAAGCAGCAAGAAGTATGCTGAGGCTGTCACTCGGGCTAAGCAGATTGTGTGGAATGGTCCTGTGGGGGTATTTGAAT
GGGAAGCTTTTGCCCGGGGAACCAAAGCTCTCATGGATGAGGTGGTGAAAGCCACTTCTAGGGGCTGCATCACCATCATAGGTGGTGGAGACACTGCCAC
TTGCTGTGCCAAATGGAACACGGAGGATAAAGTCAGCCATGTGAGCACTGGGGGTGGTGCCAGTTTGGAGCTCCTGGAAGGTAAAGTCCTTCCTGGGGTG
GATGCTCTCAGCAATATTTAGTACTTTCCTGCCTTTTAGTTCCTGTGCACAGCCCCTAAGTCAACTTAGCATTTTCTGCATCTCCACTTGGCATTAGCTA
AAACCTTCCATGTCAAGATTCAGCTAGTGGCCAAGAGATGCAGTGCCAGGAACCCTTAAACAGTTGCACAGCATCTCAGCTCATCTTCACTGCACCCTGG
ATTTGCATACATTCTTCAAGATCCCATTTGAATTTTTTAGTGACTAAACCATTGTGCATTCTAGAGTGCATATATTTATATTTTGCCTGTTAAAAAGAAA
GTGAGCAGTGTTAGCTTAGTTCTCTTTTGATGTAGGTTATTATGATTAGCTTTGTCACTGTTTCACTACTCAGCATGGAAACAAGATGAAATTCCATTTG
TAGGTAGTGAGACAAAATTGATGATCCATTAAGTAAACAATAAAAGTGTCCATTGAAACCGTGATTTTTTTTTTTTTCCTGTCATACTTTGTTAGGAAGG
GTGAGAATAGAATCTTGAGGAACGGATCAGATGTCTATATTGCTGAATGCAAGAAGTGGGGCAGCAGCAGTGGAGAGATGGGACAATTAGATAAATGTCC
ATTCTTTATCAAGGGCCTACTTTATGGCAGACATTGTGCTAGTGCTTTTATTCTAACTTTTATTTTTATCAGTTACACATGATCATAATTTAAAAAGTCA
AGGCTTATAACAAAAAAGCCCCAGCCCATTCCTCCCATTCAAGATTCCCACTCCCCAGAGGTGACCACTTTCAACTCTTGAGTTTTTCAGGTATATACCT
CCATGTTTCTAAGTAATATGCTTATATTGTTCACTTCTTTTTTTTTTATTTTTTAAAGAAATCTATTTCATACCATGGAGGAAGGCTCTGTTCCACATAT
ATTTCCACTTCTTCATTCTCTCGGTATAGTTTTGTCACAATTATAGATTAGATCAAAAGTCTACATAACTAATACAGCTGAGCTATGTAGTATGCTATGA
TTAAATTTACTTATGTAACTTTTATTGTCTTTGGCATTAACAGTGTTTCAAAAAATTTTCTGTGTATACCCATCAGTGATTCATTCCCAAATCTTCTAGA
AGCATAAGTGTCTCAATATATTAAAACATATTGAATAATCCTTGTTAGAGTTATCCCTGCAGGAGTCCTTAGTGCTCCTTTATCCAATTTGTACTTGATG
CCCTCTAGGCAGGGTGTACAGCTAGCTGTTGCTCTGGTATTTCCTATAACCTTCTTGGGGATTTCTTTTACCTCCTGTGTTAGACTCCTGTTTTCTGGAT
TCCCCCTTTTCCCTCTTTCTTGGTCTACTTTTTGTAGAACACAAGACTCTACTAGCTTCCTGAGAAAGGGTGCCTGGGAGGCAAAATCTCTAAGACTTTG
TAAGTCTGAAAATGTCTTTATTCGACCCTTATACTTGATTCCTAGTTTGGCTATATATAGAATTTTAGCCTGAGTATCACTTTTTGAGACTCGAAGCCAC
TGTTTCATTGTCACTATTGAGAATCTAAATGGCCATTCGGATTCTTTCATCATCTTTATAATTTTACCTTCCTATTTCTTTCCTGTCCTTTTAATGGAGT
TTTGGGAGAGAGCAGAGGTAAACATGATTTGAAAAAGCCATGTCTGACCAGAAATTCTGTGCTGGAAAGATATGTATTTCACCTTTAGGGACAAAGAAAT
AAACTTTTGGACAGGACCACAGAGCTAGTAAGTAACAGCAGGGATTCAAGTCCAGGTTTGTCTGGTTCCAGTGGCTGATGCTTTTCCAATGTGCCTCCGT
CCCTGACATGATGCTTCTAGGCTATAGATGCTTCTAGACTCTATCCCTGACATGATGCTTCTAGACTATTTTGTTTAACCCTGGATAGAATAGCAAAAGA
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TTAAATTGTACCATGTTTCTGCATACCTCTATGGGTACTCAGGAATTCTAGTCCAATTTTTGTGACTTTTTCCTACTGATTACCTTTCCTCCAACGTTTT
AAAAATTATTTCAAATGGAACTGAAAGAAGCATAAACTCCCATAAACCCAGCACCTAGACTCTACAATTGCCAACATTATCTATCCAACAATCTCTGACT
GTACCTTTTAAGTACTTTCTACTGGACTGTTTCCAGGATCACCCCTCATTTATTTGGGTTGTTAACCTAAAGAATGAATGGGGGAATCTCCAGTCATAAA
CAACTTGTCAATTAGGCAAATATTTGAGTTCCTTCTATGTGCTTAAAGACGTGATAGAGGGAATATAAGAGCATTTATGTTCTGAAGGAATTTTTAACCT
AACCAAAGAAGATAGTAGATAACTTGTGTGCATATAAGCTAGAACAGTATAAGGGGCCGGGCATGGTGGCTTACGCCTGTAATCCCAGGACTTTGGGAGG
CCAAGGCGGGCAGATCACCTGTCAGGAGTTTGGGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTTTCTACCAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTG
GCGTGTGCCACTGTAGTCCCAGCTATTCAGAAGGCTGAGGCAGGAGAATCACTTGAACCCGGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCTACTGC
ATTCCTGCTTGGGCGACAGAGTGAGACTCTGCCTCAAAACAAAAACCCCACAAAACAGTATAAGGATGTGCTTTCTAATTTGGAATTATGAATTATTGGT
AAAATATTGCAAAGGTGTATGCTTTAAGTTGTAAATTCACCTTTAACCCTAGACTATATATGTGTGTTTATATGCAGAAAAAAATAATTCCCATGTCGTA
AGTGAACAATTTGGTTCTTTAGCTCAGTGTTTTCCTGTTTTCTTCATTTCCAAAATTTCCCTCTAGCACAGGGGTTTACACATGATCAAAAAGGAGTATA
CAATGAAGACACCTTCCTCAGTCCCCTACCTACCAGTTTCCCTCCCCAGAAGCAACCTCTGGAAGACCAGTTTCTTTCAATCTAAGGCTATTTAATATAC
ATTAAGAGGCCGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAACAACACTTTGGGAGGCCCAGGCAGGCGGGTCATGAGGTCAGGAGATTGAGACCATCCTG
GCTAACACGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGCGTGATGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGG
AGAATGGCGTGAACCTGGGAAGCGGAGCTCGCAGTGAGCCGAGATCACGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGTGAGACTCTGCATAAAGAGCATACC
CATGTGTGTACCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGTATATAGATATATTAAAATGTAAATGGTGGCAT

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 5
5 nts: 1
6 nts: 4
7 nts: 2
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

AAAU    1
UCAA    1
CUAG    1
CCUU    1
CUGC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 2
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0