Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
TACTTCATTCTTCCCAGTAGGAGAACCCAGGGCCTGTTCCACGCCCACAGACTTTGGTCAGGCAAAGCGGCCGCAGGGCGTCTGGGCTAAACGCAACCAG
GAACACATTGGCAAACTTTTGCGCCTGCGCCCACCGGGCGTGCACCTGTAGGCTGAAGTCGCGCATGCGCTAGATGGGAACGTTGTTTCTTCTCCCCTAC
CCCTTTTCTGTGGGTCTGTTTTAGGGACAGACTGCTTCCGGGTCGAAGGGCTTGCTTCCGGAGAGCGGGAAGGCTAAAACGCGGTAGCTAAACTGCAGCC
AACTTTGGTTGTGTGTGGAAAAGGCTTTAGCCATGGACAGGAGTGGCTTTGGAGAGATATCATCCCCTGTAATCCGGGAGGCAGAGGTGACACGGACTGC
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CGCAGTCTTCAGGGTTCTTTGGAAATCTCTCCATGGTTACTAATCTGGATGACAGTAACTGGGCAGCTGCATTTTCATCACAGCGTTCCGGGCTGTTCAC
AAACACAGAGCCCCACAGTATAACAGAAGATGTAACTATCAGTGCTGTTATGTTACGTGAGGATGATCCTGGAGAAGCTGCATCCATGAGTATGTTTTCT
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TTCTTTGTATAGAGACAGAATACAGTCTGCATTAGAAGAGGAAAGTGTATTCGCAGTTACTGCTGTTAATGCCAGTGAAAAAACAGTTGTGGAAGCGTTA
TTTCAGAGGGATTCACTTGTTCGACAAAGTCAGCTGGTGGTAGATTGGTTAGAGAGTATTGCCAAAGATGAAATTGGAGAATTTTCTGATAATATTGAGT
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GGAATGACAGAAGAGGCACAACGACTCTGTAAACGCTGTGGTCAAGCATGGAGAGCTGCAACACTTGAAGGCTGGAAACTGTACCATGACCCTAATGTTA
ATGGAGGAACAGAATTAGAACCTGTTGAAGGGAATCCATATAGACGCATTTGGAAAATAAGTTGCTGGAGAATGGCAGAAGATGAGCTTTTTAATAGATA
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GTGGACAGTCTGGTAGAACAGGAGATCCAGACATCAGTAGCAACTCTGGATGAAACTGAAGAACTCCCTAGAGAATATCTGGGAGCAAACTGGACGTTAG
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TTCCGTACTCTGGGACTACAGACCAAGGAGGAAGTTTCTATTGAAGTTTTAAAGACATACATACAGCTTTTAATAAGAGAGAAACATACAAATCTTATAG
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GACAGCTGGCTTGGGAAGCCTGAGATGGGATCATAGAATTTGATCAGTTCTATATTATGTGCTTTTTTTGTTTTATTTCTCTAAAGAATTCATCTTGTCT
TCCTGTTTTCTTTATTCTTACTAATATGCAAATGATTTTTACAGCTCATGCAGTCCTGTAATCATGATTATTGCTATGCTACTTTGCAAAAAATAAAAAC
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TGTTGTGCCTTGTTTTTTGAATGTCCTTTAAAAAACACAGCACAGAAACCCACTAAGGTTGTGGAATTACAAAATTCCTTCAACCTTAGACTCTTAATTA
GGATGCCCTCAAATGGACTTGTTTTTAATTTTTATTTATTTATTTATTTTTGAGACATGGTCTTGCTCTGTCTCCCAGGCCGGAGTGCAGTGGCATGATA
TCTCACTGCAAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTAGTAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACCACGCCTGGCTAATT
TTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCTTGACCTCAAGTGATCCACTCGCCTCGATCTCTCAAAGTGCTG
GGATTACAGGCATAAGCCACTGCACCCAGCCAATTGGACTCCTTTGAGTCCTTAGGGAGTCAATGTGTGTGTTGCTGCTTATTTAAATACAGTTCAGTTG
GAGCCCCAAGAGTGCCAATGTGCTCCTCACAATTCCCAAATGCCTCTCTTCCTGAACACCAGAAGTGGTGGGCACCTGAGTGGGAAATTTCAGGCAACTT
AATTTAGTTCCTCAGTGCCTACTCTTGAAGAACTGGGTTTTCATTCTAGAGAGGAAACTCAGGGAAGGGCGTGTTGCCTATCACAGGTTCGCATACTAAG
TTTTAAAAACTTTTCTTGGTGTGACTTATGCCAAGGAATTATGAAGACTTTTTCCTTGAGCATTGCATGAAGGCTACAAAGTTGGAACAGGCATGTCCTG
GGTGTGAAAGTTTTAATTTCCCTACCTCATTTATTTATTTAATTTAGAGATGGGGGTCTCACTATGTTGCCCATCCCGGCTTCCAACTCCTGGGCTCAAG
CAATCCTCCCACGTCAGTCTCTCAAATAGCTGGGACTACAGGCCCACGCCACCATGCCCTACTTCCTCATTTATTTTAAATTTTTTGTACCACAGTCTCT
CTTTTTAATTTTATGACTGCTGAATTAATCCTAGACTCTGTCTTAAAACTAAGAATTGATGTATTGGCAGGAACAGCTGGACATTCAAGATGTTTTTGTG
ATTCCTTTTTTAAAAATCTCCTTTTGTACCTGTAATATCTACAATATATAATCTTTCTTTATCGACTTAAGGAGGAAGGAGAAAGGAAGAACCTGACTTC
TGTGTGAAGGACCTTACTGTCGATCAAGACTGTTACTCAAAGTTCTATCTCTTAGTCATTGCACCTGACCTGATCCAAAACATATATATATATTTGTATG
CACCCCTAGAGACAGCTGTATATATATACGGTTTTGCCAGGTTGTACGTTTTTTTCTCGAGTTGTAAGTGAACACAGTAGCACTCGTTTACATTGTCAAG
GGGACATCTTTAGAGAACACATTTTCTCACTGTTGAGCTAATAATGCTTTGTGAATGTATGATCTAAGGAGAAACCCTTGTAGTTATACCCGATGATGCT
GTCTGTTGGAAAGTAAATTTTGAATGTCTTTTTCCAAAAATAAAAAATAAAAACATG

Loop counts:

4 nts: 1
5 nts: 1
7 nts: 1

Tetra-loop variants:

UACC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0