Annotated gene sequence

GTCTCCAATGAGCAGGCGTGTTGGGGAGGAGCGCACAAACCCTAGTGGGTTTGGTTGCACGGCGGCTTTGGCGCATTTTCGGCTGGTTTGATTCATCCAT
TTTGAAGAGACGGGGGAGCGGGGGGCTCGTCTGTTCCAGGAGCCCTGAACCAAAGAGCAGCGGAGTTTGAGAAGCCAGCAGCTCGGGGTTCGGCAGCAGC
GGTCCCATCGGCTGAAGTTCGGGGGGGGTGGGGCGCCGAGCGCGCGGGGTGGGGGGGGTCCTGGTCTTTGGCTTCTCGACTCGGTCCTGTTTCGACAGCG
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GAAAAGACTCCTTCTCCCAAAGAAGAAGATGAGGAACCGGAAAGCCCGCCAGAAAAGAAAACATCTACAAGCCCCCCACCCGAGAAATCTGGGGATGAAG
GGTCTGAAGATGAAGCCCCTTCTGGGGAGGATTAAAAGTGATGATGGTCTGGGGAGAGATTTTATTAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAAAAAAGAGGGA
GGAAAAAAAAGAACCTACTTAAGATAGAACATGGTTTTGGCTATGGCTTGACTCATGGGCTTTCAGTGCTTTTTTCCATTTGTTGAAAGTAACATTTCTC
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CTCTACCTGGACTTTTAAAAAATCAATTGTCATCTAATATGAGTTTATTTGTCTATAGACACAAGTATCAATGTCTAAAAAAAATCATGACTTTAAACTT
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GAATCCAAAAAAAAAAAAACCCTAGAATTTAATCAACAAGATCAGTCTACAGGTCACAGTGGATTTCTTTTCAAACTGACAATGTTTAGGTTTTAAGCAA
ATAAAGTTCCAGTTAATGTGAAACTCAGTCACAAAGAGTTGAGATTTTTCCTTTATGAAATAGAATTGACATTCTTTTATGCTATAAATGTGCATTCAGG
TCCCATTAACCATGCTCTGCTTTTATTTGGGGATAGAACATTTTCTTTTTCATATCCCGATCTTCCCATTTCTTCATAGAAATGTGATAAGAAGTACATC
CCTGTGATCCTGCTGCTTCGTAGAGCACCACTGCACACCCTACCCCGAGTGCCAACCACCTCTGCTATAGGACACTATTTTCCTGGCCCTATTCTTCACT
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TGGCTCAAATAGCATTTTCTTACAGATAACAAATCAAGAGTGAAATTTGAGGTTATACTCCAGTAAAGTTTTTAACACTTGTGAATATGGTCAGCTAGAC
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GCAGCTTTGAAGAATGAGTGCTGGCTTGAACAGTTCTTTGCCTGCATCATTGGTAGCTGCACTGAAAGGAAAAAACTTTCACCTTAAGAATTTGAAAAGG
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GGTTTTCTAGATTATTGGGGGAGGGTAAAATTGGGATTTTTTTGTTGTTCCTTTTTTGATGGGGTGTGGGGGTATAGTACTCAGCTTATGCCCTAAAATA
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ATTCTTTTCTCTTTTTCCTCCAGAAGTATTTGTTACAAGATTTGTAAATAAGAGCTCTACTTAGTTTGTTTACCATGAACATGTTGCAGCAAACCTTATG
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TCATTTTGCCAGCTCTAAAACTCCCAGTCTTCCTTGATTTTAGTCCTTAATCTTTTATGTTCTGAGCAGGAAGGGTAAAAGACAGGAACCTGCTTCACTG
TATTAACTAGTCCATGGGCTGAGACCGGGGCATCTCTTTTCTTCATACTGCAATGTTGCTAGATACATGATCAGACACCAGAGGGTTGGGCATTCTTGCA
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ATGGGGTTGAAGTGAACATGATTTTGTTGACCATGTTCGTGAATTACAGATGCAACATGCATTGGTAGAATCGTGTGATGGTCTTTTGTGATACTTAATT
TTTACATATCCCAGTCTCTGTATGTATCTGCATAGACAAAGAAAAAACAAACTCCTGCTTTGCTTTTATTGAAGGGTTTCCAGGACTGCGTGTCTGCTCC
TGAGCTCTGTTTTAAGTATGTGTATCCTTTGCTTGTATTTTGTATTAAAAAAATAAGAAAAAGAAGCCTTTATTGTTGAGCATGTTGGCATTGTCCCCTT
TATTTTTTTCTCTTTTTGGGACATATGAAGCAAGTTATTCTTTTTCTGTATCTTTTTTTCTTTTGTAAACTTTTTTTTTGTTTTGTTTAAAAATGGCTTT
ATAAAAGGGCTTTTATAACCCAGATGTGTGCTCTGTGTACTTCTTGTAATACCTTAAAGCAAACACACTAACTTACACAGCTTTGTTAATCAGCTCCCAG
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CAAAAGTTAATACCTCAGGATGGAATCAAGAAGCAGTAGACTTACCAGTTTGATTAATTAAGGGAGCACTGGACTGGGTGCGTAAGGATTCTTAATTAGC
ATTTTTTCTCATGTTTACATCCAAGGTTATGAAGTGTTGTGGAAAGCAAAGTTTAACAATCATATATAATAAAAGATAATGTTTATACTCACAGAA

Loop counts:

3 nts: 13
4 nts: 8
5 nts: 5
6 nts: 4
7 nts: 3
8 nts: 2
10 nts: 3

Tetra-loop variants:

UUUG    1
UCAU    1
CGUA    1
CUCA    1
AGGA    1
AACA    1
UGUC    1
UCGC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 4
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 2
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 2
C x C bulge: 0