Annotated gene sequence

AGCAGTTCTAGAACGTTGCTGTGGTAGCGCTCGGGCGCCATGTTAGGACGAAGGGGAAGGAGGAGAAGCGCTTAAAGCGGCGGGAGCGGTGCGGGAGAGG
GGTTGGACCCAGGGCTGAGGCAGGCCCCCCCCTCCCTCCCGCCTCAGTGGATCATGCCCAGGGCGGCAGCGGCGGCGGTTGCGGGGGGGAAGTGACTGGG
CGGTGCCGGCGCCGGAGACGATGCCGTTTCCAGTTACAACACAGGGATCACAACAAACACAACCGCCACAGAAGCACTATGGCATTACTTCTCCTATCAG
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GGACAGTGATAACAGCATGTCTGTGCCTTCACCTACTAGTGCTACGAAGACCAGTCCATTGAACAGTTCTGGCAGCTCTCAGGGCAGAAACAGTCCTGCT
CCAGCTGTAACAGCAGCATCTGTGACCAACATACAGGCTACTGAAGTTTCTGTGCCACAAGTAAATTCCAGTGAAAGCTCAGGGGGTACATCGAGTGAAA
GCATTCCTCAAACTGCCACACAACCAGCCATTTCTCCACCACCAAAGCCTACGGTCTCCAGAGTTGTTTCTTCAACACGTCTGGTAAACCCACCACCTAG
ATCTTCAGGAAATGCAGCAACTTCAGGAAATGCAGCAACAAAAATACCTACTCCTATAGTAGGAGTCAAGAGGACATCCTCACCTCATAAAGAAGAGAGT
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CCCTGCAAATCCTATTCCTGTTATCAAGAATTCAATAAAACTGAGATTGAATCGGTAAAAACAACCTCAGGGGTCCATAAACAATATCTGCCAACTCAAC
CTGTTGTCTTCAAATGCTAAAAAAGGAGAATGGAGGGTACAAGACTAGACATGACTGAAATGGATTTGGGTTTTTTGGTGACCTCCCTTACTGGGCTAAT
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ACCTTGCCCTTCCTTCCACCACCGAAGAAAAAAGATGGTCATACTAACAGGTGAAATGTACAAGGTGTCTGTGTGTTTTGTGTAGCTTCAGAGTTAGATT
GAAATTACCAGGCACAGATTTAGTCTTGTCATTTTGTTTACACATTGGGGAAAACAATTCAGTTTATTAAACGTTTCATGTAACTGCACCCAAGTTTTGC
CAAGCTGGAAACTTGGACCTTTTCTGTGTAGTGACTTTTTAATTATAGTTTTCATAACCTGGAGATCAGACTGTTGCTTTCGCATGATGTATGTAGTGTC
TCATGACTGGAGTTTGCTTTGTTTTATAGTATCTGTACTCCTTGTATTTTTCAAGAGCTATTTTGTAAACAGATGATGTATTTCTCCATTGAAAACACAA
TAAAAAAAAAACAGCACAA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 4
5 nts: 2
6 nts: 2
7 nts: 4
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UCUA    1
GUGA    1
CCAG    1
ACAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 3
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 2
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 2
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0