Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGTCTCCGCCCTCGCGCGGGAGCTGGGAGGCTGCGAGATCCCTACCGCAGTAGCCGCCTCTGCCGCCGCGGAGCTTCCCGAACCTCTTCAGCCGCCCGGA
GCCGCTCCCGGAGCCCGGCCGTAGAGGCTGCAATCGCAGCCGGGAGCCCGCAGCCCGCGCCCCGAGCCCGCCGCCGCCCTTCGAGGGCGCCCCAGGCCGC
GCCATGGTGAAGGTGACGTTCAACTCCGCTCTGGCCCAGAAGGAGGCCAAGAAGGACGAGCCCAAGAGCGGCGAGGAGGCGCTCATCATCCCCCCCGACG
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GATCCCTCTGAACACTTCCATTGTTATGCCACCCAGAAACCTACTGGAGTTACTTATTAACATCAAGGCTGGAACCTATTTGCCTCAGTCCTATCTGATT
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GCCATGCTGGAAACTGTGGTCTTGGTGTGGCATGGAAAAACCAGAGGGTGAGGGATGTGGATGAGAAGATGACAGAGAATCAGACATGCAGAGAGGACTG
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AATCTTTGCATGTTTAACTCTTTGGGACTTAGGTTCCTAGATAAGGACTTCATGTGTATCTATTTAGAAAAAGAACATTTCTTCATTTCCACAAAGCTAC
ACAGCCATCAGTTCGTTCAATATCTTGTCCAAAGTTATTGCTAGCGTTCTTCTTTCTGAGTCTTTGTGGCTAATGCTTTTTTGAGGAAGAAGCATGATTT
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GGAGTGGGCTTAGGGGTCAAAATTGAGACCTAAGTGGTATAAAACAAGATAATCCTAGCTTCCTCCCACTTAAAATAATTTGATGGGACTTCTGTATCTG
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GCCTTCTTCTTTCCAAACAGTGTGGTCTTATCCCCGTCGCAAATGGAGGATATTTAAGAAACCCAAGCCAGAAACCCCACAGTCTTCACAGTCACTGTGT
CCTCCACCTCCTAGCAGCTTCCTGCTGTTCTGCTCTAGTGGTTCTCTCTGCTTCCCCACACCCACCCGTAAGCCACAACAATCTTTCCAAAACACGAACT
TGATGGTTTCATTGTCACACCCCAGCTTAAAACACTTTCCTGGCTTCCCCTGGTTCTTAGGATAAAGACCAAAATACTTAATGCTGCACAGTCCAGTCCC
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CCTGAACCATTAGGAAAGGCTTCTCTTGTTTCTCAGTCTCATAGCATCATCTGTCTCTTTTTTGTGACTTGAATATAATTAATATTTTATATTTTGTCCT
TGTTGCTTGTTTGGTTAATAGATTTCCACCACTAGACTGCTCAATACGTTAGTAGGGCACCTGACACATAGTTGCAGCTCTTATTTATTGAATGAATGAA
TGATTCCTTCCCGTACCACCCTAGTCTTGCCCACTGTCATTTTTATTCTGGGTATTATATTTCCCAACCAGTTGTCTGACTTTCTCCTCAGATCTCATCC
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TCATACCTTTCATGATACTTCATCACCTGTCTTCATGAAGTCCTCCTCTAGACTATTAGCAAAATGCTCATACTGTGTCCTCAGTATTTGGCACATAATA
GGTTTTCTTGACACTGAAGGAAGGAATAAACATCTGGTAACTATAGCTAGAAAAAAAGGAAATACGGTATCTACTTCACTAAAACCAAAGGGGGTTTTTT
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CAGAGCCTTTGCACTTGCTGTTTCTGGGCCAGGAATTCCACACCCTCCTTCCCTCACATGTATCCCAAGGCTCACTGCCTTCCTTCAGTTAAGTCTGCTG
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GAGCAATATGGTCATTGGTCAAGAAGGCTTATGCCCAGGTATCCCTGTGGCTATGAGCATTGCTCCTTATCTATGCCTCTGCTCTTAGACTTTTCCATTC
TGCCCTCTTAGGGGCCTTCCTGGCCATGACCACACTACCTTATTTTTCTCTATAGTACTTATCACCATCTGACATGTATTTATGTTTGTATTTGTTTATT
GTCTGTCTCTACAAATAAAATGTAAATTCCCTAAAAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 2
6 nts: 1
7 nts: 1
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

AAAA    1
ACAG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
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