Annotated gene sequence

GTGAGGCGCGTGTTCGGGCTCTTGCCGTCCCCGCACCCGCACCGCGGTTACTGGCTTGCGGTCCGCCGTTCGACAACCAGCCCTTGGGTCCCCGCCCGCC
ACGGACATGCCGCGCGTCTACATAGGACGCCTGAGCTACAACGTCCGGGAGAAGGACATCCAGCGCTTTTTCAGTGGCTATGGCCGCCTCCTCGAAGTAG
ACCTCAAAAATGGGTACGGCTTCGTGGAGTTCGAGGACTCCCGCGACGCCGACGACGCCGTTTACGAGCTGAACGGCAAGGAGCTCTGCGGCGAGCGCGT
GATCGTAGAGCACGCCCGGGGCCCGCGTCGCGATCGCGACGGCTACAGCTACGGAAGCCGCAGTGGTGGAGGTGGATACAGCAGTCGGAGAACATCTGGC
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AAGCAGGTGAAGTAACCTATGCGGATGCCCACAAGGAACGAACAAATGAGGGTGTAATTGAGTTTCGCTCCTACTCTGACATGAAGCGTGCTTTGGACAA
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CAAAGTCAAGATCAAGGTCCAGGTCGAGTTCCAGAGATTAACTCAGAACTCCTTGTTTGCACATTATTATGGAACACTTTCCTACTTAGGCAGTTACTCT
TCCATGTTTATACTTGGCCTCTTCTGCAAGAGGAATCTCTTGAAAACAGGGGCACACAGAAATTTGATTTGTGGCCAAATTGGATGAAAAAGATGAGGCT
CTAAGGAAATGGTGGCATGAAGACCCTCTCCCTTCTTTGTAGAATTAAGATAACTTTGATTTTATAGCTTTTGAGCTAACGTAACTTTTGTAAAGATTAA
GCTCATTTAGTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTATTTCAGCAGGATCTGCTGGCAGGGTTTTTTTGTTTTATTTGTTT
GCTTATTTTTAAATTAACTGTTTTGAGCTTTGAATACTTAAGGCTTTAGAGGGAGAACCCAATTTTCAATTATGTTGGCTTTTTATAAAGCTTGAGTTAT
GTAAGATTTAAATAAAAGTTTGCTACCAAGATGATTGCCTTATTGAATAGGTCACTATTAAATTCCTTTAAATGTTGATATCTGCCATTTGTGGAAACAA
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TGTTGAGAGTGGTTCAGTTGTCTTTAATGTTTGTCATGTGGAAATGGAAGTAGCCTCTTTTTGTTCTGAAATTGAGTTTATTCAAAGTGTAAAAGCACAT
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GTTAGTGGGATTATTTGATAATTGGTTAGATCATACTTGTAAATTTTAATGCTTTGTGTAATTGGTTTGAAAAACAGTGAAATGGGTAAACGCAAAACTT
TTGTACTTTATTACGAGTAAAGTGTAATGAGTACTGTGGAAACCAAATTTGAATACTGCAAATTTGTAGGAGTTACTAGGTTAGCAATTAGTCCATACAT
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GATAAAACATGCATGGGATGTGAAGATTAAAAGTCAAGAATATGAACAGTACAAGAGAGTACCATAACAAATACAATTTTATTTACAAATATACATGGTT
GGACCATACCTTGGAATCTACTTGCTAATGCAGCTGCTGTTAACAGTTCTTGTATCTGCTCAAGAGATTTCTATGATCATATAAAAATGCCTTTTTAGGT
TTTCAGTGTTCATGCCCTGAGTAGTAGTCTGCAGTTTGCTTTAATACATGGTAATACAGAGATCGGCTTTAAATGGCTGGCTGGTTACTGTTGAATGAAT
GTATGATAAATTTTTTTTCAGAACCAACAGTGTGAATAATCCTTTCAGTTGTCTATCAGCATGAATTTAAAAATTACTTTCAAGATTCAACATTACACAA
TAAAACTTAGAGTTCTTGCAATAGA

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 5
5 nts: 7
6 nts: 3
7 nts: 3
8 nts: 2
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

GAAU    1
CGAG    1
CUCA    1
UGAU    1
GAUC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 2
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 2
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 2
A x A bulge: 1
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0