Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGCGTCTCCTGTGCGTCTGCGCGGGAAGTGGAACCTGGCTCTGGGGAGAAGCCGCGTGAGATCCGCGCGGGTGCTAGCTAGTCCTTTCTCGTCGCTGCTC
GGCTCGCGGCCCGTGGGGTCGGCCCCGCCACCGTTGCCGCCATGCCCATGAAGGGCCGCTTCCCCATCCGCCGCACCCTGCAATATCTGAGCCAGGGGAA
CGTGGTGTTCAAGGACTCCGTGAAGGTCATGACAGTGAATTACAACACGCATGGGGAGCTGGGCGAGGGCGCCAGGAAGTTTGTGTTTTTCAACATACCT
CAGATTCAATACAAAAACCCTTGGGTGCAGATCATGATGTTTAAGAACATGACGCCGTCACCCTTCCTGCGATTCTACTTAGATTCTGGGGAGCAGGTCC
TGGTGGATGTGGAGACCAAGAGCAATAAGGAGATCATGGAGCACATCAGAAAAATCTTGGGGAAGAATGAGGAAACCCTCAGGGAAGAGGAGGAGGAGAA
AAAGCAGCTTTCTCACCCAGCCAACTTCGGCCCTCGAAAGTACTGCCTGCGGGAGTGCATCTGTGAAGTGGAAGGGCAGGTGCCCTGCCCCAGCCTGGTG
CCATTACCCAAGGAGATGAGGGGGAAGTACAAAGCCGCTCTGAAAGCCGATGCCCAGGACTAAGGCCCACGGTCACTGTGGGCTGGGGTGATGGTGTCTG
ACCAGTGGGGAGATTGGAATGGGATTACTTTGGCCCAGGGAAGCCCCTGGTTCTGTCCCTGGAGACTCTGGAAATCCTTTTGCATTAAAAGGACTTTACA
CACCTGTGTAAAAGGATGTGGGAGAGGAGGGTCTGAAGCTGAGCTGCTAAATGAATATCCCTGCTCTGCTGGTCAATAAAACGCTTCCTAATAGCAGCTT
GGCGTGTATCTGGTCCTAGTGAAGAGGAAGGCCTGTGTAGCAGAAAGGCTTTGGGCCTGAGAGGTTAAGGCCACAGCCTGTTGACACCTGTTTTGGTCCT
GCGACCCTTTACTGGTCTCCGCTGGCTTTGAATCTTCCTCTGGGCTCTACTCTGGAGAACATAAGGGCTGCTGTGGTTGAGTCTGGCTAGCACTGTCTGT
GGTTGGCAGTGTGTACACCCCTCCGTTCAGTTCCTTGGGGGTATTTTTCAGAAATCCAAAGGCAACCCTTCGTGCAGTGCTCACTTTTTTAAGTACAGTT
GATTACCCTTGCCTGCTGGGGGGCCTAGCCATGGGCCAGAGATGGAGGAGCCCCAGTGGCTGACAGGCCAGCCTCACTCAGGCACGTACCTGCTGACCAG
TCAGCCACTGCCAACCCATGGCCCAGCCACTGTGTGCATTAGCAGGGAGGTTTGTAGGCCATGGAGGAAATGAGGAGACACCACCTAGTGGAGACATTGG
GGCCCTGCTGGGGGGATGGTGTCTATAGCTGGCTCTGCTGGCTCCCTCAGGCCCTGCTTACCAAGCTCTGGAGGAGGGAGTGCTGCATTACTGAGCACCT
TCCTTGTTCTTTCCTCATAGGACACTGATGTTACTGTCACTTTAGTTATGCTAAAGTGGAGGTTTCAGCCTCCAGAAGACAGCAGAGCCTTCTAGGGTCA
CCTTAAGAATAGGTTTAGCTAGGCTGGGTGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGATGTGGGCGGATAGTTGAGCCCAGGAGTTC
GAGACCAGCCTGGGCAACATGGCAAGACCTTGTCTCTACAAAAAGTACAAAAATTAGATGGGTGTGGTGTTTCGCGTCTGTAGTCCCAGCTATTTGGGAA
GCTGAGGTGGGAGGATCTCGAGCCTGCGAGATCAAGGCTGCAGTGAATCATGATCGTGCGCTACTGCACTCCAGCCTGGGCCACAGAGCAAGACTGTCTC
AAGAAAAAAAATTTTTTAAATAAGTTTAATTATAAAGTGAAGGACCAGTTGGACCACGGACCCCTAGAAACTCAGCCAAGGAGACCTGACTTTATCTGAG
ACAGGAAGGCAGTGGTTAAAAGAATTAAAAAAGGACAGTGGTGCTTGACAGAGCAGGACTGAAGTTTTCATTCCTCTACCTGCTGGGGCCTTGGTCAAGT
CCTAAAAGCTTTCCAGGTCTGTAACTGGTTTTGTCTGTAAAATGGGGAAAAGGTTACCTTTTCTGCCACATGAAGTAGCTGGCTGGTGAAATGATGTCAT
ACTACGATGTGTTTCATTAACTGTTGGAGATTATCACATTAAATTGAGCAGATTTGGATCTTTTACATTTGATGCTCAAGTTTGATTCTGTACCAGATCT
GGGTTTGGGGTGATGGCTTGTCGGGGGTGGGAGGGGAAGGTGGGCAGAGACTGATGTATAATGGACAGGTGTTCCTTGAGTGACAGACTTACAAAGGGAG
TGTTTAATTGAAATCTAGCATCTTGTCTCTCTGCTATCAGCATTTTGGCTGGGTGGAAAAAGCTCTCCTCCACAGAGAGCCCTCCCATGTCTGCTGGTTT
CAGTTCCCCACCCAACTGACTGAAGTCTTGACCTTGATACCACCTGCCTGGGCGTTCTACTTGGCTGCAAGGGCTCTTCAGAAAGCACCTAGTTCCTTTT
GGCTTTCATCTGCAGTGTAGGTCTCCATAGCTAGTGACACACAAAGCCTTATGAGAGTATTCCTTCCCTCTAGGGCCCAAAGAGGCTGCTAACCAGCAGG
AATGTCCTGAACCAAAAGGAGTGGTGACCATTCTCTAGACAGAATAAATGTCTGGTCCCTAATGGGACAGATAACTAGGGTTTGAGTTCAGGCTTGACAC
AGGAGCAATGGGCAGTGAGGTGGACAGCCCAGACCCTGAAAGGACGTGTGGAGACAGCAGCAGTCCTGTGGTGCAGTTACTGCCTGTGTGGCCAGCTTCA
CAGGCAGCAGATAATTTGTGGAAATAAACATTATTTTCTTTTTTTGTTCCCTGTAGGCTACTTGATCCTGGATAGTTTCTCTTTAAACCTTTGTCTTTCC
CTATTTTGTTTAGTAGTGATGAAAGATGGGTTTAAAATATACAGAAATGGGAGAAAATTAATTAGAGAAAATGTGAGGATTTTATAATTGATAACATGTT
CTTAATTTTACTTGCACAAGCAGTGTTCACAGCCTTATTCTGAAGTGACCACTTTTCTTCTCTTTGAGGCACTACCTGGCAGCACCATCTAAACCTGTAT
CATCTGCTGTGGTCCCAGTTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGGTTGAGGCTGGAGTGAGCCATGACTGTACCACTGCATTC
CAGCCTGGGTGACGGAGTGAGGCCCTATCTGCCTGCCAGTGAGTTCTGTCATGCATCAGACTTTGGACCTCAGAATTTTCACCTGGAACATGAGAGGTCA
GATGACATAATGAATATGTTCTAACTTCTGAAACTTTTGGAGCTTGTTTTTGCCCTTGATAGCACGTATCCTTAGAGAATAAGCTTGCCAATTTAAGGCC
TGTCTGTAATGGCATCTGAATGTTCCAGCAGCCTAACTGTGCTCTGCTCCAGAAACATGTGTGTGGCTTCCCTACCTCCACACCAAGGAGCTGCCTTGCT
GGGTGGATGTAAAGACTGTCCTGCCAGGGTTTCCCACTAAAGGTATTAATAAGTCCAGTGGACCACAGAGGGCCCAATCCCTCTTGGCCGCTAAGGCTAA
GGTAGGAGCCAGAGAGCTGTAGAGACAGGACCACCAGGATGCTTCATGTCCATAACACAAGAGAGCGCTGCATTGTTTGGGGGCCAGGCATTACTACTAT
CATGAAGAAAAATGAAGAGCAGGATGCATGTTAGTCTTTAATTCACTTTTAATAGTATAAACCTCATTTAGGTAGTAGTATTAAGCCACAACAATAATGC
CACATTGAAACAGCATTTAATAAAATGCATAAAGCTAATTCATGCACTGCAATACTCTATATACAAACACAACAATGCAAATTCTTCTTCAAGACTGAAG
ACATTGATTAGATATAAAATTCAGTTTAAAAAGAACATGCTATTTTTTAAATGCCATCACATAAACAAAGTGATTTCACAGGGAGAAGAAAGCTGTATAA
AGCTGCAGCTTTCAACAGGTTTTAAACCTGGCATTAAAATGTAATGGCAAAACCAATATTTTCTATATTGTGAAGGGCAAAGGTTACAGAAACGGTCCCA
AGAAAATCTAACACCCAAATTTTCCTTTGATAGATAGATGCCTTTAAAAGGGCTGGTAATGCAGTTACATTCTAACAGAGAAGTCCAAACTACAGGTAAA
AACTACGGCTTGTACTGTGAAAAATGTGCAGCTTTTCAGTTATAAAACTAGTTGAACACTGGTTTACAAGATAATCCGTAGAACAGAGAGACTGTAGAAA
AATATTCCAGCACTTGAGTTGTGTGTGGCAGCAGCATTTGAGTCCATGAATGCTATGGTCATTAAAATAATTGATTATACTTTCCTAAAGAAAAGCCATT
TTTTAATGCAAAGTCTACTACTTCCAAATGTTATTCCAAACATTAAATTTTAACAGTCTATCAATCAATAAATGTTGAACATTTTT

Loop counts:

3 nts: 1
6 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0