Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGAGAATATGCTTTTCAGACTCATTTTCCTTTGGAAATTAATAGTAAGGTCTCAAGTGCCCCCTACAGCCTTGCTACTCAAAGTGGGTTCCACAAAGTGT
TGACAGTATGGTACTAAATAGAAAGTGGCTGAATGAGAAATGTAGATTGCAGAGGGCAACTGGTGTGTTTATATGCCTGACATTATTTGGGTTTTCCCCC
CTCAGGCAGAAGCTGAGGAAGATTGTCATTCTGATACTGTCAGAGCAGATGATGATGAAGAAAATGAAAGTCCTGCTGAAACAGATCTGCAGGCACAACT
CCAGATGTTCCGAGCTCAGTGGATGTTTGAACTTGCTCCAGGTGTAAGCTCTAGCAATTTAGAAAATCGACCTTGCAGAGCAGCAAGAGGCTCTCTCCAG
AAAACATCGGCAGATACCAAAGGAAAACAAGAACAGGCAAAAGAAGAAAAGGCTCGAGAACTCTTCCTAAAAGCAGTAGAAGAAGAACAAAATGGAGCTC
TCTATGAAGCCATCAAGTTTTATCGTAGGGCTATGCAACTTGTACCTGATATAGAGTTCAAGATTACTTATACCCGGTCTCCAGATGGTGATGGCGTTGG
AAACAGCTACATTGAAGATAATGATGATGACAGCAAAATGGCAGATCTCTTGTCCTACTTCCAGCAGCAACTCACATTTCAGGAGTCTGTGCTTAAACTG
TGTCAGCCTGAGCTTGAGAGCAGTCAGATTCACATATCAGTGCTGCCAATGGAGGTCCTGATGTACATCTTCCGATGGGTGGTGTCTAGTGACTTGGACC
TCAGATCATTGGAGCAGTTGTCGCTGGTGTGCAGAGGATTCTACATCTGTGCCAGAGACCCTGAAATATGGCGTCTGGCCTGCTTGAAAGTTTGGGGCAG
AAGCTGTATTAAACTTGTTCCGTACACGTCCTGGAGAGAGATGTTTTTAGAACGGCCTCGTGTTCGGTTTGATGGCGTGTATATCAGTAAAACCACATAT
ATTCGTCAAGGGGAACAGTCTCTTGATGGTTTCTATAGAGCCTGGCACCAAGTGGAATATTACAGGTACATAAGATTCTTTCCTGATGGCCATGTGATGA
TGTTGACAACCCCTGAAGAGCCTCAGTCCATTGTTCCACGTTTAAGAACTAGGAATACCAGGACTGATGCAATTCTACTGGGTCACTATCGCTTGTCACA
AGACACAGACAATCAGACCAAAGTATTTGCTGTAATAACTAAGAAAAAAGAAGAAAAACCACTTGACTATAAATACAGATATTTTCGTCGTGTCCCTGTA
CAAGAAGCAGATCAGAGTTTTCATGTGGGGCTACAGCTATGTTCCAGTGGTCACCAGAGGTTCAACAAACTCATCTGGATACATCATTCTTGTCACATTA
CTTACAAATCAACTGGTGAGACTGCAGTCAGTGCTTTTGAGATTGACAAGATGTACACCCCCTTGTTCTTCGCCAGAGTAAGGAGCTACACAGCTTTCTC
AGAAAGGCCTCTGTAGAGCCTCAAGTCCAGTCCTCTATCACTTTTGCATGAATTAAAGTATATAGCGCAAAAGAGCACCTAAGTTATAAATGTGTGTGTG
TGCGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGAATTGGAACTTATTTTAAATTGTTGGAGTTCTTTTAA
GAAGAATATAAATTGATTATTTTTTTTATTTAAAGGGATAGTTGATTCCTGGGGTGTTTTGAAATTAAGTTGGAATTAAGTTGCTTAAGCATATTTATGT
TGTGAGAAACCTTAATATGAGGTTTATCATGCCCTTTTTCAAGCAGATTTATGAGCAGATTTCTGTCACATAAGTCGTCTTCTGCTTGAGTATCCTAATA
TTTCAATGCATCAGGGGAGCGCTCCACTGGATAAGCATTTTATTTCCCGCATGGCATAATGTTTTTGCACTAAAGGCTCAAAGTGTGAGAACCTGTTCTG
GATTTGTTTGAAATTATTTCACCAATAAAGATCATAAATAAATGTTTCTTTCAAGAAAATATATTTGGATGGCCTTTTTAAAGTAACAGGATATTTAATA
AGAGTCCTAGATAGCCAGCGGAGACTTTAAGAATCATTGCCTCTAGCTGGGTGTGGTGGCATGCACCTGTAGTCCCAGCTATTTGGGAGGCTGATGCAGG
AGAATAGCTTAAGCCCAGGAATTTGAGTCTGGGAGTTTGAGTCCAGCATGGGCAACATAACAAGACCCCATCCCTTATTAAAAGAAAAAAAAATAATTCC
TCATTTCATCATTGGTCTTTATATGTAGCCACAAACACTGACCTCATGTAGGCACCTTACCAATATATGACATTAAGTGAGAGTGAATCCCTTAGGACTG
GAACACTTCAAGCTCAACCAACTGACTCAGTTGTCATTCTTCACAAAAGAATAGTAGAGGATCATGTAAACCTGAGCCTAACTCTTGTTCCAGTATGAAA
GTTGGGGGAGAGCACCAGCCACCTAGGAAAACTGTATGTTACCTTTTTACTCAAAGGAGTCCCCCCTGCCCAGTAACAGTCCTATTAGTGTTTAATTTCA
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GCAGCCACTGTTACTTTTAATTGACATTAAGAGACACTTCATAGGTTCCCACAATTCAGTATGGGATAGGCTTTTTAAAAAGCACATACAGACCAGGCGT
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ACGTTATGTTAAAGGTGAAATGTGCATACAGAAGGAAGAGAGTTGGCCAGGTGTGGTGACTCACACCTATAATCCCAATACTTTGGGAGGCCAAGGCAGG
AGGATTGCTTGAGGTCAGGAGTTTTAGACCAGCCTGGACAACATAGCAAGACCTCATCTCTTCTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAATAGGCATGGTGGTAC
ACACCTGTGGTCCCAGCTAGTTGGGAGGCTAAGGCAGGAGGATCACTTAGCCAGGAGGCTGAGGCTACAGTGAGCCAAGATTGCACCACTGTGCTCCAGC
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TTCAAATTTAAAGATTTCTTTGTAAGCAGTAAAGTGACTTTCACTTATTTAACTTAGAACTGGAAAAAGTAACTTTTTTCCAGATTACATTTTCTGTATA
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TTTTGCTATGTAACCTTTTTCTTCTGGTCTTTGCAAATCCTGCCGTAGAAACTTTTTAACTTCAGGAGTGTCCTTCCTTTGCTCTATTAGGACATTACAG
AAACCAATACTATGAAAAGCTGACAGCAGTATCTGGATTAACTTTTTAAAAACAATGAAAGCATTTTACAGAAATTACATTTCAGATCGTGCTGGAACTG
TGTTCAGAAGATATCCTCAGAGGGAATCTGGCCTGAGCACCATCATGTTTAATTGCCTCCTCCTGTCTTGCATTTTCCTCCCAGCCCCCTTCCTACCCCT
TAGCAGAGGGCCAGGTGAGGGTGCTTGGGGCCCATGGGGGCTGGGAGTGTAGACTTCAGTTACACCCCCAGCCCCCAGGGGAAAGCATTAGCCTTGAATC
CTCAATCCCAGGCCCTCTACTAACCACTCTCAACCTATGGTATTTATCTTTTGATTATTCTGTGCATCTATAAAAATGGGATTATATTGTACAGAATGCT
TTGTAAGCTTTCTCTCCCCACATAAGAATGCCCTGTAAGCATTTTGTTAAATATTTTTAATGACTTTAGAGTCCAACTTTATACTCCTCTTTACGCATTT
TGGTTTTCTAATTTAATGGTAGTGTAAACGTTTTTGGAATAAACATTCCTGTGGCTAAA

Loop counts:

3 nts: 2

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
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