Annotated gene sequence

GGCGGTGCGTTCTTCTACACATGCGCAGGGTTGGGCGGGTCTTCTTCCTTCTCGCCTAACGCCGCCAACATGGTGTTCAGGCGCTTCGTGGAGGTTGGCC
GGGTGGCCTATGTCTCCTTTGGACCTCATGCCGGAAAATTGGTCGCGATTGTAGATGTTATTGATCAGAACAGGGCTTTGGTCGATGGACCTTGCACTCA
AGTGAGGAGACAGGCCATGCCTTTCAAGTGCATGCAGCTCACTGATTTCATCCTCAAGTTTCCGCACAGTGCCCACCAGAAGTATGTCCGACAAGCCTGG
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AAGTTATGAAGGCAAAGAAAATGAGGAACAGAATAATCAAGAATGAAGTTAAGAAGCTTCAAAAGGCAGCTCTCCTGAAAGCTTCTCCCAAAAAAGCACC
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GTTCCTGCCCAGAAAGCCACAGGCCAGAAAGCAGCGCCTGCTCCAAAAGCTCAGAAGGGTCAAAAAGCTCCAGCCCAGAAAGCACCTGCTCCAAAGGCAT
CTGGCAAGAAAGCATAAGTGGCAATCATAAAAAGTAATAAAGGTTCTTTTTGACCTGTTGACAAATGTATTTAAGCCTTTGGATTTAAAGCCTGTTGAGG
CTGGAGTTAGGAGGCAGATTGATAGTAGGATTATAATAAACATTAAATAATCAGTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGATGGAGTCTCGTTCTGTT
GCTCAGGCCGGACTGCAGTGGCGCTATCTCGGCTCACTGTAAGTTCCACCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGCAGCTGGGACT
ACAGGTGCCCGCCACCGCGCCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGCTCTCCTGACCTCGTGA
TCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTGCAGGCATGAGCCGCCGCGCCTGGCCTAAATAATCAGTTCTTTAATCTCACTCTCTGCCCATACTT
GGATAGGTAGTGCAAAATCATTGCAGTCATAATTGATCATGTCATGAGAAATCATGATAACTTAGAACACCAAGTGACACAAGTGACATTTTTTTCTTAT
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ATTTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTGGAGACAGAGTCTTGCTGTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTCAGCTCCCTCCACCTTCCGGGTT
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TGGCCAGGCTGGTTTTGAACTCCTGACCTCGTGATCCGCCTGTCTCGGCCTCCCAGAGCGGGGGATTATAGGCATGGGCCACTGCACTTGGCCTTTTTTT
GTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGATCTTATCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACGATCTTGGCTCAGCGCAACCTCTGCCTCCTGGGCTCAAGCGGTTCT
CCTGCTCAGCCTTCTGAGTAGTTGGGACTATAGGTGTGTGCCACCACGTCTGGCTAGTTTTTGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCA
TGCTGGTCTCGAGCTCCTGACCTCAGGTGATACACCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCGGCCTGCAAATTTT
CTTATAAAAAGTAAACTAGGAAAATAGGGCAAGTATAAAAATTGCAGGTTGAGCATATTTCTAATCCAAAAAGCTCTAACCTCTGAAACTGAGCTATGAC
ACTACAATTTAAAAATCCCTAGCCTACCCGCATGGTGGGTTATGGTCAAAATACAGGTACACAGCACTATTCAGTGTCCCTGAGGAAGAAATAGTTAACC
TTCAGGGTACATGTATATGAAGCATAAATGAATTTCCTGTATAGACCTAGGTCCCATCCCCAAAGTGTCATGTATATGCACTTAACTCCAACATCAGAAC
ACATCTCGTCCTAAGTGTTTCAGATAAGAGATACTTATCCTGTGTATAGTAGGTTGGACTTCTGTTTCTCTCTACCACAAGATACAGGTAATTTGGGGCA
GTAAAAGATCCTGGATAGATTTAAAAATACTACAAAGCTGTACATGAAACAGGATTACTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGCCTTACTCTTGCCCAGG
CTGGAATGTAGTGGCACGATCTCAGCTCACTGCGACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGTTGTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCAGGGGTTAAATGCGTGT
ACCACCATGCCCCTCTAATATTGTATTAGAGATGGGGTTTTGCCATGTCAGCCAGACTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAGGTGATCTGTCCGCCTTGGCC
TCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCTTCTGGCCAGGAATACATTTTAAATAAATTTGTTTCCTAACCAAAAGCTAGCTTCAGGCGTCAC
TGGGGTAAAGGAAAAAGCACATTGATTTGCTTGATAATAGGCAAGTGGTATGGTGTAATAAGGAAAATATGGATGATTTCGGATTACCTGTTCTACTCTG
GGAGGTAGAGAATTGTCTAGAGAAAGTGGCATCTATACCTAAAATAAGAAGAAGGTGGTGTAAGGGGAAGAATGACACGAGATAGGAAATAAACGAACTG
ATAGTGTAGAGGACTGGCTCGGGACCACATCAAGGAAGTAGGTTAGTGGTTAGATCGTGTAGGGGAACACGGGAAGCTACTGAGGGTTTTTTAAAATGGC
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AAGGAAGTGACAGTGGTAATGCCATTTAGGTGGTCTTGATCATGCATTGGACTGCAGAAATAAGGGAGAAAACAATGTGTCAGGGTTTCTGGTTTGTACC
TCTGGTTCATTGGTTGTGAGGGAACATGAGGCAGGGTAAAGTTTATCTAGGTAAAATGAGTTAGTTTTCATGTAGACTATCTGGGTGTATATGCAAAGAC
TGCAGACAATCTATACTAAAATCCTGGCTCTGCCTCTTGAAAGCTATGTAGTTTAGGCACATAGTCAAAATCCAGTTTCCTCATCTATGTGGTACGCTTC
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GGGGCACATGGAAGCTAGGGAAAGAATTTTGCTTGAGATCGTCAAAGTGAGGGGAAGAGGGTAGTAAGCAAAGGAGAAATGTTATATGGGGTTCGGAGGT
TTTGTGTTTGTAAATCTGGAGTGATGGGCATGTTCAAATGCTTCTGGGAAAGGAGCTAATAGGAGAGAAACTTAGCCCTTCGAAAAACAGGAAGGGATGG
ATCCTAGGGGAGAGGAGGAAGGATTGGCTTTAGAGGAAAGATGTCCTTTACGTGAGGAAAAGGAAGAAAAGGTGGGTTTAGATACTAAATCTGTAGGTTT
GCTGTTAGGAAATTAAGGACTTTTCACCTTTATCTCTGAAATTTCTCTGGAGTTAGCAAGGCAAGGTCATACACTGAGAAGGAGGGATGAGGCAGTGTAG
ATTTGCAGACATACAGGTTGTAATTCCTTATGGAGGAAAGGGGAGAGCACTTTTGTCAGACTGCCTGTGGCTTTGAGAGCCCTTTGGCTACAGTCCATGA
GGTGCTCAGAGGATGAGAAAGCTTCAGGGTAGAAGCAGTATTCAAGCTGCACCTAGAAAACAGTGCAATACAGAACAGTGGAAATTGGAAATTCCAATCT
TGGAATCTCTAGGAAAGTAACTGAGGCATACGATGCCTGAAAAGGAGTAGAAAATAAAATTAATAAGGTGGGACCATATGATAAGAGATTTGAGGCCGGG
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CCCCGTCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGACAGGCATGGTGGAGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCGGGAGAATCGCTTGAACCC
AGGAGGTGGAGGTTGCAGTGAGCTGACATTACGCCATAGCACTCCAGCTTGGGCGACAGAGGGAGACTCTGTCTCAAAAAAAAGACTTGAGCAAGGGCGT
AATCTTCAGGAAGGTCAGTCTGGTAGCATAGTGTGGATTGGGTTGGGGGATGGGGAAGGAGAGCAGAAAATTATTGAAATATCCAGGTGCATAAAAGTCT
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CATGCCTTTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGAATCAGGGGTTCAAGACCAGCCTGGCCAATGTGGTGAAACCCTGTCTCTACTAAAAATC
AAAAAAAAAAAAAAAAAAATGGCTGATTTCAGAGTCATATTCAGGTTTAAATTCTGTCATTCAGCCCAAACTCATTACTTTATGTTACTTATGGGAACCT
CATCTAAAAAGCAAGGATCCTGATACCTGCCTCATATTGTGGCAAGGATCAAATGAGTCAAATAAGATGCTTGTGAAAGTGAGGACAGGATCTATCCTCA
ACACCTAGTGCAATTCTTTTTACACATTAGGTACTTAGTAATTTGGGTTGAATTGTGTTGAACTAACCTGGCGGTATAGGCAAAATTTGGAAGTTTGGTT
TTCAGAAAGTCTTGACTTCCTCTTATCTCTAAGTAATTGGCATGTCCTCTAATTCATATTTTCCCCCCTCATCTGTTGGGTGAAATACTGTTTATCCTTT
AGTACTAAAATTAAAAGTTACCTCATTCTTCTAGCTAGCTGATTTTTTTTTTTAATCTAGGCTAAATCATGAATACATTTACATTTAAATAAAATATTAC
AGTTGAAAGTAAAGGGTCCTTTCATTATCTCCACTTCCAATTCCAGTACCCTGTGTAAAGGAAAACATATACATCTTGCAGACATTTTTTAATGTGTTTG
TAATATAGGTACATAAAAATATATGTGCTTGTTTTAAGCAAATTTCATACTCTGCAACTTGCCTTTTTTCTTAATACGTTCTGGAGATCTTATCTAGTCA
GCCTCTAAATTAGAGTTCTTCAGAAAACCAATGGGATGGATGAATGGACTCAAGAGATTGTGGAAACCAAGAAGTCCCACAAAATACCATCTGCAAGCTG
GAGAACCAGGAAAGCTGATTGGGATAATTCAAACTGGGTCCAGAGGCCTGAGAACTGGAAGGGCCAGTGGTGTAAGTCCTGGTCTGAGACCAAAGGCTTG
ATCAAGAATCAAGAGCATCAACAACCGAGGGCAGGAGAGGATGGGTTTCCCAGATTAAAAAAGCAAATTCACGCTTCCTCCCCCATTTTGTTCTATTTGA
ACCTTCCGTGGATAGGATGATGCCCACCTGCATTGGTGAAGGTCATCTTTACTCAGTCTACCCATTCAAATGCCAATCTCTTCCAGAGGTAATCTCACAG
ATTTAGAAATGTTTCGCCAGCTAGCTGAACAATCCTTAGCCCAGTCAAGTGCACACATAACCATAACAATTCTTACTAATCTACCTCATTCTTTTTTATC
TTCTGCATAATAATCCACAACATGAATGTTCACGTTTGACCTCTATTGATAGACATTTCGGATGATGCCAATTTCTTTTTCTGGTTTTTGTTTTTTGTGT
GTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAGGTCTTGCTCTCGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGTGGGGTGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGG
GTTCAAGCAGTTCTCCTGCCTCAACCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGAGTGTGCCACCACACCTGGCTAATGTTTGTATTGTTAGTAGATACAGGGTT
TCACCCTGTTAGCCAGGATGGTGGATGGGCATTTGAATGGGTAGACTGAGTGATCCTGACCTCGTGATCCACTCCCCAGTCTCCCAAAGTACTGGGATTA
CAGGCGTGAGCCACGGCACCAGGCCCTCTTTTTCTATTTAAACAGTGCTTCCGTGAATGTCCTTGTGTACACCTCCTTCTGTACACAATGATGTTTATCT
GATGCACATTGCCAATCAGTGCACTTGCTGGATTGAAGAATGTGAGTGTTTGTATCACTCTTTCAGTAGGCTGTACCAATTTAGACTTGCTCTACCAATT
TAGATTTCCATCAGCAGTAAACAAAGACATTCCTGCCTGGCAGTCTTGAACTCCTGCTATTATCTCTTAAATTTTTGCCAGTGTGTGAAAAGTAGTATCT
TACTTTAACTTGTATTTTCCTGGTCCAATAGTGCACTAAATGCCCGAGTTCTGTATTTATTCTATTTGGATAGCCATTAGATAGCCATTAAGTCCACTCA
TAGAGTTATTTTAAATGTTTTCCTTTAGTTTCCAACCACATTTTCAAATAAAATTTAGAATTAGCTTGTCAA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 2
6 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUCA    1
GUUG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
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A x U bulge: 0
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U x U bulge: 0
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