Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CTTTACGTCGGCGCGTAACGAGGGGGTGCGTGTGAGGTCATCGCGCGGGCGGGCGGGCGGGGTCTGGCGGTTTGAACGAGACGAAGACGGAACCGGAGCC
GGTTGCGGGCAGTGGACGCGGTTCTGCCGAGAGCCGAAGATGGCAGTGAACGTATACTCAACGTCAGTGACCAGTGATAACCTAAGTCGACATGACATGC
TGGCCTGGATCAATGAGTCTCTGCAGTTGAATCTGACAAAGATCGAACAGTTGTGCTCAGGGGCTGCGTATTGTCAGTTTATGGACATGCTGTTCCCTGG
CTCCATTGCCTTGAAGAAAGTGAAATTCCAAGCTAAGCTAGAACACGAGTACATCCAGAACTTCAAAATACTACAAGCAGGTTTTAAGAGAATGGGTGTT
GACAAAATAATTCCTGTGGACAAATTAGTAAAAGGAAAGTTTCAGGACAATTTTGAATTCGTTCAGTGGTTCAAGAAGTTTTTCGATGCAAACTATGATG
GAAAAGACTATGACCCTGTGGCTGCCAGACAAGGTCAAGAAACTGCAGTGGCTCCTTCCCTTGTTGCTCCAGCTCTGAATAAACCGAAGAAACCTCTCAC
TTCTAGCAGTGCAGCTCCCCAGAGGCCCATCTCAACACAGAGAACCGCTGCGGCTCCTAAGGCTGGCCCTGGTGTGGTGCGAAAGAACCCTGGTGTGGGC
AACGGAGACGACGAGGCAGCTGAGTTGATGCAGCAGGTCAACGTATTGAAACTTACTGTTGAAGACTTGGAGAAAGAGAGGGATTTCTACTTCGGAAAGC
TACGGAACATTGAATTGATTTGCCAGGAGAACGAGGGGGAAAACGACCCTGTATTGCAGAGGATTGTAGACATTCTGTATGCCACAGATGAAGGCTTTGT
GATACCTGATGAAGGGGGCCCACAGGAGGAGCAAGAAGAGTATTAACAGCCTGGACCAGCAGAGCAACATCGGAATTCTTCACTCCAAATCATGTGCTTA
ACTGTAAAATACTCCCTTTTGTTATCCTTAGAGGACTCACTGGTTTCTTTTCATAAGCAAAAAGTACCTCTTCTTAAAGTGCACTTTGCAGACGTTTCAC
TCCTTTTCCAATAAGTTTGAGTTAGGAGCTTTTACCTTGTAGCAGAGCAGTATTAACACCTAGTTGGTTCACCTGGAAAACAGAGAGGCTGACCGTGGGG
CTCACCATGCGGATGCGGGTCACACTGAATGCTGGAGAGATGTTATGTAATATGCTGAGGTGGCGACCTCAGTGGAGAAATGTAAAGACTGAATTGAATT
TTAAGCTAATGTGAAATCAGAGAATGTTGTAATAAGTAAATGCCTTAAGAGTATTTAAAATATGCTTCCACATTTCAAAATATAAAATGTAACATGACAA
GAGATTTTGCGTTTGACATTGTGTCTGGGAAGGAAGGGCCAGACCTTGGAACCTTTGGAACCTGCTGTCAACAGGTCTTACAGGGCTGCTTGAACCCTCA
TAGGCCTAGGCTTTGGTCTAAAAGGAACATTTAAAAAGTTGCCCTGTAAAGTTATTTGGTGTCATTGACCAATTGCATCCCAGCTAAAAAGCAAGAGGCA
TCGTTGCCTGGATAATAGAGGATGTGTTTCAGCCCTGAGATGTTACAGTTGAAGAGCTTGGTTTTCATTGAGCATTTCTCTATTTTTCCAGTTATCCCCG
AAATTTCTATGTATTATATTTTTTGGGGAAGTGAGGTGTGCCCAGTTTTTTAATCTAACAACTACTTTTGGGGACTTGCCCACATCTCTGGGATTTGAAT
GGGGATTGTATCCCATTTTACTGTCTTTTAGGTTTACATTTACCACGTTTCTCTTCTCTGCTCCCCTTGCCCACTGGGGACTCCTCTTTGGCTCCTTGAA
GTTTGCTGCTTAGAGTTGGAAGTGCAGCAGGCAGGTGATCATGCTGCAAGTTCTTTCTGGACCTCTGGCAAAGGGAGTGGTCAGTGAAGGCCATCGTTAC
CTTGGGATCTGCCAGGCTGGGGTGTTTTCGGTATCTGCTGTTCACAGCTCTCCACTGTAATCCGAATACTTTGCCAGTGCACTAATCTCTTTGGAGATAA
AATTCATTAGTGTGTTACTAAATGTTAATTTTCTTTTGCGGAAAATACAGTACCGTGTCTGAATTAATTATTAATATTTAAAATACTTCATTCCTTAACT
CTCCCTCATTTGCTTTGCCCACAGCCTATTCAGTTCCTTTGTTTGGCAGGATTCTGCAAAATGTGTCTCACCCACTACTGAGATTGTTCAGCCCCTGATG
TATTTGTATTGATTTGTTTCTGGTGGTAGCTTGTCCTGAAATGTGTGTAGAAAGCAAGTATTTTATGATAAAAATGTTGTGTAGTGCATGCTCTGTGTGG
AATTCAGAGGAAAACCCAGATTCAGTGATTAACAATGCCAAAAAATGCAAGTAACTAGCCATTGTTCAAATGACAGTGGTGCTATTTCTCTTTTGTGGCC
TTTTAGACTTTTGTTGCCCTAAAATTCCATTTTATTGGGAACCCATTTTCCACCTGGTCTTTCTTGACAGGGTTTTTTTCTACTTTAAACAGTTTCTAAA
TAAAATTCTGTATTTCAAGAGTA

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 6
5 nts: 3
6 nts: 4
7 nts: 2
8 nts: 3

Tetra-loop variants:

GGCG    1
UUCA    1
UUUG    1
AAAA    1
GAGC    1
GCCG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 4
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 2
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0