Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

ACCGGCAGCGAGGCGCCGCTCCCGCCGCCTCAGCCCGGCCTTCCTCGGCTCCGGCGCTCCGGTCGCGGGGCCCGGGTTCCTCGGCACACCCCGCTCCAGC
CGCCCCCAGAGCCTGTCCCCAGCCCTTCGGAAGCCCCGGCGCCAGCCCGGGCCCTCGGCAGGGAGGATGACGGAGCTGCAGTCGGCACTGCTACTGCGAA
GACAGCTGGCAGAACTCAACAAAAATCCAGTGGAAGGCTTTTCTGCAGGTTTAATAGATGACAATGATCTCTACCGATGGGAAGTCCTTATTATTGGCCC
TCCAGATACACTTTATGAAGGTGGTGTTTTTAAGGCTCATCTTACTTTCCCAAAAGATTATCCCCTCCGACCTCCTAAAATGAAATTCATTACAGAAATC
TGGCACCCAAATGTTGATAAAAATGGTGATGTGTGCATTTCTATTCTTCATGAGCCTGGGGAAGATAAGTATGGTTATGAAAAGCCAGAGGAACGCTGGC
TCCCTATCCACACTGTGGAAACCATCATGATTAGTGTCATTTCTATGCTGGCAGACCCTAATGGAGACTCACCTGCTAATGTTGATGCTGCGAAAGAATG
GAGGGAAGATAGAAATGGAGAATTTAAAAGAAAAGTTGCCCGCTGTGTAAGAAAAAGCCAAGAGACTGCTTTTGAGTGACATTTATTTAGCAGCTAGTAA
CTTCACTTATTTCAGGGTCTCCAATTGAGAAACATGGCACTGTTTTTCCTGCACTCTACCCACCTATTGCTGGACTTCTGTTGTACAAGTTGGCAAACAC
TGGCTGGAACTGGGCTGCAATAAAACATGCCAGTTATCAATGCTGACAAGAGCCTAACAAGTGCCAACTTACAGATGATTACGCATTTTGAATTCTAATG
AACTGTTTTAACCTTCAGGAAGAATTGTAAAGACCTGTACATAGCACAACATGATCCGGATAATATATATACTGTTCATGTACATCCACAAATACACCTT
GTACCAAATAATGCTTTCTTGTAGTAGAATAAGAATCGTGTAAATTCTAAGAGATTTTAGCAGGTTTTCTTTCCTATTCATTGTTTCTTATCAGTTTAAA
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TTAATGAGCAATTACTTGATTTTTAATGATGACTTCGAAGGAGTCATCACTAGGTGCTTTGTCCTTTTTGTATTCTAGTTGCACCCACCTCTTGGATTGG
ATATAGCAATAACATTTATTGGCCGTTGTGAGCTCTTGATCCCAGTCATTACCCCTGAGAACTAAAAATAGATGGTTCTTAATTCAACTTACTGAAAATT
TCCCCAAACAATAGCAAATCTGACTTTTCCCTCTTCAGTTGCCTGGTATTAAGGTTGGATAAATGAAGCATGCACAGCTACAGGCTTTCTACTTAACTTC
TGGGTTTGCTATTACAAATCCTATTTACTCTCATACCCTTCTCCTTAGTCCTTCATATTTCTCTGCCTCTATTCTTCTATACTGCAGATTTTTCTCACCT
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AATTGTCAAGTTGTTGGCTTTTATTGTATTGAATGAAGGCTATAATACTGAGTGCCAGAGAAGTGGTTTAGGAAAATCTCAGGTTGATTCCTTATGCAAA
TGAACTTTTAATACTTGAAAATCACATGGCCATGGCAGTATATGTATTTGGTTCTATCTAGATTCTTCTGTGAATCTAAAAGCATTACAGGGGTAAATGC
TTTGCTATTTGACGTATAGATCCCGTCACTAACAATAGTACACTTGGATGTGATTAATGTTTGAGCTTCAATATATTTCATATCATACAGTTTTCTAAAA
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CTTATAAGGGATAGAACTTGAGACAGTAGCAGATGGGACATGGTGTTTGATTGTGAGAATCAGTGAGAATTCGTGCATCTCTGCTCTGTGGGGTTTGGAG
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TGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCAACGATCATAGCTAACTGCAGCTTTGACCTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTA
GGACTACAGGTGTATGCCACCATGCCTGGCTAATACAAAAAAATTCTTTTAAGAGATGGGATCCCTCCCTTTTAAAATCAGAACTTGTTCACATGGTGGT
TGCTTGTGGCAAAACGGAGTTCAAATTTTGCTCTCCTATTGCTATAATTCTGCTAGCAATCTGTTGAGGTGAAACTTGGGATCTGACTCTTCAGCAAGCA
GCAAATGACCTAGTAACTCAGGGACAACTATTTTTGAACTTTAAGTGCCACTTTAATGCAGTTAGTTTGATAAAACCATGTGGGTTTTTTTTTTAGGGCT
AGCTCTACGGGAGTGGAAGTGAGAGCCAGGCATGAGTGCGTCTCCACATGCTTTTCCACCTGCCCTGAGTGTGTTACATACTGAAACAGGCCTACATAGA
TGTTACAACTTCCCTTCCTCTGTCGGAGATGTCATCTGTGCCTTTCTCAGTGTTCATCTGATAATGTAAATTTAAATGCCTCTACATTTGATACGAAACC
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AACTTGTGCCAACCATCAACAACATCTCCATAGATCTTATGGATTGTAGAACTGTTGGCTGTTTCCTAAATTTATTCCAAGTTCTCGTAGAGGCATATAG
ATTTCAGTCTGTGCTTGTATGGGATAGATGATCTGAGTGGCTTTCTGGCCTCTTTTTTGAGTTTAAAATCCATATGAGGTTGACGTGTCATACTAAGGTA
ACATGTTTGTGAGGTTATTCCACTAGTACTGTGATCACGTGGGTGTCAGTATCTTTAACGGCCTTCATTCTTGGTTGTGAGATTTTATTTGATATGCCCA
CTCACCCTCGACGAATCTGCCCGCTTTGGGCTGTGGTGCCTGTGTATCTTTGCCCGTCTGGTCTCCAGTTGGTGGAATTACCTTTTTTGTACTGCCACTT
CTCAGCATCTTTGAAATTTGACATAATGTTGCTTCATTTCAGTTTTTTTAGTTCTGTAATTTGTTGATTGTATTTAACTATGTGAGTTCTGTTGTGATGT
TTACTGTATTGTAAAGCACCTCATTCATGTGATGAGTGCTCTATAAATCAATAAATGATGACTTAGAGGCTGTA

Loop counts:

3 nts: 1
6 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
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U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0