Annotated gene sequence

GCAGGCGCAGGAGCCGCGCTCTGGGCCTCTGCTCAGGCTCTGCCGCGGACGACCTCGAGGCCCTTAGTTGACTGGGACCGGAAGTGGCGTGTGCTCGGCC
TTTCTGTGTTCCTGGCCCGCGGCCGTCGGGTGTGAGCTGCGCCGACCGCTCTGAGGGTTCGTGGCCCACCGCTCCTTCGCGGTCCCTGCCGCCACCGTCC
ACGCTCAGCGTTGTAGAGAAGATGGTGGGTCGGAACAGCGCCATCGCCGCCGGTGTATGCGGGGCCCTTTTCATTGGGTACTGCATCTACTTCGACCGCA
AAAGACGAAGTGACCCCAACTTCAAGAACAGGCTTCGAGAACGAAGAAAGAAACAGAAGCTTGCCAAGGAGAGAGCTGGGCTTTCCAAGTTACCTGACCT
TAAAGATGCTGAAGCTGTTCAGAAGTTCTTCCTTGAAGAAATACAGCTTGGTGAAGAGTTACTAGCTCAAGGTGAATATGAGAAGGGCGTAGACCATCTG
ACAAATGCAATTGCTGTGTGTGGACAGCCACAGCAGTTACTGCAGGTCTTACAGCAAACTCTTCCACCACCAGTGTTCCAGATGCTTCTGACTAAGCTCC
CAACAATTAGTCAGAGAATTGTAAGTGCTCAGAGCTTGGCTGAAGATGATGTGGAATGAGAAACAAATGTCAACATAATAAAATCTCAGTTAAAAATATT
TTAAAAATTCTTGGTAGTTGAGCAGCTCTGGGGGAATAAGGGCAAATATGCTTGTTATGAACTACACTGAAATCTACCAAAGTTAATGTTTACTTTGTGT
AGATCCATTTGTCTATTTTATTTATTTTTCCCAGTGAAAAGTGTATTTTGATAGAGAACTTTTCATTCTATAAATACACTATGAGTTACTAAAATATCAT
GGATTTTGTTTATTCCTGAAACATAGTTACATAGTTAAACTGTACATATGACATGGCTTATGTTAAAAATACCCAGTGCTCAGTTTTGAAAGATAGGCAA
AAAAAAAAAAGTATAGGAGAAACTGAAGAATGTACACTTTTTTAGAGGGCACATTTTGCTGTAAATCTGGAAATTTGATAGACTTGACTGTGTTTGTGAA
AACTGAGCATTAAAGGTTTTGATTGATCCTTTCTTTCCATTTAATCTCTGAGACGTAAATATGTGAGGTGTGCTGCTGTGCTGGGTTAACAGCTTCCTTC
CCTTTCTGTGTAGCAGTCTTGAAATGTTCTGTTTAAATCAGTAGGCTTAATGTGTTCTGGGTATTTATCTCCTTGTATTTTAAATATATGTAGTTGCAAA
TAGCACCAGGAATTAGATTTCTGTACACCCCTAATCTAGCCTTGTGAGCTTCGCTAGTTAATGTGTGCTCACTTTCCCTCCATTTGTTACGTGAGAGAAT
GCGTCTGCTGATCACTGAAGTGTCCCTTTTAGCTTCTGATTCATTGGGTTCTGTTGGGCATCTTTAAATCCACCTTAACCTGAGGAATGTATGTGGGCAA
CCAGGCCCTGCATTTTTTTATATTCTGAATTTTGCATGCTTGCCTGACTTAGTATTTCTGAATTGATGTTTTTTTTAATGGTATAACTATCTTGATTTTC
ACTGAAATTATATGGTTCTGTCACTACTCTGTAAATTAATCCGAAACTTTTAAGGTAACTGGGATGATCTGCTTGTAAAAATGCTTGTTGCCTTTTGCTT
TATCTTCAGTGTACCTCCTTAATCCTGCTTCAACTTGATTATCTTGTGAAACGATGAGAGTAAGTTGCAACCTTGTGACTGAAAACTTGAAAAGAGTGGA
GCAGGTGGGACCTCTTATTCTCAAATAGTGACATATTCTCCGTAGTCACAGTTTCAGAACTGAGTAAGGATCCTTGGTACTTGGTGGCATCTGTTGAACT
GAGGAGCATTTCTCATTGTAAAGATTGCCTTTGTTCTGTCTAAAAGTCTGGAGAAATCCCAAAGACTTTTCCTATGTACTAGGCATTTTATTTTGATTGA
CTTACAAACTCTTCTTAATCATTATCAATCTCGGTTTTTTTGTGGTGCAGTGGAAGGAGAAATAGGTCTAGTTTCTGCCTCTGATTAGCCGCACAGCCTT
GAACAAATCACATTTCATCTTTGAACTTACCTCTACTGTTAGACTAGGCGACTCACATTTGAGGACTTTTCTCGGGTATCTTGAGGGTTTGTGATCCTGA
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GGTATCTTCATTTTACAGTTCATTAACCCAAGTACGTTTTCTTATTTAAATGACAACTTTGGTGCTTTAAAATGAGGTACCACTTTTTAAAGCTAGCTGT
GTCGAGTTAAAGAAAAAATCAGCAGTTTTTTCTCCCAGAAATGTAATTGCCAAACACTATTCATCCCCATCTTAAGTTTTACAAGGTGATGTAATCAGCT
TGTTGTAGTGATGCTGGCCAAATGGTGCTCAGCAGGTGAGAACAAAAAAACCCCAGATCTCAGTGAACTAATACACAGCTTGAGCGTTTCCATGTGCTAA
TGTTGCACACTTACTAAAAAACTTTGGAAATGGAAAATAATGTATTAGTGCAACAGTTGATGTGCTTCTTTGGGCAAAGATATAGTTTTGTTCCACAATT
TGTACTTAAAAGCGAAAGAACATTGAAAACATAGACTTACTGGCTGTAGCAATGCTGGCCTGTTAACTGATAACTAGAACTTAGGTTCACGTTTATGTAA
AGTGTGTAAAACCTAGTAGAGCTTGCATAGTCGGCACTCAGTAAATGTTTGGTTCCTTTTGCCCCTTGGTAAGTTTATTTTACCATCCTCCCACCTGCCA
TTCTGACTTTATTAAATCAACATGTGGACCAGAGTGTTAATGAGATGTTATTGCAGAAGAGATTGAGAAAATTGGTATATCATGCAGATAACATACAAAA
TCTTTTTGTAACGTAAAAAATGCAGTTTTATTATTGCTTGTGCCTCAACTGTTTAAGTGAATATTAAAGGGCTTGGAGAAAACTTTG

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 5
5 nts: 1
6 nts: 1
8 nts: 4
9 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

CACU    1
ACCU    1
GCAU    1
GAAA    1
UUAG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 2
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0