Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence 
CCAGTGCCTGCCGCCCACGGCCGCAGGAGTCGGGCTTCGGTCGCACCAGAGACAGCGGACTTTCCTCCGATGGTTGCAGCAGAGGGATCATGACGGGGAA
AAAGTCCTCCCGGGAGAAACGGCGCAAACGTAGCAGTCAGGAGGCGGCCGCAGCGCTCGCGGCCCCGGACATCGTACCCGCGTTGGCCAGCGGCAGCAGT
GGAAGCACTAGCGGCTGCGGGAGCGCCGGGGGCTGCGGGAGCGTCAGCTGCTGTGGGAACGCCAATTTTAGTGGAAGTGTCACCGGCGGTGGGAGCGGCG
GCAGCTGTTGGGGCGGGAGCAGCGTGGAGCGCAGCGAGCGCCGGAAGCGGAGGAGTACCGACTCTTCCAGCGTCTCGGGCTCCTTGCAGCAGGAAACTAA
ATATATTTTGCCAACTTTGGAAAAAGAATTATTCTTGGCAGAGCACAGTGACCTTGAAGAAGGTGGACTGGACCTGACTGTGTCATTGAAACCAGTTAGT
TTCTATATATCAGACAAAAAAGAAATGCTTCAGCAGTGCTTCTGTATTATAGGAGAGAAAAAGTTACAGAAGATGCTTCCTGATGTGTTAAAGAACTGTT
CAATAGAAGAAATTAAAAAACTATGCCAGGAACAGTTAGAGCTCCTGTCTGAAAAAAAAATTTTGAAGATTCTTGAGGGTGACAATGGAATGGACTCTGA
TATGGAAGAGGAAGCAGATGATGGTTCTAAGATGGGATCTGATTTAGTCAGTCAGCAAGACATCTGTATAGATTCTGCTTCATCCGTGAGAGAGAATAAG
CAACCTGAAGGTTTGGAATTAAAACAAGGAAAAGGGGAAGATAGTGATGTACTCAGTATAAATGCAGATGCTTATGACAGCGACATAGAAGGCCCATGCA
ACGAAGAAGCAGCTGCTCCCGAGGCACCAGAAAATACAGTCCAAAGTGAAGCTGGTCAGATAGATGACCTGGAGAAAGACATTGAGAAAAGTGTGAATGA
GATTCTAGGACTGGCAGAGTCTAGCCCAAACGAACCCAAAGCAGCCACCCTGGCTGTTCCTCCACCAGAAGATGTTCAACCTTCTGCACAGCAACTGGAG
CTGCTAGAACTTGAGATGAGGGCAAGAGCGATTAAAGCCCTAATGAAAGCTGGTGATATAAAAAAGCCAGCCTAGGTATTTAACTTGATTTTGAATTTTA
GGTATGTTTGAACAAAGCCACATCATTTAATTTTGTATCTAAAATTTATTTGGGGTCTTATATGTTATTTCTCATGTAACCCTTATTAGGACTCATTTTA
GCCCTAAATTACCTGTGGCTGTTTCTTTTTATTTTTTTGACTACTTTTATATTATAAATGTGTGTTACTGTCTTATGAATTCATGGCAATATAGTTGGAT
AGCCTGGATACTTTGTTAGATGAGTATTTAGCTGTGTCTGCAAATCTTAAAAGCCATTAGCAAAGAGTCGTGGTATTTTTTTCTTTATTTTTAAATGTTT
GGGCACCAAACCTAAAAGCAAAAGATTGACGAAGCATGTTTCTCTTAAGGCTACTTGTATTTTACAATACAATATTAAATTATTTAATTTGAGAAATTTA
GTTTTGCTTATATGCACTTTTTAAATATATACTATTTTGAAGATTCCTTATGTAAATGCAAATTTCCTAGTTAAAACCGAATAACAGAGATCTGAAATGA
CTGAGAAAAACTTTTTTATTAAAGGAAGGAATTAATTTAAGGCAATTTTTAACTATGTAGAACTAATTGCCCATGTTTAATTATAGCAGACACGCCATTC
TAACAGGTATTTGATACCATTGGATGCATTATTCTAGGTTTTTTCTTTAATAAAAATGGAACAAGTTTTCATTTACATTCCAAGCTGTCAGGAAATGAAG
AATATTTTATTATCTAGGATTTTATCTGATGTAGTTGCTTAAAGATCTGATGTGCTATAATTCCATGAATCAGAAATAATAAAATGCTATCATTCTGGAT
CTGAAGACTTTTGATACTTTTTCAAAAGCAAAATTAATTTCAGGAACCTTTGATAAGTTGTTGTTATAATTAATCTAATTTTGTATAGTTTTTGTAAATA
AATTACCATCCTTCCACAATTAGGGATGCTTTTATCCCCCCATCACTAATTGCAGTTGTTTGATACCAAAATAAATTTACGTAGAGATCCTTAACTTAAA
ATAAATTAATTTTTTCAAAAAACATAAATCTGGAACTGTTGTTTCTATATTTGATAACAAATACAGTATATTTTATTTATAAGCCATGGTCTACTGATAC
TGTATGAGGACTTTCCTTATATATAAAAGTTGCAGGGATTGTGTTTTATTAGCTGCTTTAATTATGTTAATTTTAGAGAGTTTTTAAATGGAAATAGAGG
ACATTTATGAAACGCTGGAATTGCAGTTACAAATTCTTTTTGTTGTTGTTGTTCCTGAACATGCCTTGGAATAATTCTACCATTTTTTCCCCCTCCATAA
ATCTTTCTAATAAAGCATAGAAAAAGCCTATATGATTTTAAATGCTTCTCTTAAGCTGGTAAACAGATTTGAGTTATGAGTTCATTGTTATTGCTTCAAG
ATGAAAAGACAGTGATATAATTTTTCTATTTCAACTTAAAAGTAATAGTTAATATGCTAAAGTAGTACAGAATAAACTTTATTGCTGCTTACTAACTACA
AAATACTGTAGATGGCATCTGTATGATTAAACATATAAAGTAAAACAGGTCTGAGGGCTTTGTAGATGATTAAAGTCTCCACCTTCATGAA

Loop counts:

5 nts: 1
7 nts: 1
9 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0