Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AACCCAGCGGTTCTGCGCATGCGCGGGGGCCATATTAGCAGCGGTTATTCGGTGAGCGGTGGTGGTTTATTCTTCCGTGGAGTTAAGGGCTCCGTGGACA
TCTCAGGTCTTCAGGGTCTTCCATCTGGAACTATATAAAGTTCAGAAAACATGTCTCGAAGATATGACTCCAGGACCACTATATTTTCTCCAGAAGGTCG
CTTATACCAAGTTGAATATGCCATGGAAGCTATTGGACATGCAGGCACCTGTTTGGGAATTTTAGCAAATGATGGTGTTTTGCTTGCAGCAGAGAGACGC
AACATCCACAAGCTTCTTGATGAAGTCTTTTTTTCTGAAAAAATTTATAAACTCAATGAGGACATGGCTTGCAGTGTGGCAGGCATAACTTCTGATGCTA
ATGTTCTGACTAATGAACTAAGGCTCATTGCTCAAAGGTATTTATTACAGTATCAGGAGCCAATACCTTGTGAGCAGTTGGTTACAGCGCTGTGTGATAT
CAAACAAGCTTATACACAATTTGGAGGAAAACGTCCCTTTGGTGTTTCATTGCTGTACATTGGCTGGGATAAGCACTATGGCTTTCAGCTCTATCAGAGT
GACCCTAGTGGAAATTACGGGGGATGGAAGGCCACATGCATTGGAAATAATAGCGCTGCAGCTGTGTCAATGTTGAAACAAGACTATAAAGAAGGAGAAA
TGACCTTGAAGTCAGCACTTGCTTTAGCTATCAAAGTACTAAATAAGACCATGGATGTTAGTAAACTCTCTGCTGAAAAAGTGGAAATTGCAACACTAAC
AAGAGAGAATGGAAAGACAGTAATCAGAGTTCTCAAACAAAAAGAAGTGGAGCAGTTGATCAAAAAACATGAGGAAGAAGAAGCCAAAGCTGAGCGTGAG
AAGAAAGAAAAAGAACAGAAAGAAAAGGATAAATAGAATCAGAGATTTTATTACTCATTTGGGGCACCATTTCAGTGTAAAAGCAGTCCTACTCTTCCAC
ACTAGGAAGGCTTTACTTTTTTTAACTGGTGCAGTGGGAAAATAGGACATTACATACTGAATTGGGTCCTTGTCATTTCTGTCCAATTGAATACTTTATT
GTAACGATGATGGTTACCCTTCATGGACGTCTTAATCTTCCACACACATCCCCTTTTTTTGGAATAAAATTTGGAAAATGGAAATGAAGGAATAAATTCT
CTGTAGCAGTAATTGTTAAATATACAAAAACTGACAGGGCGATTACTTTTTGCACATTGTGGCTTACAGTCCTTTCACAAAGATGGGCACGTTCCTCAGG
CTGGCCAGATTATTCGTCTCTGTCTGCAGGAATTGGTTTGAGAATGAACACGTGAGCTGAACAAAGCCAGAATTGATGTGTGGGTGTGGATCTCGCAGCT
AGGACTGAGGCTGCCCACAGGCAGCAGCTCAAGCTGCGCGGAAGATGAGGTGTAGAAGTTAAGGCCACAGAGGAAAAGTGGAACCAAGAGATGAGAACAG
TTACGTGTTGGCTGAAGGGAGCTCTGTTGCTGGGGTTTGTTCAACCTGAGTTCCCTTGGCTATCTGTGGCTTCATGACAGAAGTGATACAGGGCAGTGGT
ACTTAATGCGTAGCCATGGTGCTTTAGCATCACCTATGCAGATTCTGATGTCCCATCCCAGATCTACTGAATTAAAATCTCTGAGGGTGAAACCCAGTAA
TCTGTTCTAACAAGCTCTGCATGTGATTCTTAGGAATGCTAAGTAAAACTTTAAGAAGTTTTTGTTGCATATTAGAATCACCTAGGAAGCTTTTGCAGCT
TGTAAGCATGCTGTATCGATTAACTCAAGCTCTGTGGTGGAACCCAGATATTAACATTGCTTAAACTCTTCAGGTGATTTCCATCAGCTAGGGTGAGTGC
ATTGAGCCATCATTTACCCTTCTCTCAGCTGTTGTCAACCAAATATGTGCTCCCAGTCTAATTTCTCATTGTAGATTTTCTTAATGCAGCTCCCTGCAGT
TTTCTGTATAGGCTAAAGTATTTACAAGCCCTATTTGCAGCACTTTTTTGAACTTCTAAATTATTCTCTTACTCTGTACAGCAGGTTCTCGTTATTTTTG
GTAGTTATGTTCTAAAGTCACCACAAAAACTAACAAAATACTGAACTCTTGCACCTAGAGAAAGTACTGGGTTAGGGTCCTACAAGCCACTGGTCACATT
TTTATCAACTGATCAGTACATAACCTGTTTTTTGTGTATTTCTACTTAAAGACACCTTTTTAAATGTGTATTGTGGATTCATTAACATAGAACTCAGCCA
ACAGCTCTTTACGTGAATGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGAGACTGGGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCATATTTCACT
GCAGGCTCAAACGGTCTTCCTGCCTTGACCTCCCAAAGTGTTGACATCACAGCCCTCTTATGCTTAGGAACAACACTAAACAGTGTTTTTTTCATAGAGA
CGGTGAGCAGGGAAGGTCTCACCATGTTTCCCATGCCGGTCTCAAGCTCCTGGACTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGACATCACA
GCCCTCTTGTGCTTAGGAACATTAAACAGCACTTCAGCACTATACCTGGGTGCCATTTGAAATAGTAAAATCACTAAGAAAAATGCAAAAATAAACGGCA
CAAGGTAGACTGCAGGAACACTTACACGGTGTGAGAGCTGAAACAAGAATTCAGAGTGTCGCCTTGCTCAACCTCAGATGGGAACATGTGCACCTGGGTA
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TTAACTCTGTCTGCAGAATTTACCCATAATCCAGCCACTTTCCACTGCAGGAACGCTGGTCCAATTCACCATTATCTCTGACTTGGACTATTGCAACAGC
CTCCTAACTGGTTCCTTGCCTCCACTTCATTCCCCACAGTCAATTCTCCAGCAGCAGCCACAGTGATCCTTTCAAAATGTAAACGGTACTACTGCACAGT
TTTGGCTCAAAACCCTCCAATGGCTTCCCATCTTGCTCAGTAAGAGTCAAATTCTTTGTACTGGTTCATGAGGTATCCTGTATTCTGGCCTTGTGCTACC
TTCCATGTGCTTCCTTCCTCACTCATTCATCCAAATGAGCCTTCTCATCATTCCCTGAATGTGCCAAGCTCCCCTCACATCACTTGCCAATCCCTCTGCC
TTGGGAATGCTCTTCCTGGGTATCTATTGCCCACTCCCTCATCTCCAGGTCTCTGCTTGCATGTCACCTTTTTTGGGGTACTTCTGTGAAGGAGCAATCT
CTTTCCCCTGCACACTCACATTTTCTATTCCCTATACATACCCTGTTGAGTTTTTCTCCATAGCACTCATCACCAGCTGGCATATTTGTTTCTTGTCTCT
CCCCACTGGAATACAGACTTCCAGAGCAGTACTTTGTTTTCATTCAATAGTCGTGTCTCGGTACCTAGAACAGAAACTGGCACGTGTTAGGCAACAAATA
AGTACTGATGAATGAATAAATACCCTGGATATGCTGGTGTGAAATCCTAAAAAATACCTGCTTTCCATCCAGATCAGTAGCACTGGTGGATTTTCTGTAT
CCTGACTACCCCTTCAACATTTGCCTAAAGCTAGGACAACTTCTTCAAAGGCAATAGTGAATAAGAGAGCCTGGTATAGTTTGCCGCCACATTAGGAAAG
TCTTCAGAATTTGACCCTAACAGCAGGCAAATTTCAACGTATTCATCTTTTTGTTGAAATAAATTCATACTGTGAGGAAAAGCAAAAGATAGGAGGTGAG
GCAAAAGCTACTCTTTAACTGTGAGTTTTTTTTCCTTGCGATGGGGTTTGGCTGCCTAGTCTAGATTCTCACGCTAGCCCCACTTTCGTCTGCTCTGTGG
CATATTTTTAACCTGAGTTGCAGGACAGGTGGTTTCCAGAGTGTTGCCTGATGCATCCCAAATGCTGCCTTAGCAATACACATCTGAACAGGGGCCCATC
ACTAATAGCAAGCATTTCATTAATCTGAGCAAAACTCATGGGTTTTCACAGGGACCCTACCAGCTCAGAAGCACGTTGATATAAATAAGTAGAAAACCAA
AGACAGCTAAGTTTTAAATCTTGAGTCAAAACTTTAAAATCAAAGTCAAATTGATTTCATTTTGGTGAGCTTTCAAATCATGCTTTTAAAAATAAATTAT
GTAAAAAAATC

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 2
6 nts: 2
7 nts: 1
8 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UCCA    1
CAAA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0