Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GGGAGGGGCTATGCGAAAGAAGGCGGGGAGAGTGGGGTGGGGCCGCTCCTTGGAACGGAAGCGCGCGGCCTCGAGGCCCTTCCGGTGCGGGAGAAACTAC
TACTCCCATAATGCCCCGCGGTCCCGCGAGCTGCCAGTCTCGTCGCGAGAAGCAGCGGCCCGGGGCGACTGAGCGGACAAACGGAAGTGTAGGTTACGGT
CTGAGACATCACCGCCAAGCTGGGCATCGGGGAGATGGCCGAGACTGACCCCAAGACCGTGCAGGACCTCACCTCGGTGGTGCAGACACTCCTGCAGCAG
ATGCAAGATAAATTTCAGACCATGTCTGACCAGATCATTGGGAGAATTGATGATATGAGTAGTCGCATTGATGATCTGGAAAAGAATATCGCGGACCTCA
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TTCCAAGCCAAGAGAAGATCGAATGGCTTTTTGCAGCTAACTACTATGTGTAGACAGGTTTTATATTATAAAGTATGCATTCTTATCACCTAGTATATAG
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GGCGGTTCTTGCATAACATTGTCAGATTTTTTAGTGTATTTCTGTGAAGTCATTTTTTTTCTTGTCATTCCTTTTGTAGTAGTTGCTGTTTGGATAAAAG
TTGATGTGTGATTTTTTATTAAACAAATAGTAAACCCTTCAATTATAGTTAGTCTTGGTGAAGTAAGATGTTTGTAGACTTTAGAGTTCTTTAATTCTTG
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TGCTCTGTTGCCAAAACTCAGAATAGAACTTAGACGTATGTCTGAGTCCCTGAGATCACATGCTAAAGTCGATGAAAAGTAACCACTGCCACTGTCTTGT
GTCAGAACTTTTACAGTACAGAAAATAACAGAATAGCCTTCTGTAATGAGGCGTTTGTTAGAGTTTTGCATGAGATTCTAATACTTCAGTAGGACCCTAC
CTACGTGGTTCATCTACAATGGTTACCATAAAAAATCTGGCAGGATTTTAAAACTCAATCAGTCTTTCCTTTGAGCTAGTGACTTGAAAAGAAAGAGAGA
AGGAAAAGAGACCATATTAAGTCCATGCCAGTTGCTTGGCTAGAATATGATCAACGACTTGTAGTAGACTCAAGTTTTTAAAAAACACTATTTTACTTAA
ACTGTTTCTTATCTAAATTCTTGCAGAGTGTCAATGTTATCATTGATTATAGAAGACAGGGATAATACCTTTATCTCTGGCCACTCAAAAATGCAGTGCC
AGGAGTGCTAAACCTAGAGGCCAATACTGATGACCTGGAAGGTGATCCATATGATTGTCACCACAAAGTGCTTTTACACAAAAACTTGAAAATTTGAAAA
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GCTGGAGCCCCCGAATGCCCCACACACACTGCAGCATTGACCAGACCATCCGAAACCTGCGTCCCTGGTGATGTTCTCAAGCCTCGGAAGTGGCAAATGG
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TGAGGAGCGGGAGGAGGGCTTGCCAAGACTGGCATTGCAGGAGACTTGTCTCAGGTGTGTTCCCAGAACTCTTGCCCCTGGAGATGCTGCAGGAAGGAAG
GGGTTATGGTCACTTGGGTTTAGACGACATTCTGTGAACCTCATGAAGAAATTAGCATATTAAAGACTCTGAAAGTAGAGCAGAGAACTCAGCTTTAACC
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ATTTCAATCTTATTTTCATATCAATTTTTTCTTTGTTTCACTACAAGTACAGTCATTGTTTAACCCTATCAGGACTAACACAATATTTCACGTAACTAAG
AGTTAATTTGCCCTTGTGAGTCCTTGGAATTTAAGCCCCACACACACACACTTAGAGCACTGTTGCTATGGGAACATAGAGTCCTCCAAACAAAAGTGAA
CTTTTTCAACATGCTGTTTGTAAATGGAAGCCTTCCCAAGCAGACACTGTGTTCCTCTTTTATTTTGTATTTTGCACATTATATATTTTGATTAGATTAA
AATGGAGGAATTTGCAGGATGTGTTGTCATATCTAGCCCTGAAAGTTAACTGGTTACAGTTACCAAATGTTCACAGCTAGCGCCATTGAAAGCATTGACT
GTAAACCGCTGTACTGTGCTAAGCCTTTTGTTTGCACTGTTTGGCTTAATCCTCACAACAACACTGAGAGGTTTTCATTTGATGAGTCATATTTAAAGAA
AAGGAACCCAAGACGGGGAGTCAGGGGCACAAGGTCACAGCTGGTAATGATGACCCTGGAATGTCCTCACAGCTGCACACCTGCACCGCTCACAAACACA
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CCTCTTCGTGTGAGCTGAGCTCCGAATCTCAGCTGTCCAGGCTGTCTGGAAATCATCAGCCCCACTGGCTGGATCTCAAAATTTACTTTCAAAAGGCTGA
TGGAGTGTTTTCAATTAAACATGACCTAAAATTAAGTAATAAACACACTGGATGTGAGTTTTTATTTGGAATTTAAACTATTCAGAGCTGGTAGAAAATG
TGTGCTCCTGGATCAGTGCCTTTTTTCTCCTAAATCAGTTGAGAACAACAACAGAAACAAATGACATTCCTCAAACATTTGCCCAGAGCACAACCACGGG
GAATATGAACCACAGGTTTTCACATTGGTTTTCCATGCCTATACCTGTCCTGTCTCCCACAAAAATTATTGCTTGAGGCCCAACCCGGGGGATAAAAAGA
CACCCCCCCGCCACTCCGTGACCTATTAGCTTACCATCCTATTGGATTTCACTGTTTTTTGTTTTGTGGTGTTTTTTTTTTATTGCAACGAAGACTTTTA
AATGGACTCATGAAGAAGCCATCACCTGGAATCTTAATCTTGCATTAATTTTAAGTGTCTGATTTTAGCTGCAGCCACTTGAGAACTTTTCAATGAATGA
AAATGAGGGAGGGGAGATGCAAGTCACTGCCCAAAAACAAAACCAGAGGAATTGTGATTGAACATTGCACTTATCAACCCTACAAATTAATATGGAAATA
GGAAAAGGGTTTGTTTCAACAAGTCAGGATGACAGTATTTTAAAAAAGAAAAAAAGGCCAGCCTGGGCAATATACTGAGACTCCATCTCTACAAAAAAGT
AGAAAAATTAGCCCAGAGTGTGGTGGCACACATCTGTGCTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCATTTGAGCCCAGGAAGTCGAGGTTGCA
GTGAGCTGTGATCGGACGACTCCACTCCAGCCGGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGATCCTAACGCTTGGTCCTCAC
ACCTGAGGCTCTCACTAAGAGGTGGCTGGAAGCTCCTCAGACCGCTGCCTAGGGTTCGAGTGATCCTGAAAGCTGTACAACATCAGCCTCTGTGGGATCC
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GTAGATGCTGCCCTGCCTCATAAGAACACTCTTGACTGTCCTGCTTCACAATAATAATCTTCGCAATAATGATCTAATAATGGTCAAATTCTGTGTCTCT
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TGGATTCAGGATCCAGCAGCTTAGAAGCGTTTAGCTACCAATAGCAAAAATCAGCCCTTTTAACAATGGTGGGATGTATTATTTCACATGGCAAGAAGTC
CCAAGGGAGGGCAGCTCTGGGGCGAGTAAATTCTGCACCTCAGTAAAACTAAGAGCAAGACCCGGCCGGGCGCAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCAC
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GCCAGGCGTGGTGGTGGGCGCTTGTAATCCCAGTTGCTCGGGAGGCTGAGGGAGGAGGATCGCTTGAACTCAGGAGGTGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGAT
CGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTAACAGAGCGAGACTCCATCTCAAAAAATAAAAAACAAAAAAATAAATAAAAAATAAAAAGACCCAACCCCAGATT
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CCTGTGCCTAAAATGATCCTGGCAAACAGGACCCGCATGATAGGTTGAGCCATGTGGTTCTTGTTTTTTTGTTGTCACAACTCAGGTTGGGGGTGTTACT
GGCATCAAGAGTGTAGAAACCAGGGATGCTGCGTCAACACCCTACCATGCACAGGACAACCCTCACCCCAAAGAGTGGCACAGCCCCAAGTGTCAACAGT
GCTGAGGTTGAGGAATCCCAGCTTAACCCATTCATGAGACCACCTGAGCCTGGTGTAACGGTTCTGCTGATAGTTTCCGGACCCTCAGAGGTGGAGACAT
AAGAGAACAATACCAGGGTTCCATCAGAAAGGAAATCAGAATGGCTATCGGGTGGACAACCTACAGTGTTTGCTACAGACCTTCTAGATGTAACTTCTAG
ATTATAAACACTGGTAACACTGGAGATGGTTAAATCGGAATTAGCTGACTGTCAACCTTGGTGGCACATTAGAATCACCTGGGGAGCAGTTCAAAGGCCC
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CCAACTTGGACAATCAGGGCTTTGACCCCCGTTACCTGGCATTCAATTCAATCCATGTGTCACGCATGCCCCAACAATTTGTGTCCCAACTGTTTGAATC
AAAGGATTTCTGATTCCCTGATGGGTGATGACTCAGTAACCGGATTCAGCTTCAGATCTGCCTGACATTTTTCCTGCCTGTCCTGGGCCAGGTATGGCGC
TAGCTGCTTTCACCTGTATCATCTCATTCACTGCTCAGAGGCTCTCGAAAGCTGTTGACATTATCAAAAAGTTTTCCAGCTGGAATTCATCTCCCTCTAA
TCAGCCTTCAAAACCTCCATTTGTAAACCATTGCTGTAGTTTTATTACCTCTTACCTTGGTCTTTACAAGTTGCTGTCAAAACCCAGTAAGTGTTTACAG
AAAGAAACTTTACATATTAAATATCTTAAAGGTCTTTTATGCAGAATATGCAGTTAATTTTGATGGGCTATGGATAATCATCAGAAGAGCCATTTCTGGA
AATGTAAATAATATGGCTGTTTCTTTTAACAGTGCATTCTCCTGAAAACATAAGACCATTTGACTGATTCTGCTCCAGAATCTTATTGAGGCAAAGGACT
GGACCGAATTATTCATGGAACAGAAGCCTAGGACTGGTAAGTCCAGGAAATGCTGCAAAACAATGCCCTCAAAAGAAATCAGCCTTTCCCTTTGATAGGT
ATCTCTCCTGCAAGCCAGGCTCAGGTGCGCCTCAATTAGAACCTGTGTTCGCTGGGGCCATAATTAAGAATCTTAAAGGGAAAGAATGTTTTGAAAGCCA
TCTGTCAAAAGTACGCAGTCTTGCTTGTAGAATTTTAGAGGTTCATGGTTACCGTGGGTCGGCACTGGGTCTGTGAGCCCTCATCCCCAGGGCTCGGTTT
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TCATTTTCTCAAACTTGGACAAGTCTTAACAATAATCTGTGACCCAACTTTGTCTTCCCCATGATGAAAAACAGACCCCATAGAAACTCTCTGGCACAAA
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ACTGTTTGAAATACCCATAAGTCAATGGAGGTCGTAATTTGCTTTTATGCTGTATTAAACACCACTGAGATGTTAAGGTCTTTCTTGGGAACCACCGTGA
TGTTCTCTTCTGGACTCTTCGTAACCCCTTCAGCAGACGACCCTGTATCTGGTCTTGGTTCTGAAAGGTTTGCAGCGGCACCTAAGTCACTGAAGTTCTG
GCAGAATTCATTCTCCTGCTCTCTACTGGGACTTGTTTTCCATAATTGGTCTGAGAACAACAGATTTTTTTCTTTTTTGCCTCGGATTTCAACAAAACAT
ACATGGAAAGAATATTTTCTTCCTTGGAGACATTTCCCATAGGGCAGTGGTTCTTAAAATACGTTCCTGAACCGGCAGCATCAGAATCCCCTGGGAACGT
GCTGGAAATGTAGATCCCCAGGCCCTACCTAGCCCTACTGAATCAGAGACCCTGGGAGGGAGGTCCAGCAGCCTGGGTTTTAACACATCCTCCAGGCGAT
TCTGAGAGTGAGAGAGCCAGGGCCTTCGGGCATCAACCTTGGGGCGAGGGTGTTGGGTTGCCCAACACCCTTTAGTCTAATGGCTTTAGGGTCAAATATG
TCTAAACCAAGAAGCCCCATGGGGCACTGATTAGCATGCAGGTCCCCAGGCCCCCTTTTTGTAGATCCTGATTCAGAATATCTGGGACGGGGGCTGGAGA
TTCATATTTTTAATAAATTCCCTCATTTATTATTTTTGTGTCTTATTTCCCATACACAAAAACACTGCGTAGAGAAATGGGAGTGTGGGCGATGCTCCCA
TGCTGGGAGTCTCAGGCCTGGGCTAGTCCTAAAATAATTGAAAAGGAATTGATTCTTAATTACCCAGAACGTCCACGCTCTAGGACCTAGTGTGACCTCT
TCTGCCTTCTGAACCGAGGAGTCCACCCCTAAGCCCGAGGAACTGAGCGTGAAGAGCCCTGACGCCATGAAGACTTGAATCACTTTAAAGCAATTTGCTT
CTTATTAAAATGTACTTCAGTAAAAAATCATTTCAACTCTTAAGCCACAAAAGGATATCCAATCATTTAAAGCTTCCTGAGTGTTTCGGTTGATTAAAAA
GCTTTTAAAGAGCATAGTAAATATTTTACCAGAAGGATAAGTTATTCAGTATGGAGATTATTTATTAAAAACTAGTAATTTATT

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 2
5 nts: 3
6 nts: 1
8 nts: 2
9 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUAU    1
GUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
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A x U bulge: 0
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