Annotated gene sequence

GCTTTCAGCCTCTGGTGAAGGGCGGCGCGCTTAGGCAGGCGGTGGCGCGGCTGGAGTGCCGCGGGGAGGGCTGTGCCGGTTGCTTTCTGCAGCCGCATCT
CGGCCAGCTCTCCTCGCCGTCCCCGGGGCGCTGTGCGTCTCCAGTCCGGGACCGAAGCCGCCTGCCGTAGCGGGCGGCCAGATCCGCGTCCCGCCTCAGC
GGCCGGAGGACATGCGGGAGAGAGAATGAGCCAGAGGGACACGCTGGTGCATCTGTTTGCCGGAGGATGTGGTGGTACAGTGGGAGCTATTCTGACATGT
CCACTGGAAGTTGTAAAAACACGACTGCAGTCATCTTCTGTGACGCTTTATATTTCTGAAGTTCAGCTGAACACCATGGCTGGAGCCAGTGTCAACCGAG
TAGTGTCTCCCGGACCTCTTCATTGCCTAAAGGTGATCTTGGAAAAAGAAGGGCCTCGTTCCTTGTTTAGAGGACTAGGCCCCAATTTAGTGGGGGTAGC
CCCTTCCAGAGCAATATACTTTGCTGCTTATTCAAACTGCAAGGAAAAGTTGAATGATGTATTTGATCCTGATTCTACCCAAGTACATATGATTTCAGCT
GCAATGGCAGGTTTTACTGCAATCACAGCAACCAACCCCATTTGGCTTATAAAGACTCGGTTACAGCTTGATGCAAGGAACCGCGGGGAAAGGCGAATGG
GTGCTTTTGAATGTGTTCGTAAAGTGTATCAGACAGATGGACTAAAAGGATTTTATAGGGGCATGTCTGCTTCATATGCTGGTATATCAGAGACTGTTAT
CCATTTTGTTATTTATGAAAGTATAAAACAAAAACTACTGGAATATAAGACTGCTTCTACAATGGAAAATGATGAAGAGTCTGTGAAAGAAGCATCAGAT
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AATACAGATCTTTTTTTCAGACTCTATCTTTGCTTGTTCAAGAAGAAGGTTATGGGTCTCTTTATCGTGGTCTGACAACTCATCTAGTGAGACAGATTCC
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ATTACAGTGGACCATGGGATACAGAAGCCAGCATGGCAGACAGAAGAAAAATAGTTTGGGAACATGTAACTATTCTAAGTGGAAGTTTTGTTGTAGGAAT
TATAGTAATCACACCACATTACTTGGCCTTTCGGTAATGTGAAAAAAAAAAAAAACCTCAGAGCCTCCAAGGAAATGCCTTTAGAAGCACTCCTCTCTCA
AAATTGCCATTTTCTCTACCATGTCCCCCAGACACAGTTGGGTTTTGTTGATTTATGGCAGTCTTCTAAACAAAGCCATCCTTAATTTTACATACTGTAT
TGTAACTATCCAAAGATAGTATTGGCAGTCATAAATTTATAACTTCTGGCCTTTGTTTAATTCCAGTAAAATAACAGCAATGACAATGAGATCGTCAGTA
TTATTTTCACATTTCCCTGAGAGGACCTGGCACAATATTTTAAATTTAATTATTTGGCAGTAGTCACTGTTTTTGACAACCAATGAAATAGCGTCTAAAT
ATCTTGTATATTTTTTAGCATCAAAATGTTTTGGTTTCCACTGCTGACAGGTGCTTGTTGTTTAGCCTAATGTGGATATTTAAATTGTTAACATACCAAA
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GTACATGAATGAATGCATTTATCTTTTTAGTGACTTACTAGTTACGAACTTGAATTATCACCTCTTTGTCATACTTAAGTATCATTTACATAAAGTGTAA
AAGATTTTTTCACTTTTGAATCTTTACCTACTTGCTTTCACATTAAGAATTTGAACTTTTGAGTTTTTTCCAGGTCTATATATAATAGATTACATTTATT
TTGTAAAGAAAATAGTAATTTAAAGTTTTGCCATTTTAAGGTGACAATATTTGGGACAGTATAAATATTATAGACAAGGGCCCCCTTGCTGTCTGCTTTA
GCAGGTAGTGACATTAATTGACTTATAGTTTTGTGTAAATGAACAAACTGCTTTTGACAAGAAATTTATTCTGTCCTAGTTTCCTGCGTGGTAAATCATA
GAAAGATTCAAGTTCATTTGGGTTAAATGTGCTAATAGGATGTAGCTTTTAAATTCTGCTATTGAGTCAGCTGTACCTTTTAATACTTTAAATGTGTTAT
TTGTATGGCCCTTATAAAGGTGTTTGCTGTAATTCTGTTAAAAGACTTCGCCTATGCCATACTGGTGTATAAAAACTGCCGCAATTGGACGCCGGTGTGG
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TCAGCATTTTTAGGTTGGTTTTAAATCACTAAAAATATTTATTCGGATTTGAAGGATTTAAGTGCTAAAAATCAATCCATTTCTTGCCCTTCAATAATTG
TCCATGCCTGCCTTTTGTTGTTTACATGCTCTTCTGCCCAGACTGTTAGTAATCTAGGGACCCCCTTTGGAGCTGATAAGTACAGTTCAGCCTTTTCTCC
TCAAATATATAATGACTTTAACATTCCTAAGAATATAGGTATTTCTGAATGATTTAAATTTGAGGAATTTTAATACATAAAATACAATGTACAAACTTTC
TGCCCACTCAGATCTCTTCTCCATCATGTACTTAGTATTTCCCATTAACCTACACACTGATTTTTATGCTACTCCTTGTAGAAACAAAATTCTGGTTTGA
CTCAGTTTTTGTGTTTATAAACTTTTGGAATGTGTACCCCGTTTATGTGAAGAATTATGACCTATCAGTCATAGCTAAATAGTGAACCTCAAAAGTGTTA
ACTTTTGACTATTCATGTGAGGTTTGGTATCTTGCATTTATGTACATGGCTGTAAATTATGTGCATTTACTCTGTATTTATGTTATCTAGCTGACTTTTA
CTTGAATTGTTCAAATTTTAAAAATTAAAATACGCTCA

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 11
5 nts: 5
6 nts: 6
7 nts: 2
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

CAAA    2
CAAU    1
UCAC    1
AAAA    1
AUCU    1
UUAC    1
GUUA    1
UUUC    1
ACUU    1
UUUA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0