Annotated gene sequence

TTTCGTGGACGCCGGGTGAGTGAGAGAGTTGGTTGGTGTTGGGCCGGAGGAAAGCGGGAAGACTCATCGGAGCGTGTGGATTTGAGCCGCCGCATTTTTT
AACCCTAGATCTCGAAATGCATCGTGATTCCTGTCCATTGGACTGTAAGGTTTATGTAGGCAATCTTGGAAACAATGGCAACAAGACGGAATTGGAACGG
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CTTTAACTTGAAAGCCTGTTTTTCCTTGCAAACTCAAATCTGTGAGCTTGGTACCAAGTCCAGGTATAACATTCCTATTGGAAGCCATACTTATATTTTC
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CAGTTCATTGTGGGTTGCTTCTGACCTCCATGTCTTAAGCAGAAAGTAGGGAAGTTGTAGTTTTACCAAGCACAGGTACCCTGTGTCTACCATTTGAGTA
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TTGAATTTGATTTTATGTCCACTCTAATTTTTTTCATCCTGTTTTATTAGGGGGATTCATCGGGTACCTGAAGATAATTCAGCTGTAGACCCCTTAAGGT
TCTGAGACAAGGTCATTGAAATTTGTTTTGGCTGGGTGTGATGGCTCATGCCTGTAATCCCGGTGCATTGGGAGGTTGAGGCAGGTGGATCACTTGTGGT
CAGGAGTTGGAGACCAGCTTGGTCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAACAGTACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGCAGGCGCCTATAATGCCAGCC
ACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAGTGCTTAAACCTGGTGGGTGGAGGTTGCCATGAGCCGAGATGTAGCCACTTCACTCCAGCCTGAGTGAAAGCAAAA
CTTCGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAGTTTGTTTTGGTAAGCCTAGTATAATTGATTAGTTTTGTCCATGCAACTTTCCCCTTGTTGGACTCTGTACTTAA
TAATACAGTATTTAGATTCTCA

Loop counts:

3 nts: 4
4 nts: 3
5 nts: 1
6 nts: 4
7 nts: 2
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

GUAC    1
UAUU    1
CUAA    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0