Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

TAAGGAGACTGAAAGGTGATTCATTTAGTGAGTAGCGATTACAGAATTTCTAAAACAGTGGGGGCGGGGGGGGCGGCGGGGAGGAGGGCTGGAATTGTCC
TCCAGCGCATACAAGGTTGTTGCTGCCAGAGAAATCCAGCAGGAAAGAGCAGCATTCTTTCACCTTTTCCGCCTCTGAAGCGGAGGAGAACTTCATTTCC
CAGCAGCCCTTAAGATTCCTCCGCGCACTGCGCTAGCGTCCCGGCATTCTGCTTTCCGGCGCTCTGCCTTCCGGTGCGTCGTTTACGCCAGTTTGAACCA
AAGACGCCCAAGGTTGAGGCCGAGTTCCAGAGCATGGGGTCTCGGTTGTCCCAGCCTTTTGAGTCCTATATCACTGCGCCTCCCGGTACCGCCGCCGCGC
CCGCCAAACCTGCGCCCCCAGCTACACCCGGAGCGCCGACCTCCCCAGCAGAACACCGCCTGTTGAAGACCTGCTGGAGCTGTCGCGTGCTTTCTGGGTT
GGGGCTGATGGGGGCGGGCGGGTACGTGTACTGGGTGGCACGGAAGCCCATGAAGATGGGATACCCCCCGAGTCCATGGACCATTACGCAGATGGTCATC
GGCCTCAGCATTGCCACCTGGGGTATCGTTGTCATGGCAGACCCCAAAGGGAAGGCCTACCGCGTTGTTTGAAAGTACCACCAGTGAATCTGTCTTCTGT
CTCTGTCCCTTTCCCCGTGACACACACAGCAGGCATGGAATTTAATGGGTGTTCTGGACAGACACTTGTACATGGACAGACATCACTACTGTGGATACTA
CAAGACTGAGAAGAAAATCGTATGTTGTCATTCTCTGGCTATGGAGTGTTTGTGGCCTTCACAGATTTCACAGGAACCAATAAATCCCTCAGAGAAGTAA
ACAGGTTCTTTGTCTTATCTGGGGAAGGAAAGTATAACTTATATTTAAATATAATTGCTTAATTAAGCATTATATATAAACATAATAGTATGTCTTATAT
AATTGCATGTCATATTATATATAATAAACATAAATATGTTTAGTTATATAGTTAGTATAATTTTTAAAACTTTTAAATACAGCATATGGTAAACCAACGG
GAAAATTAGCTATTTTACTTCATTATTTTAAAGAGTTCTTTTTATTTCTTTCATAATTGGATCAACAACTGTTAACCTAACCCTGGGTGGGCATCATGCA
ATATATAGAAGTACGTGAAATTTTCTGTGTATGAATTGCTGATACTTTGCAAGGCATTTTCAAATCCATCACCTTATGAGAGCTTCACAGCTAGTCTGAG
GTAGTTACTTCATTGGAGGTAAAACTTAAAACACAAGAAAGAGCCCACATGATTTGCCTAGGGTCATTCAGTAAGTCCGTGATGGAGCTAGAACTTGTTC
TTGTCAGTTTTTTGTTCTAGTCTTCCCTTTCATGGAGGCAAGAATAACCATTATGAAACAGTTAGATAATCATAAAAATCAGCATACAATAAAAGACTTA
AATGTCACAAGAAAAATTCAAAACCTTTAGCTAAAAAAAAAAAAGATCTTTTGATTCTTTTTCCACAAGCACTAGATATGTTTCTGTGATGATTTTGAGA
TAAGTACTCAAAATTACATAGTTCATTTCTAAGAGAAGGCCATGTTTTCTACCTATTGGGTTTTTCTACCCTGAGATACTATGGCTTCTTTGTAAAGGTA
TATAAAGTGTTTTTCAAAGCGGAAAGATACTGTTAAATTCAGCTGCTAATCATAGTGTATTTGTTTGGAATGACATGTTGAGCAGGTAGTACCTTTACGG
CTGTTGCTTTTTGCAGCATTATGTGGAAGTGCCTAAGTCTATTTAGCCTCACAGATGACTTTAGAATCTTGTATTTTCTACATCAGAGTTCATAGCGGGG
ATGGTGCTACATATATCTATGCAACTGAAAAAGAAAACATTTCAAACCTAAAGTACGCAACAAGATATTATTTATATGAAATCCATAGCTCAGTTATGCT
ATGTTCATGAATAGAGAAGTTTTAAGTTGGAAGGGACCATGGATGACCCAAAGCAGATACATATGGTCATTCATATACCTAAAATACCTACAAAGACAAG
TTGTTCCCTGGTTTAAAAGGCAGTCTGTTCTATTGATGGACTGCTTTAGTCCCTGAACATTTTCTTTGGTTAAACCAAAAACACATAAACCTAACTTGGT
CTTGGCTTGATCTACTGGGTAAATAATAACTCTTAAATATATATACAGTTGACCCTTGGACAACACAGGAGTTAAGAGCGCTGAACATTTGCTCAGTGGA
GAATCTGCATATAACCTGACTCCTCAAAAACTTAATTAGTAGTTAGTTTACAATTGACTGGAAGCCTTATTGATAACATAAAGCAGTTGATTAACACATT
TTTTGTGTTGTATGTATTATATTCCGTATTCTTACAAGAAGGTAAGCTAGAGAAAAAAAAAATGTTATTAAGGAAGTAATATATTCACTATTCGTTAGGT
AGAAGTGAATCATCCTAAAGGTCTTCATCCTCATCTTCACGCTGAGTAGTCTGAGGAGCAAGAGGAGTTGGTCTTTCTGTCCCAGTGGCAGAGGTGGAAG
AAAATCCACAGATACGTGGACCTGCGCAGTTCAAACCTGTGTTGTTTGGGTCAACTGTATTGTAATAGCATTTTAATGTTTTTCTCAGACTTTTACGAGT
ATGAATCTGAGCTTTTTCTGAATAAACCTGCCTGCTCACCATTAATAATGCCAAA

Loop counts:

3 nts: 1
5 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
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U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
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C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0