Annotated gene sequence

ATATAGGCCTCCTCCTGGCGCGCCTCCGCACCGCATTGGTGGACCGGCCCCCAGCCCGTCCATGGGCGTTGTGGCCGCCACCGCAGGTTCCGCCTCCCGT
TCCCTCCGCCCTCAACGTACGTCGCACCGCCTCTCTGTAGCCGCCCGCGGAGCATCGCAGCCGGCCCGGGCCCCCGCCAGCCTCCCTCCTCGCGTCCCTC
GGTGTCCTCCGCGGGCCGGCGCGATGCGGCTGGGCCCGAGGACCGCGGCGTTGGGGCTGCTGCTGCTGTGCGCCGCCGCGGCCGGCGCCGGCAAGGCCGA
GGAGCTGCACTACCCGCTGGGCGAGCGCCGCAGCGACTACGACCGCGAGGCGCTGCTGGGCGTCCAGGAAGATGTGGATGAATATGTTAAACTCGGCCAC
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CTGGTCTCGAACTCTTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGAGATTACGGGCATGAGCCACCGCGCCCAGCCCCATTCTAGTTT
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TATAGGCGCCTGCCACCGCACCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTTGATCTGCTGACCTCGTG
ATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGACTAGTAATTCTATTTTTAATATTTTGAGGAACTGCCATAGT
GTTTCCCACAGCAGCTGTGCCATTTTGCATTTCCACCAATAGTGCACAAGAGTTCCAGTTTCTTTACATCCTTACCAACACTTGCTATTTTCTGTTTTTT
TTTTTTTCTTTTTTTTTTTTAATAGTAGCCATCCTGTTGGGTGAGACGTGGTATCTCGTTGTGGCTTTGATTTGCATTTCCCTAATGGTCTGTCTCTACA
GTTTTGCCTGTTCCAGAATATCATTCCTTTGCAATTTAAATGTGAGGATAAATGTATGCTATTGTTTCTCAAACGTTTTTGTGTTACAATACCTCCTTTT
GAGTGAGAAATGTCAACTCAAACTTACACTTTTTCACTTAGGAAGATGATTTAGGAAAGCCACTTAGAGTAAAAGTTTTTAAACAACTGTAAAAACTAAT
TTGCTTCATTGCAACATTTGAGTTCTGTCGAATAAATATTTGGCCAG

Loop counts:

3 nts: 3
4 nts: 5
5 nts: 5
6 nts: 1
7 nts: 2
8 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

AGUA    1
GUGA    1
AUGA    1
UCAG    1
CGGC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 5
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 1
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 1
C x U bulge: 0
C x C bulge: 1