Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GCTTGTGGGGAAGCGCAGGAGGCGGGGCTTTGCGTGAGTCACTGCCGGGCTCGGCGTGAGTCGCTGCGGGGCTGACGGGGTGGCAGTGCGGCGGGTTACG
GCCTGGTCAGACCATAATGACTTCAGCAAATAAAGCAATCGAATTACAACTACAAGTGAAACAAAATGCAGAAGAATTACAAGACTTTATGCGGGATTTA
GAAAACTGGGAAAAAGACATTAAACAAAAGGATATGGAACTAAGAAGACAGAATGGTGTTCCTGAAGAGAATTTACCTCCTATTCGAAATGGGAATTTTA
GGAAAAAGAAGAAAGGCAAAGCTAAAGAGTCTTCCAAAAAAACCAGAGAGGAAAACACAAAAAACAGGATAAAATCTTATGATTATGAGGCATGGGCAAA
ACTTGATGTGGACCGTATCCTTGATGAGCTTGACAAAGACGATAGTACCCATGAGTCTCTGTCTCAAGAATCAGAGTCGGAAGAAGATGGGATTCATGTA
GATTCACAAAAGGCTCTTGTTTTAAAAGAAAAGGGCAATAAATACTTCAAACAAGGAAAATATGATGAAGCAATTGACTGCTACACAAAAGGCATGGATG
CCGATCCATATAATCCCGTGTTGCCAACGAACAGAGCGTCAGCATATTTTAGACTGAAAAAATTTGCTGTTGCTGAGTCTGATTGTAATTTAGCAGTTGC
CTTGAATAGAAGTTATACAAAGGCTTATTCCAGACGAGGTGCTGCTCGATTTGCTTTGCAAAAATTAGAAGAGGCCAAAAAAGATTATGAAAGAGTATTA
GAACTAGAACCAAATAACTTTGAAGCAACAAATGAACTCAGGAAAATCAGTCAGGCTTTAGCATCCAAAGAAAACTCATATCCAAAGGAAGCTGACATAG
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GGGGAAATATGAAAGAGCAATTGAATGCTATACTCGAGGGATAGCAGCAGATGGTGCTAATGCCCTTCTTCCAGCTAACAGAGCTATGGCCTATCTGAAG
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TTTTGGGAAAGCTAAATGAGGCAAAACAAGATTTTGAAACTGTTTTACTTCTGGAACCTGGAAATAAGCAAGCAGTAACTGAACTCTCCAAAATTAAAAA
GGAATTAATTGAGAAAGGACACTGGGATGATGTCTTTCTTGATTCCACACAAAGACAAAATGTGGTAAAACCCATTGATAATCCACCGCATCCTGGATCA
ACTAAACCACTCAAGAAGGTTATTATTGAAGAAACTGGTAATTTGATACAGACTATTGATGTGCCAGATAGCACTACTGCTGCTGCTCCAGAGAATAATC
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CTCCAGATATGTTGTATCAGTATTTAAAGCAAATTGAACCATCTTTGTATCCTAAGTTGTTTCAGAAAAATCTGGATCCAGATGTATTCAACCAGATCGT
TAAAATTCTGCATGACTTTTACATTGAGAAAGAAAAGCCATTACTCATCTTTGAAATCTTACAAAGACTTTCTGAACTAAAAAGGTTTGATATGGCAGTG
ATGTTTATGTCAGAAACAGAGAAAAAGATTGCACGTGCATTATTTAATCACATAGACAAGTCAGGATTGAAGGATAGTTCTGTCGAAGAACTCAAGAAAA
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TTATATAGCAGGAAAGGACTATCTTTGAACATAAGTTAATTAACTATAAGGTGAATTGTGATTTAACTAGTGAGAATTGTATTCAAGTGAACTCTGTTTT
TCTGAAAATAAAAATATAAACAATGAGATACATTTGTAAGGATCAGCATTTTATTTTATGAGTCATTTTAAATGTTAAATTTAGATACATTCTTCAGTGA
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GACCAGAATCTACTGGCATCTTCATCTTGGACTCCCCATCCTCCAGAACTGTAAGAAATAAATTTCTGTTTTTATTAATGTAAGCTACCCAGTTTGATAT
TTTATTATAGCAACCCGAATGGACTACGGTATGATCCTTTGAAGAAACTTACAAGGTAGTCAGGGCAGGTAATGTTATTGTCATTCTTAACATAAGAAAA
GGAGGCTCAGAGGGTTAATGTTCTCTGCATGATTATAGAGCTAAAAATTGGCCAAAACAGTTCAGAACGTGCTGTCTTCTCTTAATGTAGAGCTATTTGA
ACTACTTCCAGCTGCAGTTTTTATGTTGTGTTACCTGTGTAGAGACTGTTAACTGAAGAAGTACAGATCACAAGATTTACTATAGAATTTGAATTTTAAA
AAATTTCTGATGTTAGCCTGATTTCTCCCCAGAGACATTTTCATGTAGTGATTTAAGACCAGAGGCTCTGGATTCAGACTTCTTGAGTTTGAATTCTGGC
TCCATCTGGCTTTAGGGCCTTGGACAAGTTACTTTTCTATTCTTTGTTTTTGAAATCTGTAGAATGGGTATAAGTGAGATTGAATGAATGCACACATTTT
GTTTTTGGAGCAGGGCTGGATGTATAGTAAGCTACTGTTACTATTATTATTACAATTACCAACATTTCCTAAAAGTGATTAGAATAAAGAACAGTCTTTA
GGGGCTGTCATATTGTTGCCTTATTGCAAAATAGCATAGTGGTTAATAAAGTCATTTTTGGGTCAAATAA

Loop counts:

4 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0