Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

CGGCGCACCCTCCCTCGCGCCGCGGGCCTCCCCGCGCCGTGCACGTCCTCGTCCCGCGCCTCCGCCCCTCGCTCGCTCGCTCCTTCCCGCCCTCCCCGCA
GCGCCGGCCGAGCCGGCTTCCCCTCAGTCTCTCATGAATATTGAGCGGCCCCTGTTGTATTTCCCGAGCTCCATTGCGGAAGCTGAGGCTCGCCATATTG
TGCGGCGGCGCCGGCGTCCGCGGCAGCTGATACCAGAGTCTTGCTCCGGCCGCGGCCAGCGGAGCCCTGGGCTGGGGCAGGAGCCGCAATGTCTCAGGCT
GTGCAGACAAACGGAACTCAACCATTAAGCAAAACATGGGAACTCAGTTTATATGAGTTACAACGAACACCTCAGGAGGCAATAACAGATGGCTTAGAAA
TTGTGGTTTCACCTCGAAGTCTACACAGTGAATTAATGTGCCCAATTTGTTTGGATATGTTGAAGAACACCATGACTACAAAGGAGTGTTTACATCGTTT
TTGTGCAGACTGCATCATCACAGCCCTTAGAAGTGGCAACAAAGAATGTCCTACCTGTCGGAAAAAACTAGTTTCCAAAAGATCACTAAGGCCAGACCCA
AACTTTGATGCACTCATCAGCAAAATTTATCCAAGTCGTGATGAGTATGAAGCTCATCAAGAGAGAGTATTAGCCAGGATCAACAAGCACAATAATCAGC
AAGCACTCAGTCACAGCATTGAGGAAGGACTGAAGATACAGGCCATGAACAGACTGCAGCGAGGCAAGAAACAACAGATTGAAAATGGTAGTGGAGCAGA
AGATAATGGTGACAGTTCACACTGCAGTAATGCATCCACACATAGCAATCAGGAAGCAGGCCCTAGTAACAAACGGACCAAAACATCTGATGATTCTGGG
CTAGAGCTTGATAATAACAATGCAGCAATGGCAATTGATCCAGTAATGGATGGTGCTAGTGAAATTGAATTAGTATTCAGGCCTCATCCCACACTTATGG
AAAAAGATGACAGTGCACAGACGAGATACATAAAGACTTCTGGTAACGCCACTGTTGATCACTTATCCAAGTATCTGGCTGTGAGGTTAGCTTTAGAAGA
ACTTCGAAGCAAAGGTGAATCAAACCAGATGAACCTTGATACAGCCAGTGAGAAGCAGTATACCATTTATATAGCAACAGCCAGTGGCCAGTTCACTGTA
TTAAATGGCTCTTTTTCTTTGGAATTGGTCAGTGAGAAATACTGGAAAGTGAACAAACCCATGGAACTTTATTACGCACCTACAAAGGAGCACAAATGAG
CCTTTAAAAACCAATTCTGAGACTGAACTTTTTTATAGCCTATTTCTTTAATATTAAAGATGTACTGGCATTACTTTTATGGACAGATCTTGGATATGTT
GTTCAATTTTCTTTCTGAGCCAGACTAGTTTACGCTATTCAAATCTTTTCCCCTTTATTTAAGATTTCCTTTTTGGAAGGGACTGCAATTATTCAGTATT
TTTTTCTTTCCTTTAAAAAAATATATCTGAAGTTTCTTGTGTTTTTTTTTTTCCCCACAAAGTGTGTTTCCACTTGGAGCACCATTTTGACCCAGGAATT
TTTCATAGTTTCTGTATTCTTATAAGATTCAGTTGGCTGTCCTTTTCCTGCTCCCCTCAAAAGATTTTTAGTCATACAGAATGTTAAATATTATGTATTC
TGACTTTTTTTTTCCCCCGGAGTCTTGTATATTTATAGTTTTCTATATAAACTGTAGTATCTTCATGAAGACCCAAGGCTCAAATTTACTGTCCTTAAAA
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TTTTTTTTTTTCCATTCTTTTTCCCTGTAATTTTGGAATTTCTGGTCCTGGGAAGAATCAAACAAAATCTTAAGTTCTATGAGAACTTGGTTCATTGACA
TATTCTGCTGAAGAAAGAAAAATTAAATTGGTAGTAAAATATAGTCTTCAAGTATACGTTTGAGAGTGCTTTTTTTTGTATTAGTTCTGCTGTCACTTCA
TTTCCTGTATTATATGTGATGTTTTTCCCCATTAAAATACCAGAGATAATGGAGATATTTTGCACTTTAGCCTTGATGAAAAGTACAAGATATGTTCAAA
GCTTCCCTAATTTTTTTCTTATTTGTAGCCACATAAGTTTCAAGAATAACATGGCACACAGAACAATGGAAAAAAGTTTGTTTCCATTGGAAAATTATAT
CATTTTGGGTTGCCACATCAGTTTATAAATTTGGCGCTCTTTTAATTACACTCTGTAGAAGGTTAATAGAGCTTGAGCCCTGCTTTAATATGTAGTGAAA
GATAATTCTGTAGAAAAACGTCAGCCAGTAGGGTAAAGTCATTCTACTGTTCTTAATTTTTATATTGAGGAACAATATTGGGTGTTTGGGAGCCAGAAAG
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TTATCTGTCAGTTTTGACAGATTGGGGCCAGCTTGATGTTTTAAATCTTCAGCCCGGTATGAAAACTTAAAGGTATATATTCAATTTTTTACCATTTTAT
GGAAAATATTTAAAATCTGTTTTTACAGGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATCTGTGCCATGAAATTTGAAAACCACCAAAAATCAAGGGAACTT
TTATATATTCAATTCCTTTTCTGGTGTAATGTTAAAGTTGTATAGATTATTAATGCATGCCCACTGAATATAACCCTGGTTTTGTGATAAAACTGCTTAG
ATTTTGTTGATGACATTAGATTAGTAGTTGCATTAAATAACTAAATTCCCATTGTGATTAATTGAAATTTTGTCTTTAAGCAGAGAGTTATTTGTGACTA
TAAGCTTTGTGCTTAGAGAATGTATGTGTTTTTATCTGTCAGTATGGGAGGATATAAACTGCATCATTAGTGAAATTATTGGTTGTGTAATCCTTTGTGA
AATATAATTCTAGGTATTTGATAGGGTATTGAGTGTATTTTGTGTGTGTGTGGATGTGTGTTTTGGGGTACGGGGAGAGGCGATGCTATTGGCCATCACT
ACCAACCAGGGTTTCAAAAAGTATTACCTAAGTAATTTCTTTTATCACTATCTCAACTGAGGAAGAAAAGGCTCACCACAAGTGGTGTGAAGGCTTTGGG
TACTTAGTTCTAAATTTTTTTATGGTAACATATACATAGCCACATTTACAGTTTTAACCATTTTAAGGCATGTAATTCAGTGGGGTTAGGTACATTCACA
ATGTTGTGTAATGATCACCGCTGTCTACTTGTAAAACTTTTTCATCACCCCAAACAGAAACTCTGTGTGCAATTAAAGTAATGCATTTCTCTTCTTCTTA
ACCCCT

Loop counts:

4 nts: 1

Tetra-loop variants:

AUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0