Annotated gene sequence

GTGAGGCGCGTGTTCGGGCTCTTGCCGTCCCCGCACCCGCACCGCGGTTACTGGCTTGCGGTCCGCCGTTCGACAACCAGCCCTTGGGTCCCCGCCCGCC
ACGGACATGCCGCGCGTCTACATAGGACGCCTGAGCTACAACGTCCGGGAGAAGGACATCCAGCGCTTTTTCAGTGGCTATGGCCGCCTCCTCGAAGTAG
ACCTCAAAAATGGGTACGGCTTCGTGGAGTTCGAGGACTCCCGCGACGCCGACGACGCCGTTTACGAGCTGAACGGCAAGGAGCTCTGCGGCGAGCGCGT
GATCGTAGAGCACGCCCGGGGCCCGCGTCGCGATCGCGACGGCTACAGCTACGGAAGCCGCAGTGGTGGAGGTGGATACAGCAGTCGGAGAACATCTGGC
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TCCATGTTTATACTTGGCCTCTTCTGCAAGAGGAATCTCTTGAAAACAGGGGCACACAGAAATTTGATTTGTGGCCAAATTGGATGAAAAAGATGAGGCT
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GCTCATTTAGTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTATTTCAGCAGGATCTGCTGGCAGGGTTTTTTTGTTTTATTTGTTT
GCTTATTTTTAAATTAACTGTTTTGAGCTTTGAATACTTAAGGCTTTAGAGGGAGAACCCAATTTTCAATTATGTTGGCTTTTTATAAAGCTTGAGTTAT
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GATAAAACATGCATGGGATGTGAAGATTAAAAGTCAAGAATATGAACAGTACAAGAGAGTACCATAACAAATACAATTTTATTTACAAATATACATGGTT
GGACCATACCTTGGAATCTACTTGCTAATGCAGCTGCTGTTAACAGTTCTTGTATCTGCTCAAGAGATTTCTATGATCATATAAAAATGCCTTTTTAGGT
TTTCAGTGTTCATGCCCTGAGTAGTAGTCTGCAGTTTGCTTTAATACATGGTAATACAGAGATCGGCTTTAAATGGCTGGCTGGTTACTGTTGAATGAAT
GTATGATAAATTTTTTTTCAGAACCAACAGTGTGAATAATCCTTTCAGTTGTCTATCAGCATGAATTTAAAAATTACTTTCAAGATTCAACATTACACAA
TAAAACTTAGAGTTCTTGCAATAGA

Loop counts:

3 nts: 7
4 nts: 3
5 nts: 8
6 nts: 2
7 nts: 4
8 nts: 3
9 nts: 2
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

GAAU    1
AAAA    1
UUUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 5
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 3
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 3
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 2
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 2
C x U bulge: 1
C x C bulge: 0