Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGGCCCGTGGATCTCATCGAAGATGGCGGCGCGATCTGTGTCGGGCATTACCAGAAGAGTCTTCATGTGGACAGTCTCAGGGACACCATGTAGAGAATTT
TGGTCTCGATTCAGAAAAGAGAAAGAGCCAGTGGTTGTTGAGACAGTAGAAGAGAAAAAGGAACCTATCCTAGTGTGTCCACCTTTACGAAGCCGAGCAT
ACACACCACCTGAAGATCTCCAGAGTCGTTTGGAATCTTACGTTAAAGAAGTTTTTGGTTCATCTCTTCCTAGTAATTGGCAAGACATCTCCCTGGAAGA
TAGTCGTCTAAAGTTCAATCTTCTGGCTCATTTAGCTGATGACTTGGGTCATGTAGTCCCTAACTCCAGACTCCACCAGATGTGCAGGGTTAGAGATGTT
CTTGATTTCTATAATGTCCCTATTCAAGATAGATCTAAATTTGATGAACTCAGTGCCAGTAATCTGCCCCCCAATTTGAAAATCACTTGGAGTTACTAAG
CAATTCGGAAGAGAAACACATTGAAATCACTGTCTTTCCCTGAGCAAGGGGGCTGCTCATTAGATCTTTTGATACTTTACCATGTGAAATACTACCAGAA
CTGTTCTCTAAACCCACTTTTTCTGTAGAGGAATGTATCATCTTTTTTTTTCTCATATTACAAATGGACAAATAACGGACTTTCTATTTTCATATTTGCT
GAAACCATTTTTTAAATGAAATTAGGTCATTATTTATGAAAAGTTTTGAGAGGGCACTGTCAACTTGGGTTTAAGACAGGAGGACATTGCAAGTTCACAC
CTTTCATAAGCATAAAGTAGTTGCAAGAAAGTATTTTCATCCTGTTAGGATTCATATCTAAGATAGAGTTATGCATTGCACATACACAAATAAACTTTTA
TTAGATAGATACCTATAAAAGAAACATAAAAGTATGTTGTGTATTACTGACAGTTCTAGATTAATTTCTTTTAGAATTAAAGTAGATTTGTTAAAGTGTA
TTGTGTGTTGTAAATTTTTTAAGTGAAATTTGCTTGCGCTCTGCCTTGCCATTTCTTTCCAGTAAGTATAATTTTGAAAAAATTAGAATATATGCCAAAT
ATTGAGTGCTGTGACTCTTCCTCATAAGAGATGTGCCAGATTCTATGTCTAATTGCATATTCTCTTCAGAGGAGATGATGCTTATTTTAAACCTTTTTCT
CTATAACTTTTAAAAAGTGGTGCTGAGTATTCACTAGAGTGGCAAGTCTTTGTGCTTTAATGCACTCAATTTGTGGAAATTACTTAAATAGCAGGTTATC
AGATGGTTCTGAATGACAAAGGTGTTAAATTTGGGATTTTTTTTTCAAGCTTTAGATATGGCTGGAGAGTAATGAGACAGAAGGAATGTCTTATATTGTT
CTGACTGCTGACAATTCCTAAAGAAAAGTGATAGAAGGGTTTTTAACAAAATAAGTTGCATTTATTCTCTTTCCCAGGGTTACTCCTTTGAAGAGGGCAA
AATTCAGTTGGGAATATAAATTCTGGAATCTTCATGAAGAAAATTAGTTAACAGTATAGACATGCCCTACAAATATCATCCACAGGCACTTCATTCAAGA
ACTTCAGGTGTCAGAGTGCCTGGAGCTCTGGAGCTTAGACATTAGAGTTGATTCCTTGGGGATTGGTTCCAGGACACCTACTTGGATACCAAAGTCCACA
GATGCCCAAGCCCCTTTTATAAAATGATGTAGTATTTGCATATTATGTATGCACATCCTCCCATATACTTTAAATCATCTTTAGATTACTTATACTGAAT
AGAATGTAAATAGTATTTACAATTGTGAATACAATGTATTTAGTTATGTAAATATGTAAATTTTAAAGTTATGTAAATATGTAGCTATGTAAATAGCTAT
AAAATAATATTTACAATTGTGAATAGTATGTAAATAGTTGTGAACATAACTATTGTGAATAATATGTTATATGTTATAGTTGTGAATGTAAATAGTATTC
ACAATTGTGAATACAATGTAAATAGCTTTCACAATTGTGAATACAATGTAAGTAGCTATGTAAATAGTGAATACAATGTAAATAGCTATGTAAATAGTTG
TTATGCTGATTAGGGAATAATGAGAAGGAAAAAAAGTATACATATTCAGTACAGATGCAGTCATCTTTTTTTCCCCTCGAACATTTTTGATCCACAATTG
GTTGAATCCACAGATGGGGAACACACAGTCTTGGTAAATTTAACCAACAAGGAGGGTAAACGCATCCCAACAGGGAAGGTAAACTGCACATCCATCAGTA
CCTCTAGAGGGCATCACTGGTTTATAGCTCAATACAGTGACTATATCAGAATAATGGCCTTTAGTTTTCCTGAAAGATTAAATTAGGCTTGCTGTTGTTG
AATGAGATAATCAAACATATGATGTAATTTTAAAGGGTTTACATACAGAAGGCCTGCTGTATGTCCTGCTTCTGCTGTGTAAAAGATTCAGCATGGAATC
ATTGGAATTTTATGTACAGGATTTCATTATCTCATTTTCTATACAATTTTTCCTTCTGATCCAGAGACACGGAAAAACAAAGGGCAAGATGGAAATAAGG
GATGAGAAGGTCTATGTGGAAAAACAGTTACAACTGGAGTGGTAACTGCAAAAACCAAGCAGCTTCATGTGATCGTTAGGACAGAAGAAATTTCTCCTTT
GTAGCCTAGAGCAATATTCTCAAAATTTAATGCGCATGTTAATCATTTGGGGATCTTTTATTCATTTTTTCATGTGGGGATCTTTTAAAAATGCAAATTC
TGATTTGGTAAGTCTGGAGTAGGTCCTGAGCTTCTGCATGCTTCAAAAGCTGATTATGTTTTGAGAACATGGATCTAGATGCTGGTATTGAGGTGGGAGA
CAAGTACTGCCACCTGAAACAACAGTCTTGGTAAATTTAGCCGACGAGGGTAAACACATCCTAACAGGGAAGGTAAACTGTACGTCCATCAGTACCACTA
GAGGGCATCACTGGTTTATAGTTCAATACAGTGAATATATCAGAATAATGGCCTTTAGTTTTCCTGAAAGATTAAATTAGGCTTGCTAACTTGTTTAATG
AGATAATCAGACATATGATGTAATTTTAAAGGGTTTACATTTTTAAAAATTTAATGATTGCTACATAAAAAGGGTATCAGTTAACTAATTTTACTTAGAT
GGAACTTCTGTAAGCTTAGTAGGTATGCTTAAATAAAGCCTGCTAATAAAATAGAGATTCAGACTCAATAGAATGGTTTTACATATGTAATATATGTTTT
AAACTGCATAAAATAAACTCCTCCCTCCTTTC

Loop counts:

4 nts: 2
5 nts: 3
6 nts: 1
7 nts: 1
9 nts: 1

Tetra-loop variants:

GUCG    1
AUAC    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 2
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 2
C x C bulge: 0