Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGCGGAGAGGCCGAGGCGTAGCCTAAGCGTGGGATTCCGCGCGTGCGCTCGGCTCCGCCTGGTGCGGCCGCGGCCGGGAGGGACTGGATTATGTCGGCCC
CGTTTGAGGAGCGGAGTGGGGTGGTACCGTGCGGGACCCCGTGGGGCCAGTGGTACCAGACCTTGGAGGAGGTGTTCATTGAAGTTCAGGTGCCGCCAGG
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TGGAGCAGAAATCTCAGGAAACTACACTAAAGGTGGACCAGATTTCTCAAACCTTGAGAAATAACTGCTTTTTTTCCTGCATTCTGTGGATCCTAGCAGA
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TAGAAGTGCATCCTGTCATTGTTTAATAATTTCAGTTTGTCTCATTTCTGATGGTGTTTCTTAGATGACTGATTAAGGTAGTGTCTGCCAGACTTCTCCA
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CTCACCCTGCTTAGGCTTCGCATCCTATGCTGAGCAGGAATGTCCTCCTCATCCTGCCTGGACCCTAATACCTCACTCCAGGCCATGGCAGTCCATTCAC
CCTGTGATTCCTATCTTGCTCATTTTAGGAATGAATTGTCGGGGGAAGAGGCTATTTTTCTTTTAATTTTATTCTCTTTGACATTTAACAAAATTTTTTG
AGTAAAGTAAAATTAACTTTTTTGGTGTATGGTTTGGTGAATTTTAAGTATAGATATGTGTAAACACCTCCACAGTCAGAGTATTGAAGAGTTCAATCAC
CGTAAAAACTCTCGTGCTCTCTTTGTACTCTACACACCCTACTCCCAGCCCCTAAACCTTGGAAACCACTGATCTAATCCCCATCTCCATATTTTTGTCT
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TGGCTTCCTTCACTTTACATGTCTTAAGAGGTTCATCTATATTCGAGCATGTATCAGCACATTCATTAGTATGTCTGAAAATACTTCATTGTATGGCTGT
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GATTTGTAATTTCTCCTATTCTCTCTTTACTTTGTTGATAGTGTCTTTTGAAGCACAGACTTAATTTTGATGAAGTCTTATCCATCATGCCATTGGTGGA
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GTCTGTTGAAAAACTCTCCATTCCCCATTGAGTTGTCTTTTCACCTTTGTCAGAAATCAATTGCTATTTATGTGAGTCTGGTTTTGGACTTTATTCCATC
GATCTATGTGTTTATCCTTTCATAAATACCAGATTGCCTTGATTATCACAGCTTTATAGTAAGTCTTAAAACTGGGCAGCATGATTCCTTCAAAATTTTT
TTGAAATCTTTTTCAAAATTGTTTTGGCTAATTTAGTTTCTTTGCCTTCCATATGAATTTTAGAATTAGCTACTCTGTATCTACAAAAAATCCTACTGGG
GTTTTGAATGCAATTTTGTGTCTTCCAATCCATGAACATGAGGTATCTATTTAGGACCTCTTTCATTTCAGTTATCAGCATTTTATGTCATTTTTCAGCA
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TGATTTTTGTTTGTTGACCTTGTATCCTGTGACCTTGCTAAACTTCATTAGTTTTGGGAGTTATTTTGTTGTTAACTCATTAAGTTTTCTACATAAACTA
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ACAGTTTTATTTTATTCTTTTTAGTCTATGATTTTTCTTGCCTGATTGCAGTGGCCAGAACAATAACATGGAGAAAGTGGCCATCTCAGTCTTGTTCTGG
ATCTTAGGATTTTGAAAGCATTGTTTTTGACCATTATGTATGCAAGCTGTAGGCTTTTCTTAAATTCCCTTTGTCATGTTGAGCAAGTTCCCATCTATTA
ATTTGTTGTTAGCAGAGTTTCATGAGTGGATGCTGAATTTTCTATGCTCTTTCTGTATCAGTTTGGTCATTCTTTTTGTTTAGACTGTTAAAATCATGGA
TTTTACTGATTCCAGAATTTTGAAACAGCTTATATTTCCTCCCAACCCCAAACTTGGTCATGGTACATTATTCAGCTTATGTATCTAGATTTTTATTTTT
TGAGGATTTTTATGTCTGTGTTCATTTTGGATATTGTGCAATTGTTTTTGTTTGTTTTTTCCTTGTGTTATCTTTATCTTGGTATGGTATCATGTTAATT
CTGGTCTTGTAAAATGAATTGCAAAGTGATTATTCTTTCTGGAAGAGATTTGTAGAATTTGTTATATCTTTAAATGTTTTATGAATTTGCTAGTAAGGTT
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TGCATAGAGTTGTTCATGGTATTTTCTTTGTGTCGTTCTAATGAGGATCTATACTGTTATCTTTTCTTTGATTCCTAAGATTGGAATCAAAGATTGGAAT
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GCATTTATTTTCTGCCTCTTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTGCTTGCTTTAGGTTTAGTTTGGGCTTCTTTTTTTTGTAGACAGGTCTCACTTCATCACCCA
GACTGGAGTAGTGTTATGATCATAGCTCACTGCAGCCTCAAACTCGTGGGGTCATGATCCTCCTACCTCAGCCTTCTGAGTGGCTGGGACTATAGTGGTG
TGCCACCACACCCAGTTAGATTTTCCTACTTTCTTAAAGTGGGAGCTTAGAGTGTTAATTTGAGAACTTTTTCTTGTTTAGTAAAAAGCAGTCGATTGTT
ATAAATTGCAGCACCAGCATGGCTGCATTCCAAGCACGGTGATATTTTCATTTATTTTAAAATATTTTTTAAGACTTCCCTGTAGTATCATGAGTTATTT
AGAAATGTGTTGTTTAATTTCCAAGTGTTTGGAGATTTTCTTGCTGTTACTGATTTCTAGATTATGGTCAAAAAACATATTTTATATGATTTCATCTCTT
TTAAATTTGTTAAGGTTTAAGACCCATGATGTGGTTTATCTTGGTGAGTGTTCCATGTGTACTTGAAAAGAATGCTTATTCTGCTGTTTTAGGTAGAAGG
GTTTTATGTCAATTAAATCTAGCTGGTTATTAGTATTATTCCATTTTCCTACATCTTTGCTAATTTTCTATTAATTCTATGGACTACTGAGAGAGGAATG
TTTAAGTTTCCAACTGTAAATGAAGATTTGTCCAGTCCTCCTTTTAATGCTACCACTTTTTGCTTCATGTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCTTACCCTGT
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TACAGATGTATATCACTATGCCTAGCTAATTTTTGATTTTTTGTAGAGATAGGGTCTCCCTATGTTGAGTAGGCTGGTCTTGAACTCTTGGCCTCAAGCA
ATCCTCCCACCTTGGCTTCCCAAAGCATTGGAATTACAGGAATGAATGAGTCTCTGTACCTGGTCTCTTCATGTATTTTTAAGATCTGATAATAAGTGCT
TACACTTTTAGCACTGTCTTGGTGAATTTTATCATTATATAATGTCCCTAATTATCCTTGGCAATTTTGGTTGTTCCTAACTCTACTTTGATGAATATAA
AAATGGCTTTTTAATTTATTTTTTGAGACAAGAGCCTCACTCTGTTGCCCAGGTTGGAGAGCAGTGGTGTGATCTTGTCTCACTGCCTCACAGGTTCAAG
CAATTCTCCTGCCTCAGTCTCTGGAGTAACTGGTACTACAGGCATGCGCCACCACACCCAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCAT
GTTGGCCATGCTGGTCTCGAACTCCTGGCCTCAAGTGATCCGTCCACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGCGCTCGGCCTT
AAAAATTGGCTTATCTTTTAATTCATCTTGACTCATGTTTACTGTTTTTTGGTTTCTGAAAAATAGATTTAATAAATAATAACATTTTATCAAAGTTATT
AGTATAGAGAAATAAATTGAGTGTTGTTATTATTCTATGATCATGATGACAGCACAGAAGTTAATGTGGCCAGCATATAGTTTTGATTAAAAATTATACA
AGCAA

Loop counts:

3 nts: 3

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
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