Annotated gene sequence

TCCGGTTCCGGTAGCAGCTAGTCACGCTCGGTACCAGGCGCAGATCATGGCAGGCAGCCGGCTGGAAACCGTAGGGAGCATCTTCTCTCGGACTCGGGAC
CTGGTTCGGGCCGGGGTGCTGAAGGAGAAGCCCCTGTGGTTTGACGTATATGACGCCTTTCCCCCGCTGAGGGAGCCCGTCTTCCAAAGGCCTCGAGTGC
GATATGGCAAAGCCAAAGCTCCCATCCAAGACATCTGGTACCACGAGGATCGGATTAGAGCGAAGTTTTATTCAGTGTATGGGTCTGGTCAAAGAGCTTT
TGATCTATTCAATCCAAACTTCAAGTCTACCTGTCAACGGTTTGTGGAGAAGTACACTGAGCTACAGAAACTTGGAGAAACAGATGAAGAGAAGTTATTT
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AACACTTGAGTGTCAGACCACAGACTGCGTTGGAAGAAAACGAGACTCAGAAAGAAGTTCCACAGGACCAGCATTTGGAGGCACCTGCAGACCAGTCGAA
AGGTCTCTTGCCTCCCTGAAGGACCTGTATACTGTGTATGCTGGCATTCACACTCTACTCACTGGCTGAATGTTGAGCTATTTTTAAACAGTTGAACTGT
GTAAATGTTTCTTGATCTCTAAGGTATTATGTTTGCCTTCTCTTAGTTATTTCTGGGTTGTCACAAAGCTCAGTATCATGGTTTGACAGAAGCAGTTATG
TGAACTTTTATGTTAGGACATTACTAAATAAAGAATTCCCTAGCTGCTTATAAAGTAAATTTACTTTGAATTGTAAATAACATGAAGAAACCTTTATAAA
GATTGTTCAAATGGGACTCAATCTGACTAGGCTTGCTTTGATGTTTGTTAGTATGTGGGCTGGCTACATCTGATTCCCGGGTACATATTTCTTCTGATCC
ATCAGACTTATACGTGTACACATGTTGTGGAACCTTGGCTAGCTGGTTTTGTCTGCAGAGAATCTTTGTACTTCTTGCTATAGAACGATTATCTCTCCAC
TTGAGAGGCCAAGCTGACTTGCGCTTTGTGGTAAGAGTGAGGACCTGTCATTGCTGATACACAAAGACCAAAACTGTAACTTTAATGTCATGGATTGAGT
GTGCTGGAGACAGTTAACATAGGCCTGCACAGACTAGGCTGTTCAGTAAATACTTGTTGAATGAATGAGTGAACGAATGGTTATATCCAGCTAAAGACTG
GATTCATATGGTGTAGATAACAGGATTGCCAAGAAAGGAGGCAGCTAATTTAGGTGATGCTCTCCACCAGCATCCACCTGCCTCCCTGGGGCCAAAGTGT
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CAAGCCAGTGGTTTTTAGCTGTTAGTAGTAAGCTGCTTCAGAAATTCCCTATTTTAAAACTCATGTAGATTTTCTACCCAGTGATTCTTTGTGTATGCTC
TCATCTCTCCTGGTACACTGTGAGGCAGGTCCACATCTCACAGTCTGTATATAGTACACATCCATGCACGTGGGTGCTTGGTTCATGCAGGTGAATGAAT
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GGAAGTAAATTTCATCCATTCAGAGACATTACACAACCATTGAGACCAAACATCGGGCCAGACCTTGGGAAGAGGACTTAAAAAGCAGGTGAAAGACACA
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TTTTTTTTTTTTGCGATGGAGTATCACTTTGTTTCCCAGGCTGGAGTACAGTGGAGCCATCTTGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAGT
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TTTTTTTTTTTTTAATTTTGTTTTAGGAGATGGGGGTCTCACTGTGTTACCCAGGCTGGGTGCAGTGGTGCATACCCTGCCGCAGTCTTAACTCCTGGGC
TGAAGCCATCCTGGCTCACTTCCCGAATAGCTAGGACTATAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTCTTTAACATTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTGTAGAG
ATGGAGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGCCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCGCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCCT
GAGCGACCGTACTGGGGCTGAAGACTTTTAAAGAAGTTATTTGTTGCATAATTCTTTAAAAAAATTATACATGCACATGGTTCAAAACTTAACAGTAAAA
AGCTAGTCTCCCACCCCTGTTCCCCAGCCACCCTTTTCCCCTTCCCTGAGGCCATCACTATCACCATTTCCTTGTGCGCTCTTCCAGAAATATTTTGGGC
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TTCTTTGTTTTACTGTGTTGCAAATGGGCTGCTAGAGTTATGGGATGCTGGATCAAGGAGCAGATCATTTTGAGTTTTGATATCTTCGTCCATAGAAATT
GTGCTTAACTATACTCTCATAGCAATGTATGAGAATGCGTTCCCCTACACATTCTGATCTTGTTAAACCAGACTGGGACTCTGGACCAGAAGGGAAAGAC
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TGGCTTTAAAGAGCTTAAAATCAGGCCGGGCTCCATGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAG
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GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTGGAACCCAGGAGGCAGAGGCTGCAGTTGAGCCGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCTTGGGCGACAGAGCAAGAC
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ATAATATCAAGTCCCTTACTGAACCCCCTACAGATTGTGTTCATAAGGTGCTTCACTGCTGTTGGTCTACCTGGCCTACTGTTTGTACTCCTGCCTCATT
TACTGTGGCCTTCATTCAAGTAGTAATGATTATTTACCTATTAAGAGTATAGGGTGGGCGTGGTGGCTCATGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGTCAAGAT
GGGTAGATCACTTGAAGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGATGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAGTTAGCTGGATGTGGTGGCAG
CCTCCTGTAATCCCAACTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGCTGAGATCATGCTACAGCACCCCA
GCCTGGGCGACAGAAGAGAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAAAGGAGGGCAGAAATTCTTATTCTTTTAACCCATTGAAACATTAAA
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GATTTGGGTTCTAGATCTGGATACTCCAGGCAGTTTTTACTATGTGACCCTGTGCCTGTCACAGTATTTCAGCCTGTAAAATATGGACAATGTTTGCCTT
TTTGGCTTCCAGTTAGCTTTGTGAGGATTAATTGAGATGAGTGCAAAGCTCATTTGTAATGTGTGGCTGGTGGTTTTATTACTATTTTGAGCAGTAGTGG
AAAAGCCCATTTGAACTGGTAGGATGAGATAAGATCATGGTGGCCTTGACAACTACATGGAGGAGCCAGTTGGGTATGGGAAAGTTTGAGCAGGGAAAGA
AAGAATGTAGTGAAAGCAGTGTCAGGTCAAAGAAAGGTTTGCCTAGGAGTGATGTAAAGAATGGGATGGAGGAGTGGGCAGGGAAGGAGGAAAGAGGAGA
CATGTCAGAGGGACCAAAAAGGAGGCAGCAAGTCCAAGGTCACAAACCTGAGTGACTAGAAAACTTAGCAGCATCACTAACACCCAGTTGGTGACGTGGA
ACTGGTGCTCTCCTGGGAGAGAGCTTCAATTCTCAACCTACTAAGTTGAAGGTGATGGTGCTATATCTAAGTGGCAGACAGAGATAAGGGATAGGTGTCT
ACAGGGGCAAGATTTGGAGCCAGGAGAAGAAATGAGCTCTCCAAGGGTAGTGGGGAGAGATCTGGGATGTTGGGGGCTGGCAGGTAAATGCTTTAAGTGA
TAGAATAGGAGGAATGAGAAAGCCAGCAAAAGAAATTCACGTCCCATGTCTTCCATCATCTATATGTCTGACTTGTTTAAGTGGTCCTGGATTCACCAAA
TTTTATAGAGCTCTGCCTCTGCCTTTATTGGGTAGGCCTGATTTTTGATGATGTCCTTAAAAGGCTAGCCTGATTCTTCTTGTAGTTTTGTAGAACACTT
TGTATCGAGAGTTCTCTGATAATGAAAGTGGTATTACAGAATAATCTGCCCCCGAAGGACTCCTGATTTTGTTAAAGTGATACCTTTCTCTGTAAATAAA
TGATGGCGTGCCACTTAAAAA

Loop counts:

3 nts: 5
4 nts: 3
7 nts: 5
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

AGUG    1
ACGA    1
AAUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 2
A x 0 bulge: 3
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 1

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 2
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0