Annotated gene sequence

TCCGGTTCCGGTAGCAGCTAGTCACGCTCGGTACCAGGCGCAGATCATGGCAGGCAGCCGGCTGGAAACCGTAGGGAGCATCTTCTCTCGGACTCGGGAC
CTGGTTCGGGCCGGGGTGCTGAAGGAGAAGCCCCTGTGGTTTGACGTATATGACGCCTTTCCCCCGCTGAGGGAGCCCGTCTTCCAAAGGCCTCGAGTGC
GATATGGCAAAGCCAAAGCTCCCATCCAAGACATCTGGTACCACGAGGATCGGATTAGAGCGAAGTTTTATTCAGTGTATGGGTCTGGTCAAAGAGCTTT
TGATCTATTCAATCCAAACTTCAAGTCTACCTGTCAACGGTTTGTGGAGAAGTACACTGAGCTACAGAAACTTGGAGAAACAGATGAAGAGAAGTTATTT
GTGGAAACAGGGAAGGCTTTATTGGCAGAAGGTGTCATTTTAAGACGAGTAGGCGAAGCAAGGACTCAACACGGAGGTAGTCACGTTTCCCGGAAATCCG
AACACTTGAGTGTCAGACCACAGACTGCGTTGGAAGAAAACGAGACTCAGAAAGAAGTTCCACAGGACCAGCATTTGGAGGCACCTGCAGACCAGTCGAA
AGGTCTCTTGCCTCCCTGAAGGACCTGTATACTGTGTATGCTGGCATTCACACTCTACTCACTGGCTGAATGTTGAGCTATTTTTAAACAGTTGAACTGT
GTAAATGTTTCTTGATCTCTAAGGTATTATGTTTGCCTTCTCTTAGTTATTTCTGGGTTGTCACAAAGCTCAGTATCATGGTTTGACAGAAGCAGTTATG
TGAACTTTTATGTTAGGACATTACTAAATAAAGAATTCCCTAGCTGCTTATAAAGTAAATTTACTTTGAATTGTAAATAACATGAAGAAACCTTTATAAA
GATTGTTCAAATGGGACTCAATCTGACTAGGCTTGCTTTGATGTTTGTTAGTATGTGGGCTGGCTACATCTGATTCCCGGGTACATATTTCTTCTGATCC
ATCAGACTTATACGTGTACACATGTTGTGGAACCTTGGCTAGCTGGTTTTGTCTGCAGAGAATCTTTGTACTTCTTGCTATAGAACGATTATCTCTCCAC
TTGAGAGGCCAAGCTGACTTGCGCTTTGTGGTAAGAGTGAGGACCTGTCATTGCTGATACACAAAGACCAAAACTGTAACTTTAATGTCATGGATTGAGT
GTGCTGGAGACAGTTAACATAGGCCTGCACAGACTAGGCTGTTCAGTAAATACTTGTTGAATGAATGAGTGAACGAATGGTTATATCCAGCTAAAGACTG
GATTCATATGGTGTAGATAACAGGATTGCCAAGAAAGGAGGCAGCTAATTTAGGTGATGCTCTCCACCAGCATCCACCTGCCTCCCTGGGGCCAAAGTGT
GCCTACAAGTCCTTATCAACTTCCCTGCCTTCCTCGTTTCCCCAGGTTTTACTAAATACATGAAATATCCCTCTGAGATTGCAGCCTTTGTATATGTGGT
CAAGCCAGTGGTTTTTAGCTGTTAGTAGTAAGCTGCTTCAGAAATTCCCTATTTTAAAACTCATGTAGATTTTCTACCCAGTGATTCTTTGTGTATGCTC
TCATCTCTCCTGGTACACTGTGAGGCAGGTCCACATCTCACAGTCTGTATATAGTACACATCCATGCACGTGGGTGCTTGGTTCATGCAGGTGAATGAAT
ACATTAGGCAAAAGCAGCTCTCAGCCATGCTGCTTCCCCCTCGACCTTTATCACTGTTTCACAACTGCTTGCATTTGGAGAATGCTTTACTTTTCCGTAG
GGAAGTAAATTTCATCCATTCAGAGACATTACACAACCATTGAGACCAAACATCGGGCCAGACCTTGGGAAGAGGACTTAAAAAGCAGGTGAAAGACACA
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TTTTTTTTTTTTGCGATGGAGTATCACTTTGTTTCCCAGGCTGGAGTACAGTGGAGCCATCTTGGCCCACTGCAACCTCCGCCTCCCAGGTTCAAGCAGT
TCTTCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGTGTATGCTATGACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAAACGGGCTTTTAACCATGTT
GCCCAGGCTGATCTCAAACTGCTGGCCTCAAGTGATCCACCCATCTCAACCTCCCAAAATGCTGGGATTACGGGTGTTAGCCACCATGCCTGGCCTTAAT
TTTTTTTTTTTTTAATTTTGTTTTAGGAGATGGGGGTCTCACTGTGTTACCCAGGCTGGGTGCAGTGGTGCATACCCTGCCGCAGTCTTAACTCCTGGGC
TGAAGCCATCCTGGCTCACTTCCCGAATAGCTAGGACTATAGGCATGTGCCACCACGCCTGGCTCTTTAACATTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTGTAGAG
ATGGAGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTGGCCTGGTCTCAAACTCCTGGCCTCAAGCGATCCTCCTGCCTCAGCCGCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCCT
GAGCGACCGTACTGGGGCTGAAGACTTTTAAAGAAGTTATTTGTTGCATAATTCTTTAAAAAAATTATACATGCACATGGTTCAAAACTTAACAGTAAAA
AGCTAGTCTCCCACCCCTGTTCCCCAGCCACCCTTTTCCCCTTCCCTGAGGCCATCACTATCACCATTTCCTTGTGCGCTCTTCCAGAAATATTTTGGGC
ATGGACAGGACACTATGCATACTGTTCTGTACCTTGCTTTTCTAGTTACTATGTCTCAGAGATCCACTGTGATTTAATCAGTGCCCGATTGAAGAAAATG
TTCTTTGTTTTACTGTGTTGCAAATGGGCTGCTAGAGTTATGGGATGCTGGATCAAGGAGCAGATCATTTTGAGTTTTGATATCTTCGTCCATAGAAATT
GTGCTTAACTATACTCTCATAGCAATGTATGAGAATGCGTTCCCCTACACATTCTGATCTTGTTAAACCAGACTGGGACTCTGGACCAGAAGGGAAAGAC
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TGGCTTTAAAGAGCTTAAAATCAGGCCGGGCTCCATGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAG
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GGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTGGAACCCAGGAGGCAGAGGCTGCAGTTGAGCCGAGATTGTGCCACTGCACTCCAGCTTGGGCGACAGAGCAAGAC
CCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCTTAAAATCGAGTTGGGACTACAAGAGTGACTTGTGAAACAGCAAGATGAACAGGAATCCTTTTAAACTTTG
ATATAAAAGTACAGTAGAGGTTCAGGGGCAAGGAATCAGTTCTGGATTTGTCTAGGAATACTGCATGAGAGCCTGGAAAGGCAGTGGGATGGACATGTAC
ATGCGGTTTCTTTGGGCAGGAACACCCTCCCTTCTACCATGGTCTGTAGGAATTGAACCTTCCGTGCCGTTTTCAAATGCTGTCTGTGCTCGGAAAATAC
ATAATATCAAGTCCCTTACTGAACCCCCTACAGATTGTGTTCATAAGGTGCTTCACTGCTGTTGGTCTACCTGGCCTACTGTTTGTACTCCTGCCTCATT
TACTGTGGCCTTCATTCAAGTAGTAATGATTATTTACCTATTAAGAGTATAGGGTGGGCGTGGTGGCTCATGTAATCCCAGCACTTTGGGAAGTCAAGAT
GGGTAGATCACTTGAAGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACATGATGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAGTTAGCTGGATGTGGTGGCAG
CCTCCTGTAATCCCAACTACTCGGCAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGTGGAGGTTACAGTGAGCTGAGATCATGCTACAGCACCCCA
GCCTGGGCGACAGAAGAGAGACACTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTATAAAGGAGGGCAGAAATTCTTATTCTTTTAACCCATTGAAACATTAAA
CAGCCTTTCAGGAGCAGACCCTCCTACGGATTTGCTGAATCCAAGGCGAGGAAGGCATATATCCAGGTTACAGTGAAGTTTGCCCCAGACAAGTAATGAA
GATTTGGGTTCTAGATCTGGATACTCCAGGCAGTTTTTACTATGTGACCCTGTGCCTGTCACAGTATTTCAGCCTGTAAAATATGGACAATGTTTGCCTT
TTTGGCTTCCAGTTAGCTTTGTGAGGATTAATTGAGATGAGTGCAAAGCTCATTTGTAATGTGTGGCTGGTGGTTTTATTACTATTTTGAGCAGTAGTGG
AAAAGCCCATTTGAACTGGTAGGATGAGATAAGATCATGGTGGCCTTGACAACTACATGGAGGAGCCAGTTGGGTATGGGAAAGTTTGAGCAGGGAAAGA
AAGAATGTAGTGAAAGCAGTGTCAGGTCAAAGAAAGGTTTGCCTAGGAGTGATGTAAAGAATGGGATGGAGGAGTGGGCAGGGAAGGAGGAAAGAGGAGA
CATGTCAGAGGGACCAAAAAGGAGGCAGCAAGTCCAAGGTCACAAACCTGAGTGACTAGAAAACTTAGCAGCATCACTAACACCCAGTTGGTGACGTGGA
ACTGGTGCTCTCCTGGGAGAGAGCTTCAATTCTCAACCTACTAAGTTGAAGGTGATGGTGCTATATCTAAGTGGCAGACAGAGATAAGGGATAGGTGTCT
ACAGGGGCAAGATTTGGAGCCAGGAGAAGAAATGAGCTCTCCAAGGGTAGTGGGGAGAGATCTGGGATGTTGGGGGCTGGCAGGTAAATGCTTTAAGTGA
TAGAATAGGAGGAATGAGAAAGCCAGCAAAAGAAATTCACGTCCCATGTCTTCCATCATCTATATGTCTGACTTGTTTAAGTGGTCCTGGATTCACCAAA
TTTTATAGAGCTCTGCCTCTGCCTTTATTGGGTAGGCCTGATTTTTGATGATGTCCTTAAAAGGCTAGCCTGATTCTTCTTGTAGTTTTGTAGAACACTT
TGTATCGAGAGTTCTCTGATAATGAAAGTGGTATTACAGAATAATCTGCCCCCGAAGGACTCCTGATTTTGTTAAAGTGATACCTTTCTCTGTAAATAAA
TGATGGCGTGCCACTTAAAAA

Loop counts:

4 nts: 2
7 nts: 5
8 nts: 2

Tetra-loop variants:

CAUC    1
AAUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 1
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 2
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 1
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0