Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GAGATGGAAGCCAGCCTCCGCTAGGCCCGGAAGCCTCGTCTGAGGGGGCGGGGGACGGAGGAGGGAGCGGGAGTCGAGCGAGAGCCTGTGGAGGAGTCCG
CCTGCTGTAGCGTGCGTAAGCAAGGCAGCTACGCCGGGCGGCTACGCTGCGGAATCGGCGTAGGCGCCTTTGGAGAATCGGCGGGCTGCGCTCCGCTGGG
GCTGGTCGCGGAGGGGGGGAGGGGATGTCGGTCAGTGCGAGATCCGCTGCTGCTGAGGAGAGGAGCGTCAACAGCAGCACCATGGGTCAGCAACAGAAGA
ACCTTGAAGGCTATGTGGGATTTGCCAATCTCCCAAATCAAGTATACAGAAAATCGGTGAAGAGAGGTTTTGAATTCACGCTTATGGTAGTGGGTGAATC
TGGATTGGGAAAGTCGACATTAATCAACTCATTATTCCTCACAGATTTGTATTCTCCAGAGTATCCAGGTCCTTCTCATAGAATTAAAAAGACTGTACAG
GTGGAACAATCCAAAGTTTTAATCAAAGAAGGTGGTGTTCAGTTGCTGCTCACAATAGTTGATACCCCAGGATTTGGAGATGCAGTGGATAATAGTAATT
GCTGGCAGCCTGTTATCGACTACATTGATAGTAAATTTGAGGACTACCTAAATGCAGAATCACGAGTGAACAGACGTCAGATGCCTGATAACAGGGTGCA
GTGTTGTTTATACTTCATTGCTCCTTCAGGACATGGACTTAAACCATTGGATATTGAGTTTATGAAGCGTTTGCATGAAAAAGTGAATATCATCCCACTT
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CAAAAGGGTCAGAGGAAGGCAGTATCCTTGGGGTGTTGCTGAAGTTGAAAATGGTGAACATTGTGATTTTACAATCCTAAGAAATATGTTGATAAGAACA
CACATGCAGGACTTGAAAGATGTTACTAATAATGTCCACTATGAGAACTACAGAAGCAGAAAACTTGCAGCTGTGACTTATAATGGAGTTGATAACAACA
AGAATAAAGGGCAGCTGACTAAGAGCCCTCTGGCACAAATGGAAGAAGAAAGAAGGGAGCATGTAGCTAAAATGAAGAAGATGGAGATGGAGATGGAGCA
GGTGTTTGAGATGAAGGTCAAAGAAAAAGTTCAAAAACTGAAGGACTCTGAAGCTGAGCTCCAGCGGCGCCATGAGCAAATGAAAAAGAATTTGGAAGCA
CAGCACAAAGAATTGGAGGAAAAACGTCGTCAGTTCGAGGATGAGAAAGCAAACTGGGAAGCTCAACAACGTATTTTAGAACAACAGAACTCTTCAAGAA
CCTTGGAAAAGAACAAGAAGAAAGGGAAGATCTTTTAAACTCTCTATTGACCACCAGTTAACGTATTAGTTGCCAATATGCCAGCTTGGACATCAGTGTT
TGTTGGATCCGTTTGACCAATTTGCACCAGTTTTATCCATAATGATGGATTTAACAGCATGACAAAAATTATTTTTTTTTTTGTTCTTGATGGAGATTAA
GATGCCTTGAATTGTCTAGGGTGTTCTGTACTTAGAAAGTAAGAGCTCTAAGTACCTTTCCTACATTTTCTTTTTTTATTAAACAGATATCTTCAGTTTA
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TAACATTTAATTTAGATATTTTCCATATATTGGCACTGCTAAAATAGAATATAGCATCTTTCATATGGTAGGAACCAACAAGGAAACTTTCCTTTAACTC
CCTTTTTACACTTTATGGTAAGTAGCAGGGGGGGAAATGCATTTATAGATCATTTCTAGGCAAAATTGTGAAGCTAATGACCAACCTGTTTCTACCTATA
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ATTGCAGGCGTGCACCACCACGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGCAGCCTCCCAAAGTTCTGGGATTACAGGCATGAGCCGTCATGCCTGGCCTCTGA
GAACAGTTTCTGACTCATTCAGATTAGGTATACTCTCAAGTCCCTGGAAACTGAAATTTTTTTTAACTGTAAAGAGGGTAGTGTCATTTCTTTTCTTAAG
GTCAAGTGACATAGATTTTAATGTAATGCATAATTTAGGTAAGAAATTAATTAATGTAGCCTAGTTTATTATCTTGAAATGTTTTACCCTATTTACTTTT
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GTTAACACCTCTAGCCAAAATTGTTTGGTTTTAGGGAGGCTAACAATAACCTACTGAATTTGGAAAATGCAAAGGTAAAAAATGTATATAGACTGCCTGC
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GAAAACTTTCAGAAGTCTTTCTTTATCCATGGCATGCCCAGGGTTTTACCTGAATCTGATACAGGATCTATATAACTTTACTAGGACTTTTGATTGTTGA
CTCCAGGCTTAGGTATATCAGAAGGTTCTTTTTGCCATTTGGCCTGTGGATGTCTGAGAAGATCATTCACAATACATGTAAAATTCAGGTAGGCCTAAGG
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TAAGTGGGGCTGAACAAGTAAGCACTAATAATACCAGTGAACCACTTGGGCACCTTGTGGGTAGAGTTTTGCTGCCACCTAGTGGAATGGGATATCATTG
CTTCCATATCAGGTTCACAAGCAAGTTAAGTGGGCACAGTTTATTTCTGTGTAGCTCAGGCTGTAATCTTGAAAGCTGAGGAGATACCCATGCCTCTCAG
ACTCATTAGCTGGGTGTCACATTACCACCTGCACATTCTGACCCACCGCATCTTAATATGTTTTGTCCTCTTGGAGAAACTAGGAGTAGAAGTCAGGATA
TGGTAGGTAAGGGGGAAAAAGGAAAGACGGCTTGATAGCTATGAATGCATGAGGAGCGAAATGTTGACTCAGTTATCTAGATCATGGTCTCCAAACCTGA
TGCTATTTCCTTACAAAAATATTTGTTGAGCATGTGTCCATAATTATATGTATTGAACAATGAAAATATGTGTCAACAAATGTACTGCTACACTAATGTG
AACATTATGGAACAAAATTTGAAAGAGTGAAATAAAAGGTTTACACTTTC

Loop counts:

3 nts: 2
10 nts: 1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0