Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
CTCTTGACCCCACCTACACTACGACGACGGACGCTCGAGAACGCTGCACCGCGCCCCGCAGGAAGTGCTTCCCTGGGCGGAAGCTTCTGAGCGTGATATA
GCGGAAGTGCCTTCTCTTCCGGTCTTTCTGGTCTCGGCCGCAGAAGCGAGATGACGAAGGGAACGTCATCGTTTGGAAAGCGTCGCAATAAGACGCACAC
GTTGTGCCGCCGCTGTGGCTCTAAGGCCTACCACCTTCAGAAGTCGACCTGTGGCAAATGTGGCTACCCTGCCAAGCGCAAGAGAAAGTATAACTGGAGT
GCCAAGGCTAAAAGACGAAATACCACCGGAACTGGTCGAATGAGGCACCTAAAAATTGTATACCGCAGATTCAGGCATGGATTCCGTGAAGGAACAACAC
CTAAACCCAAGAGGGCAGCTGTTGCAGCATCCAGTTCATCTTAAGAATGTCAACGATTAGTCATGCAATAAATGTTCTGGTTTTAAAAAATACATATCTG
GTTTTGGTAAGGTATTTTTAATCAATTAGGCTTGTAGTATCAGTGAAATACTGTAGGTTTAGGGACTGGGCTAGCTTCATATCAGATTTACTTGTTAAGT
GACTGTTTTGGAATGTTTACTTTTGGACTGGGTTTGTAACACGGTTAAAGGCAATGAGAAACAAGCAGAATTCCAGGAGTCCTTGAAGCAGAGGGCACTG
GAAGACAATATAGCAGATTAAAATAGCACAGCTCATGTGGCATAGGTGGGTATTTTAGATGTTTGAGTAAATTTGAAAGAGTATGATGTTTAAATTACCT
TTAGCAACATGTTCATCTGCTATGCTGTCATGACTAGGGGGATGATTATTAGTCACATAGAGCTTGGGAGTACCACTGGAAACGTATGGGTAGGAGTTTA
GGTGGCTTCTGTTTTTCAAAAGATGATCTTATCCTAGTATCTGTAATGCTCACTTGGCACACCTGACTTGTGGGCTGTGTGTAAGGTGGCTAGCTAAGTG
AAAAAAGCCTGCTAGGTGTGAGTCAACTTAAGAATATGTAAATAGGTTTGAGAAAAAGTAGGGCTTGGGTGCAAGTAAAGATTGAGCAGGAAATAAAGGA
AAATCAAGTATAATCCCTGAGATTTGTAGACTAAAGGCAATGATGTGGGACTACTTGGTCGAATTTTTTTAGCCCTCAACTTGGTAATTGGGTGTTTCTG
TGTTAAAGCACTGAAACTTGCTGTCGTGCCTTCCTAGTTTTCGTGGTTTATTGACAGGGTTGGGGGTTTTTTTTGTTTTTTTAAAATGAAGGGACAAAGT
CAACTGGACTGCTGAGTGAGAGGGCAGGGGCAGTTGAAGGGAACATGAATTGCTGGAACAGCTACATAAAATAGTGATGTAGCCAAGTCATGCTATTTAA
ATTATAATTCTCCACTGTGTTTAGAATAACATCTGAGGTTCTTAACCTGGCCTTGGAAGGGTATCACTTTTACTTGTAACCTGGAATGGCTTTATAATGT
GCTAGCTAATTGCTACTCTCATCTTGTATTTTAACTCCTAATTTACCCTTCAGGTCTCAGCTTCAGAACATTCACTTATAAAGAAACCCTGCTGATTAAA
TCTCTCTTGGGCTTCCTCCCGAAATGTGAGACTATACTTTAAAGATGTATGGTTAGAGTCCAATTGCCATTGCCTTTCTTGTTTACAGATAGTGCAATGG
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ACACCTGGCTAATTTTTGTGTTTTTTGTAGAGATGGAGATTCACTCGACTAATTCTTTTTGTATTCTTAGTAGAGACTGGGTTTCAACATGTTGACCAGG
CTGGTCTCGAACTCGACCTCGTGATCCGCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACAGGCGTGAGCCACCACTCCCGGCTGTCATCATCAAATTTTC
AAGTGAAGATAGTCTGTTGAAGATTGAACAATGACCTTGAAAGACAGCTGAGTTGCTGTGGGTATAATGTAAAGCTGGTGAAGTTTGGCCAGTTTGGGCT
TCAGAAGTCTAAGTCTAGTGAAGGTACCCTGACCCCCATATAAACAACCCTTGAGGCCGGTGTGGTGGCTCACGGCTGTAATCCTGGCACTTTGGGAGGC
CGAGGTGGGCGGATCACAAGGTCAAGAGATCGAGATCACCCTGGCCCACATGGTGAGACCCCAACTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTG
GCATGTGCCTGTAGTCTTAGCTACTTGAGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCACTGTGC
TCCAGCCTGGTGGCACAGTGAGACTCCACCTCAAAAAAAAAAAAAAATCCTTGAACTAATGACTCAAATTTTCAAATGAAACAAAATAAGCAGTGGATCT
TGCATTGGAGATGGAGTTAAACTATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGGACTCCTGGTTTCAAGTGATCCTCTCATCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACA
GGGACGAGCCACCACACCCCACCTATTGTCTATATTTCTATCTTTAACAGCACTTCAGTCCTGCCTTAAGTTATAGTTATGTATAGATACCCATTATACT
TTAAATTTTTCAGCAGAAATTATGCTTTTATCTTCTCTGCAGTGTTATATGTTGGTGTGCAAAAATGTTAAATTTATTTTTCCTAAGTACCCCATCTGCT
TTTCAACTCTGTCCTCTGCCTGAAAAGCCTCCCTCCAGCCCCTACTTCCCTCCCATCTTAGTTCACAAAGTCAGGTTGATTTGCCCCCAGCTGTCAAAGC
AGACTACCTGTTTCCACATGTAACTGGTTATGTTCTGTAAAGTTACAAAAATAGAAAGGTTGAATCTGTGGCGGCCGGGTACGGTAGCTCACGTCCTATA
GTCGCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGCAGTTCACGTGAGGTGGGGAGTTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATA
CAAAAATATTAGCCGGGCGTGGTGGTGCATGCCTGTAATCCCAGCTACTAGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGACGGAGGTTGCGG
TGAGCTGCAGAGGCCTCACCTCTAATTGAGACACAATTATATATTGTTGATATATATATATATATATATACACACACACACACACACTATGATGGATAAA
TGCATGAGTTTCTGTGAGAGCATTGGAAAGGAGTTTGTCACTCAATAGGTGAAGCCAGGCTAAGATTTAAGCTGAGCCAGGGAGGACTTGAAGGAATCAT
GATGAGAGAGAAGGTAAGTGGCTTTGCCAGCAATGAAACAGCTGACATAATGGTAACCAGTCAGAGGAGGGCATAACTATGAAACTGGACACCTTGGTTG
TCAGGTTAGAAGGATGGGGTGTAGGGTTGGTAAGAAAAGAATTCAGGGAAGAGCAGCGATCAGATTATGAAGAATTTGTCTTGAGAAATTACAGAGGATT
TAAACCAGAATGTTAGGAATAGTTATTCTAGCAAGATGAATGTGGAAAGTGTTAGTGTGCATGTGATGAGTCTTGAAGCTGGAAACTAGGTAACAGGTTC
TTAAATAGTTCATGTGAAAATCATGACAGACTAAGGCAGTGGCTGTGGGGCTGTCCGGGAGTTCTCTACAGAAAACATCTAAAACTTGAATGTGCAAGTG
AGTAGCTAACTTCCAAGCTTCCCATTTCTGTATAATTTAAGCATGAAAATGAGAACACTGAGATTTGATAGGCATGTAGAAGTCAGAGTAAGCAAGAGGG
CTTGAGTTCATCGATGAACTTCAGTAACTATCCTTGACTTAGTATTGGTGGAAACCATTTGTGAATTTACAGACTCCAAAAACAAAAAGATAATTTAGAG
TCTCAAAGTAAGATTTGGGGAGATGTCCATTGGAGACAGAAGTGGAGAGAGGGAGAAGTTCATTTGTTGACATATTTATGTATGGTGCACCTACTGTGTG
CCAAGCCATGTTAGAGATACAGTGGGAGCAAAACCAGATGTGTTTTCTGCCCTCTGACTCCAGTGGTTGCAGAATTAGCCCAGGAACTAGAATTGGATGG
AGTCACACAAACCAAGGAAGGGGATTGTTTGAGGGGGGCACTCAGTCACATGTGGCTGAGGCCAAAGAGAATGAAGATATATTTTAAAATTCTGGATTTG
GCAAAATTTAGGCTAGTCTTTACTTTTCATAAACCTCTCTCATGTTAGAGCAGCAAAGAAAAACCAGTTTGCCAAGAGGTCACGAGATTGGGCAGTGAGG
AATGGGGAGTTTAGTTTAAAAGACAACACTAGATACTTTTGGAAGTTTACCTATTCTGTGGTTCCCTTTTATTGACTAAATGGTGCCCTTCATTCATGAA
GCAAGTATCTATTTAGTGACTACTATGTGTCAAAAGCTATCTAGGCCCAGAAACTTTTAAGTGGAAAACAAAACAAAGACCCTGCCCTGACAGATTTCAA
TCATGTATATACTGTATGTATGTTTGTGGAAGGTGACATAATAGACAATTGCAGATAGTGATAAGTGTGTAAGACAAGGATACCACGAGCGTAATAGACA
GTGGGGATGGAGGAACCTTTAGAAGGTTGGTTAAGTTGAATGATAAGGAGCCATTCTTTTGTCTTTACCTGAATGACTTATCATTCAGCCCTTTTTGAGT
TTTGGGTTGCTTGCAGAGTTTAACCTTGCCTGTAATTGAAACTTAATTTTGTAATAGCATAACTTCATGTAAGAAAAGCAAAGCAATACATTACAGAATT
ATTTTACTGAAGAACTTGTTTCAGAGAAAGAGGCTGTTTCACATTTATTAGCACATTTGGATTATATTTAGGTGTTTTATTTTTTTTTAAACAAAGGAGT
TTGGATCATAATACAAGAGAAGCACAGGGCAAAGACACTGCATAACCTCAAGAACTAAGAATGGAAGGACTGGCCAGGCCTGGTGGTGCACACCTGTAAT
CCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCGAGAGAATCGCTTGAGCCTGGGGGGCAGAGGTTGCAGTGAGCTGAGAGAACGGCGGGCGGCAGAGCGAGACTCCAT
CTCAAAAAAAAAAAAGGATAAAGGAAGGACTTAAGCAAAATCTTCCTTGTAAGTAGAAGGATGTTTTGACAAGAAAAGTTGCAATGGAAAAATGGTTCTC
ATGTACACGAGTATGTAGAATAAGCATCGTGTGTGGATTGGATTCAGATCAAAACATTGCTTTTATGTTTGTGTCTTTATACGGTGGGAGTATACCCTGG
TGCCCCAGGATGAAGACTTGACCTGACCCATGTATTTTTAGATTACTCACAGATAACAAAAAGTATTTTCATCATGATTAGTTGCGAAAACAGTTTTATT
TCAATAGGTAAAACGTGCAGTCCTATGTAATCGTCAGAAGGTAATCTTAATTATAGCTTGGGTGTGCTTTAAACTGCAAGCTGGCAGTGGAGGGCACGAT
TCCTCTGATTTCAGCTTTCTCCTTATACTTTTCTGGAGCTGTGAGCTGCAAGTTAACTCAGTGGGATTAAAGTGTAGACTGGAGGTACAAAAGGTGAGGA
GTGAGGAGATAGGGTAGTTCTTCCTTGGCTGGCTGGCTTCATAATCCCTGGGCCCCGCAGATAATTAAATCGACTTTTTCTGTCTCAGGCATTTGTATGA
CCTCTTTGGAGGTTCCCTGCTGGGTAGTTATCCTTGTATCTGATGGACCCATCTCAATTTAAAATACTCTGCCAGGTTCGGAGGTTCATGCTTGTCATCC
CAGCACTTTGGGAGGCTCAGAGGTGCCATTGGCTTGAGCCCAAGAGTTTGAGACCAGCCTGGGCAACCTGGTGAAACCTCTTCTCCATTAAAAATACAAA
AAATTAGCCAGGCATGGTGGTATGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGGAGCTGAGGTGGAAGGATTGCTTGAGCCTGGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAAC
CTTGATTGTGCCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAAAGACCCTGTCTCAAGAAAAGTCTGTAATTCTTTCCTAACCCTTAGTATCCAGCCTCAGTCCTGA
GGTTTTCTTTACCTCTGGGGGCTATTTTATGCCGGCTCTCTCCTGAGTGTCACACATCTGGTCCTCAGGAAACATTCTCACATCCCTGGCCTGAAAAAAA
CAATTTCAGGGAGATCGCATGGCAGCAGCCCTCTCTGGGCTCCCCAGCTAAATGGTTGTACGAAACACATTTCAAAGCTCTCTGAAGGGCTTCCTTGAAG
TTCCTTTCACTGGGTTTCAAAGTAGAAGGTAGTAACTCCTTTGTCCAAGAAGGCTGAATTGAGCACTTAACAATTCTCCAAAGAAATTTCTTCATTGGTC
TCTATCCTAGACCCCTTCTGTATCCTTGATATGGCTGAGGATTCTAAAAAATGACCAGTCTTACATGGGAGGGCTGGGATATAAAAAATAAAATAATAAA
TAATGATAAAAACTGAAAACTGACCACGTTCTTGGATATGTTTTCTTTGGGTTGTGTGTGTGTGTGAGACTTTTGATAGTTACCCAAAGTAGGAAAAATC
CCATTCTAATAAGGTTATATTTATGTAGCTCTGCAAATAAACATCTAGCAAATGTAAAAAGTATTTTCTTTGCCTTAAAAATGATTAAAATTATTTGAAC
TCCTGAGGAGTGTTATATGAATAAAATTAGTAAGTTATTTGGAGGAAAGTTATTTTTTAAAAAGACAACTGGTAAAACAGTACAGGAGAAAGGCCAGCTT
CCTCAAGTGAGGACAGTTGTTTAGAATTGACTGAGGAGCGGCCGGGTGCGGAGGCTCACATCTGTAATCCCACACGCCTTGGGAGGCTCTGAGGCGGGTA
GATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCCACTAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGCAGTGGCACACACC
TGTAATCCCAGCTACTCCGAAGGCTGAGGCAGGAGGATCACCTGAGCCCAGGAAGTTGAGACTGCAGTGAGCTGAGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTC
AGTGACAGCGAGACTGTCTCAAAAAAAGAAAAAAGTGACTGAGGAGGAAGAGGCCAGGTGGCAAATGGAACAGAATCACCAAAGGGTGAACAGGACTAAG
GCAATGTAGTGTATGGCTCAGCTACGTCAGAGTGGAAAAGGTGTTATTAGAGCAGAAACTATGGTCCCTGCGTCACAGGGAAGCAACCTACAGAGAAGCA
GCAGCTCCCCAAGAGAGGAGAGATAAGAAGCCAGAAGCCTCAGAGTGAACAATTGTCCTATTAGGGATTGCTCTAGAGAGAGAAACCTCTGGGAACGTAC
CCCTGTGAGGCAGCACAGCACAATGCTTTTAGAATTGTATGAGAGTTGATATATCTCCATTTGTTTTGCAAAGGCAAAAACTAAGATACAGAGATTATCT
GTTAAAGTTATGTATTTCTTTGGTAATAAAGATGCTGACAGTGTTGCTGGAATGCATTTCTTTAATAAAGATATTGTACAATGAAA

Loop counts:

5 nts: 1
7 nts: 3

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
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U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0