Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

AGGGCGCTCCAGGCGACAGCACTGCAGACGCCATTATCCTCTGTTTCTCTGCTGCACCGACCTCGACGTCTTGCCTGTGTCCCACTTGTTCGCGGCCTAT
AGGCTACTGCAGCACTGGGGTGTCAGTTGTTGGTCCGACCCAGAACGCTTCAGTTCTGCTCTGCAAGGATATATAATAACTGATTGGTGTGCCCGTTTAA
TAAAAGAATATGGAAACTGAACAGCCAGAAGAAACCTTCCCTAACACTGAAACCAATGGTGAATTTGGTAAACGCCCTGCAGAAGATATGGAAGAGGAAC
AAGCATTTAAAAGATCTAGAAACACTGATGAGATGGTTGAATTACGCATTCTGCTTCAGAGCAAGAATGCTGGGGCAGTGATTGGAAAAGGAGGCAAGAA
TATTAAGGCTCTCCGTACAGACTACAATGCCAGTGTTTCAGTCCCAGACAGCAGTGGCCCCGAGCGCATATTGAGTATCAGTGCTGATATTGAAACAATT
GGAGAAATTCTGAAGAAAATCATCCCTACCTTGGAAGAGGGCCTGCAGTTGCCATCACCCACTGCAACCAGCCAGCTCCCGCTCGAATCTGATGCTGTGG
AATGCTTAAATTACCAACACTATAAAGGAAGTGACTTTGACTGCGAGTTGAGGCTGTTGATTCATCAGAGTCTAGCAGGAGGAATTATTGGGGTCAAAGG
TGCTAAAATCAAAGAACTTCGAGAGAACACTCAAACCACCATCAAGCTTTTCCAGGAATGCTGTCCTCATTCCACTGACAGAGTTGTTCTTATTGGAGGA
AAACCCGATAGGGTTGTAGAGTGCATAAAGATCATCCTTGATCTTATATCTGAGTCTCCCATCAAAGGACGTGCACAGCCTTATGATCCCAATTTTTACG
ATGAAACCTATGATTATGGTGGTTTTACAATGATGTTTGATGACCGTCGCGGACGCCCAGTGGGATTTCCCATGCGGGGAAGAGGTGGTTTTGACAGAAT
GCCTCCTGGTCGGGGTGGGCGTCCCATGCCTCCATCTAGAAGAGATTATGATGATATGAGCCCTCGTCGAGGACCACCTCCCCCTCCTCCCGGACGAGGC
GGCCGGGGTGGTAGCAGAGCTCGGAATCTTCCTCTTCCTCCACCACCACCACCTAGAGGGGGAGACCTCATGGCCTATGACAGAAGAGGGAGACCTGGAG
ACCGTTACGACGGCATGGTTGGTTTCAGTGCTGATGAAACTTGGGACTCTGCAATAGATACATGGAGCCCATCAGAATGGCAGATGGCTTATGAACCACA
GGGTGGCTCCGGATATGATTATTCCTATGCAGGGGGTCGTGGCTCATATGGTGATCTTGGTGGACCTATTATTACTACACAAGTAACTATTCCCAAAGAT
TTGGCTGGATCTATTATTGGCAAAGGTGGTCAGCGGATTAAACAAATCCGTCATGAGTCGGGAGCTTCGATCAAAATTGATGAGCCTTTAGAAGGATCCG
AAGATCGGATCATTACCATTACAGGAACACAGGACCAGATACAGAATGCACAGTATTTGCTGCAGAACAGTGTGAAGCAGTATGCAGATGTTGAAGGATT
CTAATGCAAGATATTTTTTCTTTTTTATAGTGTGAAGCAGTATTCTGGAAAGTTTTTCTAAGACTAGTGAAGAACTGAAGGAGTCCTGCATCTTTTTTTT
TTTATCTGCTTCTGTTTAAAAAGCCAACATTCCTCTGCTTCATAGGTGTTCTGCATTTGAGGTGTAGTGAAATCTTTGCTGTTCACCAGATGTAATGTTT
TAGTTCCTTACAAACAGGGTTGGGGGGGGGAAGGGCGTGCAAAAACTAACATTGAAATTTTGAAACAGCAGCAGAGTGAGTGGATTTTATTTTTCGTTAT
TGTTGGTGGTTTAAAAAATTCCCCCCATGTAATTATTGTGAACACCTTGCTTTGTGGTCACTGTAACATTTGGGGGGTGGGACAGGGAGGAAAAGTAACA
ATAGTCCACATGTCCCTGGCATCTGTTCAGAGCAGTGTGCAGAATGTAATGCTCTTTTGTAAGAAACGTTTTATGATTTTTAAAATAAATTTAGTGAACC
TATTTTTGGTGGTCATTTTTTTTTTAAGACAGTCATTTTAAAATGGTGGCTGAATTTCCCAACCCACCCCCAAACTAAACACTAAGTTTAATTTTCAGCT
CCTCTGTTGGACATATAAGTGCATCTCTTGTTGGACATAGGCAAAATAACTTGGCAAACTTAGTTCTGGTGATTTCTTGATGGTTTGGAAGTCTATTGCT
GGGAAGAAATTCCATCATACATATTCATGCTTATAATAAGCTGGGGATTTTTTGTTTGTTTTTGCAAATGCTTGCCCCTACTTTTCAACAATTTTCTATG
TTAGTTGTGAAGAACTAAGGTGGGGAGCAGTACTACAAGTTGAGTAATGGTATGAGTATATACCAGAATTCTGATTGGCAGCAAGTTTTATTAATCAGAA
TAACACTTGGTTATGGAAGTGACTAATGCTGAAAAAATTGATTATTTTTATTAGATAATTTCTCACCTATAGACTTAAACTGTCAATTTGCTCTAGTGTC
TTATTAGTTAAACTTTGTAAAATATATATATACTTGTTTTTCCATTGTATGCAAATTGAAAGAAAAAGATGTACCATTTCTCTGTTGTATGTTGGATTAT
GTAGGAAATGTTTGTGTACAATTCAAAAAAAAAAAAGATGAAAAAAGTTCCTGTGGATGTTTTGTGTAGTATCTTGGCATTTGTATTGATAGTTAAAATT
CACTTCCAAATAAATAAAACACCCATGATGCTAGATTTGATGTGTGCCCGATTTGAACAAGGGTTGATTGACACCTGTAAAATTTGTTGAAACGTTCCTC
TTAAAAGGAAATATAGTAATCTTATGTA

Loop counts:

3 nts: 7
4 nts: 6
5 nts: 3
6 nts: 2
7 nts: 3
8 nts: 2
9 nts: 1
10 nts: 2

Tetra-loop variants:

GACA    1
AAAC    1
UUUU    1
AGUA    1
GGAA    1
UCCU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 4
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 1
G x A bulge: 2
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 2
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 1
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 1
C x C bulge: 1