Annotated gene sequence

CTTTCCCCTTACTCCGCTCCCCTCTTTTCCCTCCCTCTCCTCCCCTTCCCTCTGTTCTCTCCTCCTCTTCCCCTCCCCTCCCCCGTCCGGAGCACTCTAT
ATTCAAGCCACCGTTTCCTGCTTCACAAAATGGCCACCGCACGCGACACCTACGGTCACGTGGCCTGCCGCCCTCTCAGTTTCGGGAATCTGCCTAGCTC
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GGGGGCGAAGAGGCCTAGGTTAACATTTTCAGGCGTCTTAGCCGGTGGAAAGCGGGAGACGCAAGTTCTCGCGAGATCTCGAGAACTCCGAGGCTGAGAC
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GGAACAAACACTCGCTTAGCAGCGGAAGACTCCGAGTTCTCGGTACTCTTCAGGGATGAGTCATGTGGCAGTGGAAAATGCGCTCGGGCTGGACCAGCAG
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TTTTGACAAATATTTATTTTTGTAAGCCTAAAAGTGATTCTTTGAAAGTTTAAAGAAACTTGACCAAAAGACAGTACAAAAACACTGGCACTTGAATGTT
GAATGTCACCGTATGCGTGAAATTATATATTTCGGGGTAGTGTGAGCTTTTAATGTTTAAGTCATATTAAACTCTTAAGTCAAATTAAGCAGACCCGGCG
TTGGCAGTGTAGCCATAACTTTCTGATGTTAGTAAAAACAAAATTGGCGACTTGAAATTAAATCATGCCAAGGTTTTGATACACTTGTCTTAAGATATTA
ATGAAACACTTCAAAACACTGATGTGAAGTGTCCAGATTCTCAGATGTTTGTTGTGTGGATTTTGTTTAGTTGTGTGTTTTTTTTTTTTTTTCAGTGAAT
GTCTGGCACATTGCAATCCTCAAACATGTGGTTATCTTTGTTGTATTGGCATAATCAGTGACTTGTACATTCAGCAATAGCATTTGAGCAAGTTTTATCA
GCAAGCAATATTTTCAGTTAATAAGGTTTCAAAAATCATGTAAGGATTTAAACTTGCTGAATGTAAAGATTGAACCTCAAGTCACTGTAGCTTTAGTAAT
TGCTTATTGTATTAGTTTAGATGCTAGCACTGCATGTGCTGTGCATATTCTGATTTTATTAAAATAAAAAGTTGAACTGCACAGTCTCCTTTGTTGTTGT
CAATTGTGGTTTATTTTCAGAGGTGTAAATAAAGTGCTCTTGCCTG

Loop counts:

3 nts: 1
4 nts: 2
5 nts: 2
6 nts: 2
7 nts: 1
8 nts: 1

Tetra-loop variants:

AACG    1
CAUU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 2
U x 0 bulge: 1
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 1
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 1
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 1
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0