Annotated gene sequence

Experiment = in vivo icSHAPE / NAI-N3 RefSeq = hg38 Cell = HEK293T Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.

stable secondary structure loop bulge/internal loop no SHAPE data coding sequence

GGGAGGGGCTATGCGAAAGAAGGCGGGGAGAGTGGGGTGGGGCCGCTCCTTGGAACGGAAGCGCGCGGCCTCGAGGCCCTTCCGGTGCGGGAGAAACTAC
TACTCCCATAATGCCCCGCGGTCCCGCGAGCTGCCAGTCTCGTCGCGAGAAGCAGCGGCCCGGGGCGACTGAGCGGACAAACGGAAGTGTAGGTTACGGT
CTGAGACATCACCGCCAAGCTGGGCATCGGGGAGATGGCCGAGACTGACCCCAAGACCGTGCAGGACCTCACCTCGGTGGTGCAGACACTCCTGCAGCAG
ATGCAAGATAAATTTCAGACCATGTCTGACCAGATCATTGGGAGAATTGATGATATGAGTAGTCGCATTGATGATCTGGAAAAGAATATCGCGGACCTCA
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GGCGGTTCTTGCATAACATTGTCAGATTTTTTAGTGTATTTCTGTGAAGTCATTTTTTTTCTTGTCATTCCTTTTGTAGTAGTTGCTGTTTGGATAAAAG
TTGATGTGTGATTTTTTATTAAACAAATAGTAAACCCTTCAATTATAGTTAGTCTTGGTGAAGTAAGATGTTTGTAGACTTTAGAGTTCTTTAATTCTTG
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TGCTCTGTTGCCAAAACTCAGAATAGAACTTAGACGTATGTCTGAGTCCCTGAGATCACATGCTAAAGTCGATGAAAAGTAACCACTGCCACTGTCTTGT
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TGAGGAGCGGGAGGAGGGCTTGCCAAGACTGGCATTGCAGGAGACTTGTCTCAGGTGTGTTCCCAGAACTCTTGCCCCTGGAGATGCTGCAGGAAGGAAG
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AGTTAATTTGCCCTTGTGAGTCCTTGGAATTTAAGCCCCACACACACACACTTAGAGCACTGTTGCTATGGGAACATAGAGTCCTCCAAACAAAAGTGAA
CTTTTTCAACATGCTGTTTGTAAATGGAAGCCTTCCCAAGCAGACACTGTGTTCCTCTTTTATTTTGTATTTTGCACATTATATATTTTGATTAGATTAA
AATGGAGGAATTTGCAGGATGTGTTGTCATATCTAGCCCTGAAAGTTAACTGGTTACAGTTACCAAATGTTCACAGCTAGCGCCATTGAAAGCATTGACT
GTAAACCGCTGTACTGTGCTAAGCCTTTTGTTTGCACTGTTTGGCTTAATCCTCACAACAACACTGAGAGGTTTTCATTTGATGAGTCATATTTAAAGAA
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TGGAGTGTTTTCAATTAAACATGACCTAAAATTAAGTAATAAACACACTGGATGTGAGTTTTTATTTGGAATTTAAACTATTCAGAGCTGGTAGAAAATG
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GAATATGAACCACAGGTTTTCACATTGGTTTTCCATGCCTATACCTGTCCTGTCTCCCACAAAAATTATTGCTTGAGGCCCAACCCGGGGGATAAAAAGA
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GGAAAAGGGTTTGTTTCAACAAGTCAGGATGACAGTATTTTAAAAAAGAAAAAAAGGCCAGCCTGGGCAATATACTGAGACTCCATCTCTACAAAAAAGT
AGAAAAATTAGCCCAGAGTGTGGTGGCACACATCTGTGCTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCATTTGAGCCCAGGAAGTCGAGGTTGCA
GTGAGCTGTGATCGGACGACTCCACTCCAGCCGGGGTGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAGGGCGGATCCTAACGCTTGGTCCTCAC
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GTAGATGCTGCCCTGCCTCATAAGAACACTCTTGACTGTCCTGCTTCACAATAATAATCTTCGCAATAATGATCTAATAATGGTCAAATTCTGTGTCTCT
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TGGATTCAGGATCCAGCAGCTTAGAAGCGTTTAGCTACCAATAGCAAAAATCAGCCCTTTTAACAATGGTGGGATGTATTATTTCACATGGCAAGAAGTC
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GCCAGGCGTGGTGGTGGGCGCTTGTAATCCCAGTTGCTCGGGAGGCTGAGGGAGGAGGATCGCTTGAACTCAGGAGGTGGAAGTTGCAGTGAGCCGAGAT
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GCTGAGGTTGAGGAATCCCAGCTTAACCCATTCATGAGACCACCTGAGCCTGGTGTAACGGTTCTGCTGATAGTTTCCGGACCCTCAGAGGTGGAGACAT
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TAGCTGCTTTCACCTGTATCATCTCATTCACTGCTCAGAGGCTCTCGAAAGCTGTTGACATTATCAAAAAGTTTTCCAGCTGGAATTCATCTCCCTCTAA
TCAGCCTTCAAAACCTCCATTTGTAAACCATTGCTGTAGTTTTATTACCTCTTACCTTGGTCTTTACAAGTTGCTGTCAAAACCCAGTAAGTGTTTACAG
AAAGAAACTTTACATATTAAATATCTTAAAGGTCTTTTATGCAGAATATGCAGTTAATTTTGATGGGCTATGGATAATCATCAGAAGAGCCATTTCTGGA
AATGTAAATAATATGGCTGTTTCTTTTAACAGTGCATTCTCCTGAAAACATAAGACCATTTGACTGATTCTGCTCCAGAATCTTATTGAGGCAAAGGACT
GGACCGAATTATTCATGGAACAGAAGCCTAGGACTGGTAAGTCCAGGAAATGCTGCAAAACAATGCCCTCAAAAGAAATCAGCCTTTCCCTTTGATAGGT
ATCTCTCCTGCAAGCCAGGCTCAGGTGCGCCTCAATTAGAACCTGTGTTCGCTGGGGCCATAATTAAGAATCTTAAAGGGAAAGAATGTTTTGAAAGCCA
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CCTATCAGAATCCTTGTCTGGAAGGTTGATTATATCAGATGCGCATTTTGCCAGCATCCTCAGAAGGAGATGCGAGGAAGATTCTTTTCCTGGGCCACTC
TCATTTTCTCAAACTTGGACAAGTCTTAACAATAATCTGTGACCCAACTTTGTCTTCCCCATGATGAAAAACAGACCCCATAGAAACTCTCTGGCACAAA
AACTCTGGAATCACTGACCCCAGACATTGTTCCCTGCCATCCACTCTGCCAGACATTTCTTGGATTTATTCAAGCTGACTTGTATTCCAGAACAATTGTG
GACAAGATTTGCTAGTAATGCTTCCAACAAGTTACCGTTTAGCAAGTTCAGAACTTGAAGAATCCCTTTTATCCTAACGCTGACTAATAAACTGGTGAGA
ACTGTTTGAAATACCCATAAGTCAATGGAGGTCGTAATTTGCTTTTATGCTGTATTAAACACCACTGAGATGTTAAGGTCTTTCTTGGGAACCACCGTGA
TGTTCTCTTCTGGACTCTTCGTAACCCCTTCAGCAGACGACCCTGTATCTGGTCTTGGTTCTGAAAGGTTTGCAGCGGCACCTAAGTCACTGAAGTTCTG
GCAGAATTCATTCTCCTGCTCTCTACTGGGACTTGTTTTCCATAATTGGTCTGAGAACAACAGATTTTTTTCTTTTTTGCCTCGGATTTCAACAAAACAT
ACATGGAAAGAATATTTTCTTCCTTGGAGACATTTCCCATAGGGCAGTGGTTCTTAAAATACGTTCCTGAACCGGCAGCATCAGAATCCCCTGGGAACGT
GCTGGAAATGTAGATCCCCAGGCCCTACCTAGCCCTACTGAATCAGAGACCCTGGGAGGGAGGTCCAGCAGCCTGGGTTTTAACACATCCTCCAGGCGAT
TCTGAGAGTGAGAGAGCCAGGGCCTTCGGGCATCAACCTTGGGGCGAGGGTGTTGGGTTGCCCAACACCCTTTAGTCTAATGGCTTTAGGGTCAAATATG
TCTAAACCAAGAAGCCCCATGGGGCACTGATTAGCATGCAGGTCCCCAGGCCCCCTTTTTGTAGATCCTGATTCAGAATATCTGGGACGGGGGCTGGAGA
TTCATATTTTTAATAAATTCCCTCATTTATTATTTTTGTGTCTTATTTCCCATACACAAAAACACTGCGTAGAGAAATGGGAGTGTGGGCGATGCTCCCA
TGCTGGGAGTCTCAGGCCTGGGCTAGTCCTAAAATAATTGAAAAGGAATTGATTCTTAATTACCCAGAACGTCCACGCTCTAGGACCTAGTGTGACCTCT
TCTGCCTTCTGAACCGAGGAGTCCACCCCTAAGCCCGAGGAACTGAGCGTGAAGAGCCCTGACGCCATGAAGACTTGAATCACTTTAAAGCAATTTGCTT
CTTATTAAAATGTACTTCAGTAAAAAATCATTTCAACTCTTAAGCCACAAAAGGATATCCAATCATTTAAAGCTTCCTGAGTGTTTCGGTTGATTAAAAA
GCTTTTAAAGAGCATAGTAAATATTTTACCAGAAGGATAAGTTATTCAGTATGGAGATTATTTATTAAAAACTAGTAATTTATT

Loop counts:

3 nts: 2
4 nts: 4
5 nts: 2
6 nts: 1
10 nts: 1

Tetra-loop variants:

UUAU    1
AAAA    1
GUCU    1
GUAU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 2

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
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U x U bulge: 0
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C x C bulge: 0