Annotated gene sequence

Experiment = in vitro icSHAPE / NAI-N3   RefSeq = hg38   Cell = HEK293T   Original Data Reference = Cell. 2016;165(5):1267-1279.
stable secondary structure   loop   bulge/internal loop   no SHAPE data   coding sequence
GCCACTGCAGCTGGCATTGGCCGGGACTGGAAGTGCGGGCTTCTGCAGCAGCCGAAGCTGGAGCTGCTAGGGCAGCAGCGGCTCCCCTGTTGTATGGACA
TTCTGCACCCGAAACTGATAGCTGAGTCCTGAAGTTTTATGTTATGAAACAGAAGAACTTTCATCCCAGCACATGATTTGGGAATTACACTTTGTGACAT
GGATGAATCTGCACTGACCCTTGGTACAATAGATGTTTCTTATCTGCCACATTCATCAGAATACAGTGTTGGTCGATGTAAGCACACAAGTGAGGAATGG
GGTGAGTGTGGCTTTAGACCCACCATCTTCAGATCTGCAACTTTAAAATGGAAAGAAAGCCTAATGAGTCGGAAAAGGCCATTTGTTGGAAGATGTTGTT
ACTCCTGCACTCCCCAGAGCTGGGACAAATTTTTCAACCCCAGTATCCCGTCTTTGGGTTTGCGGAATGTTATTTATATCAATGAAACTCACACAAGACA
CCGCGGATGGCTTGCAAGACGCCTTTCTTACGTTCTTTTTATTCAAGAGCGAGATGTGCATAAGGGCATGTTTGCCACCAATGTGACTGAAAATGTGCTG
AACAGCAGTAGAGTACAAGAGGCAATTGCAGAAGTGGCTGCTGAATTAAACCCTGATGGTTCTGCCCAGCAGCAATCAAAAGCCGTTAACAAAGTGAAAA
AGAAAGCTAAAAGGATTCTTCAAGAAATGGTTGCCACTGTCTCACCGGCAATGATCAGACTGACTGGGTGGGTGCTGCTAAAACTGTTCAACAGCTTCTT
TTGGAACATTCAAATTCACAAAGGTCAACTTGAGATGGTTAAAGCTGCAACTGAGACGAATTTGCCGCTTCTGTTTCTACCAGTTCATAGATCCCATATT
GACTATCTGCTGCTCACTTTCATTCTCTTCTGCCATAACATCAAAGCACCATACATTGCTTCAGGCAATAATCTCAACATCCCAATCTTCAGTACCTTGA
TCCATAAGCTTGGGGGCTTCTTCATACGACGAAGGCTCGATGAAACACCAGATGGACGGAAAGATGTTCTCTATAGAGCTTTGCTCCATGGGCATATAGT
TGAATTACTTCGACAGCAGCAATTCTTGGAGATCTTCCTGGAAGGCACACGTTCTAGGAGTGGAAAAACCTCTTGTGCTCGGGCAGGACTTTTGTCAGTT
GTGGTAGATACTCTGTCTACCAATGTCATCCCAGACATCTTGATAATACCTGTTGGAATCTCCTATGATCGCATTATCGAAGGTCACTACAATGGTGAAC
AACTGGGCAAACCTAAGAAGAATGAGAGCCTGTGGAGTGTAGCAAGAGGTGTTATTAGAATGTTACGAAAAAACTATGGTTGTGTCCGAGTGGATTTTGC
ACAGCCATTTTCCTTAAAGGAATATTTAGAAAGCCAAAGTCAGAAACCGGTGTCTGCTCTACTTTCCCTGGAGCAAGCGTTGTTACCAGCTATACTTCCT
TCAAGACCCAGTGATGCTGCTGATGAAGGTAGAGACACGTCCATTAATGAGTCCAGAAATGCAACAGATGAATCCCTACGAAGGAGGTTGATTGCAAATC
TGGCTGAGCATATTCTATTCACTGCTAGCAAGTCCTGTGCCATTATGTCCACACACATTGTGGCTTGCCTGCTCCTCTACAGACACAGGCAGGGAATTGA
TCTCTCCACATTGGTCGAAGACTTCTTTGTGATGAAAGAGGAAGTCCTGGCTCGTGATTTTGACCTGGGGTTCTCAGGAAATTCAGAAGATGTAGTAATG
CATGCCATACAGCTGCTGGGAAATTGTGTCACAATCACCCACACTAGCAGGAACGATGAGTTTTTTATCACCCCCAGCACAACTGTCCCATCAGTCTTCG
AACTCAACTTCTACAGCAATGGGGTACTTCATGTCTTTATCATGGAGGCCATCATAGCTTGCAGCCTTTATGCAGTTCTGAACAAGAGGGGACTGGGGGG
TCCCACTAGCACCCCACCTAACCTGATCAGCCAGGAGCAGCTGGTGCGGAAGGCGGCCAGCCTGTGCTACCTTCTCTCCAATGAAGGCACCATCTCACTG
CCTTGCCAGACATTTTACCAAGTCTGCCATGAAACAGTAGGAAAGTTTATCCAGTATGGCATTCTTACAGTGGCAGAGCACGATGACCAGGAAGATATCA
GTCCTAGTCTTGCTGAGCAGCAGTGGGACAAGAAGCTTCCAGAACCTTTGTCTTGGAGAAGTGATGAAGAAGATGAAGACAGTGACTTTGGGGAGGAACA
GCGAGATTGCTACCTGAAGGTGAGCCAATCCAAGGAGCACCAGCAGTTTATCACCTTCTTACAGAGACTCCTTGGGCCTTTGCTGGAGGCCTACAGCTCT
GCTGCCATCTTTGTTCACAACTTCAGTGGTCCTGTTCCAGAACCTGAGTATCTGCAAAAGTTGCACAAATACCTAATAACCAGAACAGAAAGAAATGTTG
CAGTATATGCTGAGAGTGCCACATATTGTCTTGTGAAGAATGCTGTGAAAATGTTTAAGGATATTGGGGTTTTCAAGGAGACCAAACAAAAGAGAGTGTC
TGTTTTAGAACTGAGCAGCACTTTTCTACCTCAATGCAACCGACAAAAACTTCTAGAATATATTCTGAGTTTTGTGGTGCTGTAGGTAACGTGTGGCACT
GCTGGCAAATGAAGGTCATGAGATGAGTTCCTTGTAGGTACCAGCTTCTGGCTCAAGAGTTGAAGGTGCCATCGCAGGGTCAGGCCTGCCCTGTCCCGAA
GTGATCTCCTGGAAGACAAGTGCCTTCTCCCTCCATGGATCTGTGATCTTCCCAGCTCTGCATCAACACAGCAGCCTGCAGATAACACTTGGGGGGACCT
CAGCCTCTATTCGCAACTCATAATCCGTAGACTACAAGATGAAATCTCAATAAATTATTTTTGAGTTTATTAAAGATTGACATTTTAAGTACAACTTTTA
AGGACTAATTACTGTGATGGACACAGAAATGTAGCTGTGTTCTGGAACTGAATCTTACATGGTATACTTAGTGCTGCTGGGTAATTTGTTGGTATATTAT
CTGGTTAGTGGTTAATGCTTCCTTTAAAAATAATTGAGTCATCCATTCACTCTTTTTCAGTTTTATCTGTCAATAGTAGCTACATTTTTAATGGGAGCAC
CTTTTATCCCAAAGTGCTTTATAAATTGAGTGGACTGATATATATCACACCCAGGTATCACTGTGCTGTCCTTTGCTGTCAGATTTAGAAATGTTTTTAA
GAGCTATGTGAAAACAGACAATATTAGTTTAGGTCGGGAACTGAGATATTGTAATCAAATAGTTAACATCAGGAAGTTAATTTGGCTGGCAAAATTCTAG
GGAAACTTGGCCAGAAAACTGGTGTTGAAGGCTTTTGCTCATATAAACAAGTGCCATTGAGTTTCAAATGACCAGCAAATATATTTAGAACCCTTCCTGT
TTTATGTCTGTACCTCGTCCACCCCTCAGGTAATACCTGCCTCTCACAGGTACAGCTGTTTCTTGGAAATCCTCCAACCAAATAGCAGTTTTCCTAACTT
GATTAGCTTGAGCTGACAGACTGTTAGAATACAGTTCTCTGGCCACAGCTGATGAGGGCTTTCTGTACTGCACACAGATTGTGTACTGCACCCCAGTCCA
GGTGACTGGTACCCACTCGAGTTGTGCCGTGCACAACCTGTCCAGTATATGCATGTGGTGGCCCTACTGACTGGTAATGGTTAGAGGCATTTATGGATTT
TTAGCTTTGAGGAAAAACCATGACTTTTAACAAATTTTTATGGGTTATATGCCTAAACCCTTATGCCACATAGTGGTAAATAATTATGAAAAATGGTCTG
TTCATAATTGGTAGGTGCCTTTTGTGAGCAGGGAGCATAATTATTGGTTTATTATGGTAATTATGGTGATTTTTTAAATATCATGTAATGTTAAAACGTT
TTCTAACAGTTTACTGTTGCTTATCTCCAAGATATTATGGAATTAAGAATTTTTCCAGATGAGTGTTACATAGATTCTTTGAATTTAGTATAAAAGTACT
GAGAATTAAGTTTGTACTTCCATAAGCTTGGATTTTAAACACTGATAGTATCTCATGAGTAATGTGTGTTTTGGGAGAGGGAGGGATGCTGATTGATATT
TCACATTGTATGAAATACCATGTTTGAAACTCATAGCAATAATGCTATGCTGTTGTGATCCCTCTCAAGTTCTGCATTTAAAATATATTTTTTCTTTATA
GGAATTGATGTATACCATGAAGTCATTGTCAGTTGTAGTAGCTCTGATGTTGAATGAGATATCATGTTTTAGCATTCCATTTTACTGACTAGGGTAGAAG
AACACTTTTCTTGGCTACATTTGGAGGATACCCAGGGAGTCTTGGGTGTTCCTTATCTGGGGAAGCAAACATTTCACTAGTCTCTTTTTTTCATCCTTTA
AATTGTAAATTAAGGATTACTCAAGCTCACCATTATTCAAGATTGGGACTCGCTTCCCAGTCGACACTCTGCCCTGCCTGTCATTGCTGCAAAGAGCTGC
TGCTTTGCCAACCTAAGCAAAGAAAATACGGCTTCTCTTGCATTATTTTCCCTTTTGGTTGGTTTGTTTTCTAGAAGTACGTTCAGATGCTTTGGGGAAT
GCAATGTATGATTTGCTAGCTCTCTCACCACTTAACTCACTGTGAGGATAAATATGCATGCTTTTTGTAATTAACTGGTGCTTTGAAAATCTTTTTTAAG
GGAGAAAAATCTCAACCAAAGTTATGCTCATCCAGACAAGCTGACCTTTGAGTTAATTTCAGCACAACTCATTCTTCAGTGCCTCATGACTGAAAACAAA
AAACAAAAAAACGAAAGCATCTTCACAATGAAGCTTCCAGATAGCACCGTTTTGCTAAAAGATACATTCTCATTGTTTTCCAACAGTGATGGCTTCCACA
TAAGGTTAAACAAACTAGGTGCTTGTAAATAATTTATTACAGTTTACTCTATCGCATTTCTGTAACATGAAATGCATGCCCTTCTTCAGGGGAAGACTGT
GGTCAAGTTAAAAAAAAAAAACAATATTAAACAACATGAAACTGCAGTCTGTTTTTGAAAATGAGAATGTCCTAAGTGATTCAGAAGAGAGGAGGGAAGT
TGTGCACTCTGAAAATGCATGAAAAACAAAGGCAAAAACTAGTGGGAAATGTGTAGAACTGTTAACTGAGATGGCTTCGAGTCTTCCTTCTGGAATCTGT
TAAATTTCACAAAGTCATGAGGGTAAATGGAGAAAATATTTCTGGGATTACAATGAATGTAAGCCCAAATTGTGGAATTGCCAGTAACCTGGATGGGGAA
AAGCATTTCCCATAGCACTCCATGTAATATGAGTGCTCTGTGAGATGTTCATCAGTGTTTTATAGAAATGGTGTTGCTGGGAAACCAAGTTTGCACCTGG
AAACTTACAATGCACTTTAGCGCAGTAAGGGCTTGGCATCCGGTAGTGAAAAACTGTCTAACCCAGCATTGCCCAAACTATTTTGACACCAGGACCTTTT
TCTCCTTTGGGATACTTATGAACCTCTCACTAATGTCCTGTGGAGAACATTTTGGGAAACACTATGTTAGATAGTTCTTTAAGGAGACAAAACGGTAATG
AACAGATAGCACTGGGGCAGAATATGCATGCATTTTGTAACGTCCAGTGTGGCGTTGAATAGATGTGTATTTCCTCCCCTGCAGAAAATAAGCACAGAAA
ATTATAATGTAGGTGATCGGAGCTCTTTCCTTTGATAGAGAGAACAGCCCCAATGATCCTGGCTTTTTCACTGAACGTATCAGAATACATGGATGAATTG
GGGTAAATAAGGTTTTAATTCAGATCTAGAAGAAAGTATTGTACGTTTGAATGCAGATTTTTATCCACAGATAGTTGTAGTGTTTAGACATGACAGGACC
TATCGTTGAGGTTTCTAAGACTTACTATGGGCTGTAAACCTGTTTTTTAAAACTATTTTAGAAACCTGAGACTTGCCGTCTGGCATTTTAGTTTAATACA
AACTAATGATTGCATTTGAAAGAGATTCTTGACCTTATTTCTAAACGTCTAGAGCTCTGAAATGTCTTGATGGAAGGTATTAAACTATTTGCCTGTTGTA
CAAAGAAATGTTAAGACTCGTGAAAAGAATTACTATAAGGTACTGTGAAATAACTGCGATTTTGTGAGCAAAACATACTTGGAAATGCTGATTGATTTTT
ATGCTTGTTAGTGTATTGCAAGAAACACAGAAAATGTAGTTTTGTTTTAATAAACCAAAAATTGAACATAC

Loop counts:

4 nts: 1

Tetra-loop variants:

GUCU    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 0
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

G x G bulge: 0
G x A bulge: 0
G x U bulge: 0
G x C bulge: 0
A x G bulge: 0
A x A bulge: 0
A x U bulge: 0
A x C bulge: 0
U x G bulge: 0
U x A bulge: 0
U x U bulge: 0
U x C bulge: 0
C x G bulge: 0
C x A bulge: 0
C x U bulge: 0
C x C bulge: 0