Annotated gene sequence

GGGTTGACCGATGCTGGGCAGCTGAGCGGACCAATCGGCCCCCTAGACTGAGACGTTGGCGTTTGAAATCAGCCAATGGCAGGTCTACACTGGAGCTTCC
TCTCCGCCTCCTTCGCCTAGCCTGCGAGTGTTCTGAGGGAAGCAAGGAGGCGGCGGCGGCCGCAGCGAGTGGCGAGTAGTGGAAACGTTGCTTCTGAGGG
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AAGAAAAAAATTATAGTGAGAATGAGATTCATTTCAATGTAATGCACTAAAGCAGAACACGAACTTAGCTTGGCCTATTCTAGGTAGTTCCAAATAGTAT
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GTTACTGTGGATTTCTCTGTTTTCTGTCTTACAAGAAACTTGTCTATGTACCTTAATACTTTGTTTAGGATGAGGAGTCTTTGTGTCCCTGTACAGTAGT
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AGACTATGTGGCAGCCTCTGGGGACCTTTTGGCTCAGTGCTTTACTAGTGCCAGCGCAGTAGTGCTTAGGTAGCTTGTGCATCCCCGTGTTGATGTAGTC
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TTGATTCCCAAATCTCAGTCTGCCCAGGGTCATTCTCTTTCTGAATTGCTCTTTCAGGATTTAATTTGAATCCTGCAAAGTCCTGTTCAAGGCCCCCTTT
TCCATGAAGCCCTTCTTCCTTGTTGCAGCTCACAAATAAGTGTGCCCTTTCTCAAAACACGTATGAAACACCTCCTGCTTGTATACCTTTAGCAGTAGTT
CCTCATATTGCCTGGCATTTAAACATTTTTGTATGCGTACATCTTGCTTTCCTACTTAAAGCAAGAGCAGGACCACATCTTTTTGTATGCTCTGGCACAT
GACTGTTGGACCACTTTGATATTGCTGAATTATATAGACTCCTTTTAAAATAATTTGAAATATAATTTTGGAGTATAGACATCTTGTCCAGTGCACTAGA
CAGGTGACCTTTGGCTTTGTTCATTAAGCATTTAGTGTCTTAGAAGTGATATGTTTACTGCAGAAAAATTTGGATAGCATGCAAAAAATGAAACATACTA
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AATTTATGTAATTTTTTACGCTTTTTTTTTTTCTCCTTTTTCTGGAGAACGGGGTCTCGCTATACTGCCCAGGCAGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCT
ATCCTCCCGCCTCTTGCCTCCCTAAGAGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCCCACCCGGCCTATGTCATTTTTTTATGTGGTGAGAATAAATAATCTCA
GCAAATTTCAAGTATACAATTCATTATTACTAAGATAGCCACCACACTGTATGTCAGGGCTCCAGAACTTACTCATCTCATAGGAGGCAGCTACTTTTAA
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TTAAAGATGTTATTTGGGATGGTGTGACTTGCACAAGCCACACAGCCTGCATGGTGTCCACTTTGAGGGGGATGCCCATAGCTATACTTAGAAGTCATCC
TCTAGAGCAAGCTTGTCCAATTTGTTGTCCATGGGCCACATGCTGCCCAGGATGGCTTTGAAGGTGGCCCAAAACAAATTCATAAACTTTTGTAAAACGT
GAGATTTTTTGTGATTTTTTTTTTTTCGAGACACAGTCTCGTTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAAGTGGCGCGATCTCCGCTCATTGCAAGCTCCGCCT
CTCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCACCCGAGTAGTTGGGATTACAGGCACCCGCCATCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTCTTTTAGTAGAG
ACCGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGTTGGTCTTGAACTCCTGACTTCAGGTAATCCGCCCTCCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATACAGGCATGAGCCA
CTGCACCCAGCTGTGACTTTTTTTTTTTTAAGCTCATCAGCTATTGTATTAGTGTATTTTATGTGTAGCTCAAGACAATTCTTCCAGTGTGGACCAGGAA
AGCCAAAAGATTGGACACCCCTGCCCTAGAGCATCTGACGCCTGGATACAAAAGAGCCTGTGGCTATGACTATCAGGATTCTGGCCATGAGGAATTCCAT
GACATGGAGGGAAAATGGCAACTTCAAATTTGCACCCCCAGGTATCATGTGGGCAGGTGCTCCATGTGGCTGGTGATAGTTGTGAGTGAGCCTTGCACGG
GCTTTCCCCCTATCGGCTGTTCCAGAGCGAGAGGCTGCAGGTGTCCACTTACGTACCTGTGGCTAAGATGCGCCTGAGCAAGTGAGGGCCAGTTAGTATA
CATAATTTTTACAAAATTTGGATCATATTACATAAATATCTTGCTTCATGCACTTAATATGAAATTTTGCCCATGATTTATTTTTTACCTTATTTTTAAG
GGCCACCTAGTTAGAATTTGATTATTTGAGCAACTATTTAGTGCCTGTGATGTGCCAGCCACTGCTAGGTTCTGGGGCTCAAAACACTGTGACAGATGCT
GTGATACCACAACGTGGCCACATTTTGTTTTCAAGACCTTGGCCAACCTTTGGTCTTCACAGCCACTGCCCTGGTAGTAAGGGACTTAGTTAAGTTTGGT
GACTGCTTGAAGTCTAAGATCACCAAAGTGGCTAATGCAGGCACTGTGACAATCTGGGCACTAGGAAAAGCAATGTGGGCAGAAATTCCTTGTTCGAGAG
CCTTCTGGTTATACTTTAAAAAGAAGGGAGCCTAGCATCTTGTCAAATCTTTGAGCCCACTCACTCAGAGGGCCTGTCACTCATCCAGAATTGAATCTGC
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CACTAGCTAAGTTAATTTGTGAGCCTGGGCAACATGGCGTGACCCATCTCTACAAAAGATACAAAAATTAACTGGATGTGGTGGTGCATGCCTGTAGTTC
ATAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCGGGAGGATAACCTGAGTGCGGGAGGTTGAGGTTGCAGTGAGCTGAAGTTGCACCACTGCACTCCAGCCTAGGTGACA
GAGTGAGACCTTATCTTAATCTAAAAAATAAAATTTCTGAGCCTTATTTTCCTCATCTGTAAAATGAAGAGAATACCTAGCTCATGGAGTTAGGAACAAG
TATGTTAAATATTTATCAGAGTGTGCCTGACAGTGAGTTGAAAATATCTACTCTCTTTGGATGAAAAATATTTAACACTTCACTCTCAGATATAATTATT
AGCTGACTTTTTAGATTCTTTTTTCTTTTACATGATGTAGTTCTCAGATATATACGGGATTTCTAGTTCTTAAATGCCAGTATTTTTTTTCTGTTAAAAT
ATTTATGAACTATTTCAAACATTCAGAAAAACTCAGGATCATACCCATAAACCCACTGTTTAGATTTTAAAAAGTTCAATGTTTTTCTGTATTTTATCTC
TTCATTTTAAAATAAAGTTTTGCACATG

Loop counts:

3 nts: 9
4 nts: 4
5 nts: 2
6 nts: 3
7 nts: 1
8 nts: 4

Tetra-loop variants:

UUUG    1
CGUG    1
AGAA    1
GGCG    1

Single bulge variants:

G x 0 bulge: 0
A x 0 bulge: 1
U x 0 bulge: 0
C x 0 bulge: 0

1 x 1 internal loop variants:

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A x G bulge: 0
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